More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1266 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
278 aa  565  1e-160  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.343225  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.93 
 
 
279 aa  310  1e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319463  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.81 
 
 
295 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.786359 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3360  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.19 
 
 
296 aa  278  7e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0880635  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
296 aa  276  2e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.22 
 
 
271 aa  277  2e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722445  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.46 
 
 
296 aa  275  8e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  51.88 
 
 
295 aa  272  5.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.28 
 
 
308 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0827865  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2524  short chain dehydrogenase  51.28 
 
 
308 aa  270  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1472  short chain dehydrogenase  52.01 
 
 
315 aa  270  2e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.730562  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1346  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  51.28 
 
 
308 aa  270  2e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1008  short chain dehydrogenase  51.28 
 
 
308 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.388516  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1269  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  51.28 
 
 
308 aa  270  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.26 
 
 
312 aa  267  2e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.169146  normal  0.55969 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3796  putative short-chain dehydrogenase  50.75 
 
 
295 aa  266  2e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.205058  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6766  putative short-chain dehydrogenase  49.82 
 
 
279 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.353478  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.26 
 
 
309 aa  265  5e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.26 
 
 
309 aa  265  5e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.396312  normal  0.215379 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1144  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.53 
 
 
307 aa  264  8.999999999999999e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.151567  normal  0.117156 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.9 
 
 
309 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.9 
 
 
311 aa  262  4e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.207166 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.53 
 
 
312 aa  262  4e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.596903 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.45 
 
 
276 aa  257  1e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0643496  normal  0.318534 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.52 
 
 
276 aa  257  2e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.138576  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.64 
 
 
300 aa  254  9e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.514987 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.64 
 
 
300 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.858083  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.64 
 
 
300 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1790  short chain dehydrogenase  47.54 
 
 
307 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000125648 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.9 
 
 
300 aa  253  3e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.680577 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2443  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.28 
 
 
300 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5413  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.28 
 
 
308 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.18 
 
 
302 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00176242  normal  0.778008 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.81 
 
 
276 aa  252  5.000000000000001e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.742045 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0101  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  47.08 
 
 
302 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0120  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  47.08 
 
 
302 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1539  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  47.08 
 
 
302 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1262  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  47.08 
 
 
302 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3975  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.35 
 
 
276 aa  249  3e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.35 
 
 
276 aa  249  3e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.171067  normal  0.181158 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.35 
 
 
276 aa  249  3e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.91 
 
 
308 aa  249  4e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.683076  hitchhiker  0.00146118 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1074  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  46.72 
 
 
302 aa  248  7e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2673  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  46.72 
 
 
302 aa  248  7e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2820  dehydrogenases with different specificities  46.72 
 
 
302 aa  248  7e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.76 
 
 
281 aa  248  8e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0404  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  46.07 
 
 
302 aa  246  3e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.56 
 
 
275 aa  246  3e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.96 
 
 
309 aa  246  4e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.074209  normal  0.817715 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.63 
 
 
286 aa  245  6e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.252629  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.27 
 
 
280 aa  245  6e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0817481  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.73 
 
 
275 aa  244  9e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00962961  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11271  short-chain type dehydrogenase/reductase  46.35 
 
 
276 aa  244  9.999999999999999e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000317139  hitchhiker  0.0033897 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13102  short-chain type dehydrogenase/reductase  46.47 
 
 
276 aa  241  9e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.432292  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.62 
 
 
273 aa  232  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2257  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.65 
 
 
275 aa  229  3e-59  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.116431  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.27 
 
 
273 aa  224  9e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.172953  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5157  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.57 
 
 
271 aa  222  4e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.42 
 
 
282 aa  221  8e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0998128  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.11 
 
 
274 aa  215  5e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719073  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.73 
 
 
274 aa  212  7e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.239905  normal  0.858139 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.57 
 
 
273 aa  205  6e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00031135 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4692  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.59 
 
 
274 aa  205  7e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.169711  normal  0.0760952 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.54 
 
 
282 aa  197  2.0000000000000003e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.193827 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.77 
 
 
321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.13478  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
281 aa  189  5e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.255746 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
269 aa  184  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00185291  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.09 
 
 
267 aa  179  5.999999999999999e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.8 
 
 
313 aa  169  3e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.638785  decreased coverage  0.00000422955 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.59 
 
 
267 aa  167  2e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.319176  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1139  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.42 
 
 
277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.248176  normal  0.05597 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
267 aa  160  3e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.676071  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.92 
 
 
269 aa  159  4e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.685444  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
276 aa  156  4e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0836216  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.12 
 
 
261 aa  154  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4313  short chain dehydrogenase  36.88 
 
 
290 aa  154  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03130  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  36.43 
 
 
275 aa  153  2.9999999999999998e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
267 aa  153  2.9999999999999998e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.15 
 
 
286 aa  150  2e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.068211 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4910  short chain dehydrogenase  35.61 
 
 
595 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
278 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13074  short chain dehydrogenase  35.06 
 
 
287 aa  146  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.486367 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4391  short chain dehydrogenase  35.25 
 
 
618 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.21601 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2840  short chain dehydrogenase  34.07 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.28747  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1791  short chain dehydrogenase  33.59 
 
 
285 aa  145  5e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0146977  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0180  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.68 
 
 
245 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00307059  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
275 aa  144  1e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.433019  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3398  short chain dehydrogenase  35.25 
 
 
595 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1810  short chain dehydrogenase  33.21 
 
 
285 aa  144  1e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4969  short chain dehydrogenase  35.25 
 
 
595 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.300188  normal  0.358584 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1857  short chain dehydrogenase  33.21 
 
 
285 aa  144  1e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5317  short chain dehydrogenase  35.25 
 
 
595 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.247804  normal  0.120372 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
280 aa  144  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8731  short chain dehydrogenase  34.63 
 
 
590 aa  142  5e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.199229  normal  0.347677 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2823  short chain dehydrogenase  32.58 
 
 
292 aa  142  5e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00207351  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0709  short chain dehydrogenase  34.53 
 
 
595 aa  142  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.944679  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2203  short chain dehydrogenase  33.81 
 
 
273 aa  142  8e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000419362  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2034  short chain dehydrogenase  34.85 
 
 
290 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.304907  normal  0.959562 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3649  short chain dehydrogenase  34.53 
 
 
595 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.236438  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.09 
 
 
266 aa  140  3e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>