More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4179 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_4179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
274 aa  530  1e-150  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719073  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  97.8 
 
 
274 aa  487  1e-136  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.239905  normal  0.858139 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4692  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  91.21 
 
 
274 aa  461  1e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.169711  normal  0.0760952 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.21 
 
 
273 aa  318  5e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.84 
 
 
273 aa  296  2e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00031135 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.95 
 
 
281 aa  295  6e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.255746 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5157  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.34 
 
 
271 aa  285  5.999999999999999e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.13 
 
 
273 aa  280  2e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.172953  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.76 
 
 
281 aa  280  2e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.79 
 
 
286 aa  243  3e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.252629  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6766  putative short-chain dehydrogenase  50.76 
 
 
279 aa  238  9e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.353478  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1139  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.29 
 
 
277 aa  235  6e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.248176  normal  0.05597 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.11 
 
 
278 aa  230  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.343225  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.26 
 
 
321 aa  230  2e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.13478  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.25 
 
 
279 aa  229  4e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319463  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.12 
 
 
295 aa  216  4e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.786359 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.01 
 
 
269 aa  213  3.9999999999999995e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00185291  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  42.28 
 
 
295 aa  206  4e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3796  putative short-chain dehydrogenase  41.61 
 
 
295 aa  205  6e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.205058  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.39 
 
 
282 aa  202  6e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.193827 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.61 
 
 
296 aa  201  9e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3360  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.61 
 
 
296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0880635  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.89 
 
 
312 aa  200  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.169146  normal  0.55969 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.96 
 
 
300 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.514987 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13102  short-chain type dehydrogenase/reductase  45.08 
 
 
276 aa  199  5e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.432292  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1144  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
307 aa  199  6e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.151567  normal  0.117156 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.87 
 
 
313 aa  198  7e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.638785  decreased coverage  0.00000422955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.96 
 
 
300 aa  198  9e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.858083  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.96 
 
 
300 aa  198  9e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.75 
 
 
309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.59 
 
 
308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.683076  hitchhiker  0.00146118 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 
300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.680577 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5413  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.59 
 
 
308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.75 
 
 
309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.396312  normal  0.215379 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.78 
 
 
280 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0817481  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.24 
 
 
271 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722445  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2443  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.59 
 
 
300 aa  196  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.3 
 
 
309 aa  196  5.000000000000001e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.074209  normal  0.817715 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11271  short-chain type dehydrogenase/reductase  43.17 
 
 
276 aa  195  6e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000317139  hitchhiker  0.0033897 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.38 
 
 
309 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.75 
 
 
312 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.596903 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.26 
 
 
276 aa  193  2e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0643496  normal  0.318534 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3975  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
276 aa  192  4e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
276 aa  192  4e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.171067  normal  0.181158 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
276 aa  192  4e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.3 
 
 
311 aa  192  4e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.207166 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1074  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.48 
 
 
302 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2673  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.48 
 
 
302 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1472  short chain dehydrogenase  40.36 
 
 
315 aa  191  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.730562  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2820  dehydrogenases with different specificities  43.48 
 
 
302 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1008  short chain dehydrogenase  40 
 
 
308 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.388516  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0101  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.01 
 
 
302 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2524  short chain dehydrogenase  40 
 
 
308 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1269  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40 
 
 
308 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.71 
 
 
275 aa  190  2e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00962961  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1346  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40 
 
 
308 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0120  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.01 
 
 
302 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1539  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.01 
 
 
302 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1262  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.01 
 
 
302 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
308 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0827865  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.92 
 
 
276 aa  189  4e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.138576  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.93 
 
 
296 aa  187  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0404  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.28 
 
 
302 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
276 aa  187  2e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.742045 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.07 
 
 
275 aa  186  4e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2257  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45 
 
 
275 aa  181  9.000000000000001e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.116431  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
302 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00176242  normal  0.778008 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1790  short chain dehydrogenase  40.74 
 
 
307 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000125648 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.96 
 
 
282 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0998128  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.53 
 
 
273 aa  136  4e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.953941  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4313  short chain dehydrogenase  34.55 
 
 
290 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
267 aa  133  3e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.319176  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2965  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
293 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  35.63 
 
 
271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.54 
 
 
273 aa  130  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0700292  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 
269 aa  130  3e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.685444  normal 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.52 
 
 
300 aa  129  6e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.48 
 
 
286 aa  128  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.930868  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13074  short chain dehydrogenase  34.07 
 
 
287 aa  126  3e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.486367 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.15 
 
 
271 aa  125  6e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.318083 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2525  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
276 aa  125  6e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.59 
 
 
257 aa  125  6e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.61 
 
 
262 aa  125  7e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.948025  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.61 
 
 
262 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.61 
 
 
262 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.19239 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.93 
 
 
267 aa  124  2e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
252 aa  124  2e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.26 
 
 
276 aa  124  2e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.86 
 
 
338 aa  123  3e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.31 
 
 
269 aa  122  5e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.292744  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3168  short chain dehydrogenase  36.16 
 
 
270 aa  122  6e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.273274  normal  0.685188 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
280 aa  122  6e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000963224  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1861  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  34.62 
 
 
270 aa  121  9e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0952097  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
276 aa  122  9e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0836216  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  32.35 
 
 
344 aa  122  9e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2034  short chain dehydrogenase  34.59 
 
 
290 aa  122  9e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.304907  normal  0.959562 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.64 
 
 
246 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.87 
 
 
268 aa  121  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.690113 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.96 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>