More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1769 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1769  hypothetical protein  100 
 
 		 300 aa  613  9.999999999999999e-175  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.657278  normal  0.187147 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1478  hypothetical protein  89 
 
 		 300 aa  557  1e-158  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.520899  normal  0.0228599 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1437  hypothetical protein  88.67 
 
 		 300 aa  555  1e-157  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0211064 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1415  hypothetical protein  77.67 
 
 		 300 aa  490  9.999999999999999e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1846  hypothetical protein  72.67 
 
 		 300 aa  469  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2488  hypothetical protein  63.88 
 
 		 304 aa  386  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3363  hypothetical protein  63.88 
 
 		 301 aa  385  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.276324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2561  hypothetical protein  61.2 
 
 		 301 aa  381  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.226357  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1784  hypothetical protein  62.54 
 
 		 305 aa  379  1e-104  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.59437 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2868  hypothetical protein  62.54 
 
 		 301 aa  378  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.596125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1700  hypothetical protein  61.87 
 
 		 301 aa  370  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.971 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2003  hypothetical protein  61.87 
 
 		 301 aa  370  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.122286  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2833  hypothetical protein  61.26 
 
 		 309 aa  365  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.643398 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2914  hypothetical protein  58.86 
 
 		 301 aa  363  2e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.445134  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1038  hypothetical protein  59.79 
 
 		 289 aa  346  3e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.357237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1934  hypothetical protein  56.62 
 
 		 300 aa  330  1e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0777827  normal  0.376049 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2115  hypothetical protein  54.48 
 
 		 292 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2268  hypothetical protein  56.11 
 
 		 304 aa  318  9e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484059  normal  0.281645 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.72 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.190304  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 		 285 aa  190  2e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1491  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.26 
 
 		 274 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.106015  normal  0.290492 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2287  hypothetical protein  38.31 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.41 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.199953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10868  short chain dehydrogenase  37.23 
 
 		 275 aa  156  4e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00362326 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0794  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.23 
 
 		 310 aa  155  6e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.113929  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2956  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.12 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5257  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0417  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 		 247 aa  150  3e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00920  short-chain dehydrogenase/oxidoreductase  34.53 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.58 
 
 		 295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.786359 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1875  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 		 280 aa  142  6e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.370364  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 		 289 aa  141  9.999999999999999e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2203  short chain dehydrogenase  35.83 
 
 		 273 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000419362  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21640  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 		 270 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 		 278 aa  139  3.9999999999999997e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1244  short chain dehydrogenase  33.45 
 
 		 270 aa  139  6e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.542872  normal  0.404553 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.83 
 
 		 267 aa  137  3.0000000000000003e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.676071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3753  short chain dehydrogenase  33.86 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01992  short chain dehydrogenase  29.08 
 
 		 276 aa  135  9e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000620206  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3851  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:glucose/ribitol dehydrogenase  35.79 
 
 		 277 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.277606  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4106  short chain dehydrogenase  32.1 
 
 		 295 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.779242  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1337  short chain dehydrogenase  39.8 
 
 		 269 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.950533 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1745  short chain dehydrogenase  40.31 
 
 		 269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1295  short chain dehydrogenase  39.8 
 
 		 271 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.657463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  33.22 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0863  hypothetical protein  30.94 
 
 		 282 aa  133  3e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1844  short chain dehydrogenase  32.97 
 
 		 270 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1627  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  33.2 
 
 		 271 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0861444  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3969  short chain dehydrogenase  40.31 
 
 		 269 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.246181 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0894  hypothetical protein  30.94 
 
 		 282 aa  132  5e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1538  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:glucose/ribitol dehydrogenase  37 
 
 		 269 aa  132  9e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0217494  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  38.53 
 
 		 253 aa  132  9e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3796  putative short-chain dehydrogenase  32.74 
 
 		 295 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.205058  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  40.31 
 
 		 253 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.29 
 
 		 280 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.300242  normal  0.231356 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  39.9 
 
 		 253 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.81 
 
 		 296 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.41 
 
 		 285 aa  129  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.976299 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3360  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.86 
 
 		 296 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0880635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 		 271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722445  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4162  oxidoreductase  39.44 
 
 		 284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.602267  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1917  short chain dehydrogenase  40.8 
 
 		 275 aa  127  3e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.3 
 
 		 283 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.819345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1020  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.04 
 
 		 273 aa  126  6e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.812094 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4041  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.58 
 
 		 283 aa  125  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  38.78 
 
 		 253 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.169713  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0314  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.300458 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4867  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 		 281 aa  123  4e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0404  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.61 
 
 		 302 aa  122  5e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.21 
 
 		 289 aa  123  5e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.469183 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.29 
 
 		 252 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2673  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.54 
 
 		 302 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.46 
 
 		 286 aa  122  9e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.068211 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1074  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.54 
 
 		 302 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.56 
 
 		 300 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.514987 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2820  dehydrogenases with different specificities  36.54 
 
 		 302 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.39 
 
 		 252 aa  122  9e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.475195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.09 
 
 		 248 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0101  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.54 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1539  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.54 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1262  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.54 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0120  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.54 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.56 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.858083  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.56 
 
 		 308 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.683076  hitchhiker  0.00146118 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.56 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.05 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.680577 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2681  short chain dehydrogenase family protein  31.5 
 
 		 273 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00380586  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.1 
 
 		 278 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.343225  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 		 252 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.82 
 
 		 268 aa  120  3e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.33 
 
 		 305 aa  120  3.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.39 
 
 		 252 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.656506  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 		 269 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000066443  unclonable  0.000000222131 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.39 
 
 		 252 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.163211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2719  short chain dehydrogenase family protein  31.5 
 
 		 273 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.272681  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5413  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 		 308 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.47 
 
 		 255 aa  119  6e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>