More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3599 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
296 aa  605  9.999999999999999e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.99 
 
 
296 aa  449  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3360  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.32 
 
 
296 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0880635  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.16 
 
 
312 aa  422  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.169146  normal  0.55969 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1144  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.42 
 
 
307 aa  421  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.151567  normal  0.117156 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.04 
 
 
308 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0827865  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2524  short chain dehydrogenase  72.04 
 
 
308 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.1 
 
 
309 aa  418  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1269  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  72.04 
 
 
308 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1346  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  72.04 
 
 
308 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.1 
 
 
309 aa  418  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.396312  normal  0.215379 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1008  short chain dehydrogenase  72.04 
 
 
308 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.388516  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.43 
 
 
311 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.207166 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1472  short chain dehydrogenase  72.46 
 
 
315 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.730562  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.76 
 
 
309 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.22 
 
 
312 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.596903 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1790  short chain dehydrogenase  67.72 
 
 
307 aa  393  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000125648 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.67 
 
 
302 aa  389  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00176242  normal  0.778008 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.73 
 
 
295 aa  353  2e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.786359 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  59.93 
 
 
295 aa  335  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3796  putative short-chain dehydrogenase  57.19 
 
 
295 aa  332  6e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.205058  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.88 
 
 
300 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.514987 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.22 
 
 
300 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.680577 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.53 
 
 
300 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.858083  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.53 
 
 
300 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5413  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.39 
 
 
308 aa  310  2e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0101  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.44 
 
 
302 aa  309  4e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2443  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.51 
 
 
300 aa  309  4e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1262  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.44 
 
 
302 aa  309  4e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1539  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.44 
 
 
302 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0120  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.44 
 
 
302 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2820  dehydrogenases with different specificities  55.09 
 
 
302 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1074  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.09 
 
 
302 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2673  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.09 
 
 
302 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.04 
 
 
308 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.683076  hitchhiker  0.00146118 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0404  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.32 
 
 
302 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.07 
 
 
271 aa  293  3e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722445  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.66 
 
 
309 aa  283  3.0000000000000004e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.074209  normal  0.817715 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
278 aa  276  2e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.343225  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.52 
 
 
276 aa  267  2e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0643496  normal  0.318534 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.3 
 
 
276 aa  264  2e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.171067  normal  0.181158 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3975  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.3 
 
 
276 aa  264  2e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.3 
 
 
276 aa  264  2e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.14 
 
 
276 aa  258  6e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.742045 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
276 aa  254  1.0000000000000001e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.138576  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.27 
 
 
280 aa  253  3e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0817481  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.79 
 
 
279 aa  249  6e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319463  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2257  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.45 
 
 
275 aa  248  1e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.116431  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11271  short-chain type dehydrogenase/reductase  50.18 
 
 
276 aa  246  4e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000317139  hitchhiker  0.0033897 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13102  short-chain type dehydrogenase/reductase  47.45 
 
 
276 aa  236  5.0000000000000005e-61  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.432292  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.5 
 
 
275 aa  231  9e-60  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00962961  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6766  putative short-chain dehydrogenase  44.32 
 
 
279 aa  230  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.353478  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5157  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
271 aa  223  4e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.16 
 
 
282 aa  221  9.999999999999999e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0998128  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.19 
 
 
281 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
286 aa  215  7e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.252629  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.3 
 
 
275 aa  210  3e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.49 
 
 
273 aa  204  1e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.172953  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 
282 aa  201  9.999999999999999e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.193827 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.76 
 
 
321 aa  189  4e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.13478  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.22 
 
 
273 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4692  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.82 
 
 
274 aa  177  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.169711  normal  0.0760952 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.56 
 
 
274 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719073  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
274 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.239905  normal  0.858139 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
275 aa  170  3e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.433019  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.24 
 
 
322 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.28 
 
 
269 aa  166  4e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00185291  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.97 
 
 
281 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.255746 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.92 
 
 
313 aa  159  5e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.638785  decreased coverage  0.00000422955 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
273 aa  159  5e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00031135 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.22 
 
 
267 aa  155  6e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 
276 aa  154  2e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0836216  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1139  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.24 
 
 
277 aa  154  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.248176  normal  0.05597 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.95 
 
 
322 aa  149  5e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.16655  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.36 
 
 
269 aa  147  3e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.685444  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
267 aa  145  7.0000000000000006e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.676071  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2115  hypothetical protein  39.6 
 
 
292 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3363  hypothetical protein  35.23 
 
 
301 aa  145  8.000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.276324  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.88 
 
 
267 aa  143  3e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.319176  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4618  putative short-chain dehydrogenase  34.6 
 
 
305 aa  143  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.100713 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1038  hypothetical protein  39.19 
 
 
289 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.357237  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
294 aa  141  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.199953  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2833  hypothetical protein  37.98 
 
 
309 aa  139  4.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.643398 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03130  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  37.79 
 
 
275 aa  139  6e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1846  hypothetical protein  39.13 
 
 
300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2868  hypothetical protein  34.98 
 
 
301 aa  136  4e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.596125  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1769  hypothetical protein  39.61 
 
 
300 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.657278  normal  0.187147 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1934  hypothetical protein  40.93 
 
 
300 aa  134  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0777827  normal  0.376049 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4313  short chain dehydrogenase  33.22 
 
 
290 aa  133  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2657  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
322 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0750048 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1437  hypothetical protein  38.65 
 
 
300 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0211064 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.06 
 
 
285 aa  132  9e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1415  hypothetical protein  32.96 
 
 
300 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2719  short chain dehydrogenase family protein  30.07 
 
 
273 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.272681  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3753  short chain dehydrogenase  36.26 
 
 
294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.97 
 
 
310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.190304  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13074  short chain dehydrogenase  34.67 
 
 
287 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.486367 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1478  hypothetical protein  37.68 
 
 
300 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.520899  normal  0.0228599 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2203  short chain dehydrogenase  34.16 
 
 
273 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000419362  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8731  short chain dehydrogenase  32.09 
 
 
590 aa  129  5.0000000000000004e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.199229  normal  0.347677 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>