More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1020 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1020  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
273 aa  544  1e-154  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.812094 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1021  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.91 
 
 
273 aa  305  4.0000000000000004e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.659885 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
289 aa  198  7e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.469183 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.64 
 
 
310 aa  185  6e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.190304  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0794  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
310 aa  179  5.999999999999999e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.113929  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.91 
 
 
294 aa  174  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.199953  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1875  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.29 
 
 
280 aa  167  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.370364  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10868  short chain dehydrogenase  38.37 
 
 
275 aa  163  3e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362326 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.91 
 
 
305 aa  155  7e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2115  hypothetical protein  36.79 
 
 
292 aa  149  6e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1846  hypothetical protein  36.07 
 
 
300 aa  146  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.97 
 
 
278 aa  144  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.343225  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3851  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:glucose/ribitol dehydrogenase  37.05 
 
 
277 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.277606  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1769  hypothetical protein  36.04 
 
 
300 aa  142  7e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.657278  normal  0.187147 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3363  hypothetical protein  35.11 
 
 
301 aa  142  9e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.276324  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2488  hypothetical protein  35.54 
 
 
304 aa  141  9e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2561  hypothetical protein  34.64 
 
 
301 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.226357  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1437  hypothetical protein  35.87 
 
 
300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0211064 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1478  hypothetical protein  35.51 
 
 
300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.520899  normal  0.0228599 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1784  hypothetical protein  37.13 
 
 
305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.59437 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.92 
 
 
285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.49 
 
 
279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319463  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2833  hypothetical protein  37.23 
 
 
309 aa  138  8.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.643398 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
271 aa  138  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722445  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.87 
 
 
312 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.596903 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
296 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.18 
 
 
282 aa  134  9.999999999999999e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0998128  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4313  short chain dehydrogenase  34.51 
 
 
290 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.680577 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
285 aa  133  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.976299 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2443  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2868  hypothetical protein  34.86 
 
 
301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.596125  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6830  oxidoreductase  42.71 
 
 
265 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.356358 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.1 
 
 
312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.169146  normal  0.55969 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 
286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.068211 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1857  short chain dehydrogenase  34.94 
 
 
285 aa  133  3e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1810  short chain dehydrogenase  34.94 
 
 
285 aa  133  3e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.76 
 
 
309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1844  short chain dehydrogenase  40.89 
 
 
270 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.1 
 
 
311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.207166 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1415  hypothetical protein  35.36 
 
 
300 aa  132  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 
308 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.683076  hitchhiker  0.00146118 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33830  short chain dehydrogenase  40.53 
 
 
568 aa  132  6.999999999999999e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.08 
 
 
300 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.514987 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21640  short chain dehydrogenase  40.39 
 
 
270 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5413  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.31 
 
 
308 aa  132  9e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0101  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.57 
 
 
302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.81 
 
 
280 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0817481  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1539  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.57 
 
 
302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.72 
 
 
309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.72 
 
 
309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.08 
 
 
300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.858083  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1791  short chain dehydrogenase  34.54 
 
 
285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0146977  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0120  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.57 
 
 
302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1262  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.57 
 
 
302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.08 
 
 
300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.72 
 
 
309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.396312  normal  0.215379 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2034  short chain dehydrogenase  33.96 
 
 
290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.304907  normal  0.959562 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1074  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.67 
 
 
302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1144  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.151567  normal  0.117156 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0404  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.6 
 
 
302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2820  dehydrogenases with different specificities  38.67 
 
 
302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2956  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.75 
 
 
295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5257  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2673  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.67 
 
 
302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0417  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
247 aa  130  3e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
280 aa  130  3e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.300242  normal  0.231356 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1491  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
274 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.106015  normal  0.290492 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1038  hypothetical protein  35.27 
 
 
289 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.357237  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2003  hypothetical protein  36.96 
 
 
301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.122286  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1700  hypothetical protein  36.96 
 
 
301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.971 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11271  short-chain type dehydrogenase/reductase  38.12 
 
 
276 aa  129  6e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000317139  hitchhiker  0.0033897 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3753  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 
294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
298 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00920  short-chain dehydrogenase/oxidoreductase  31.07 
 
 
295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2914  hypothetical protein  33.92 
 
 
301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.445134  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0690  short chain dehydrogenase  43.3 
 
 
292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0965776 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1244  short chain dehydrogenase  38.42 
 
 
270 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.542872  normal  0.404553 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.84 
 
 
273 aa  126  5e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.172953  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2823  short chain dehydrogenase  35.38 
 
 
292 aa  125  6e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00207351  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1745  short chain dehydrogenase  41.18 
 
 
269 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.65 
 
 
272 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.560148 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.05 
 
 
275 aa  124  2e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0498761  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5157  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.81 
 
 
271 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
275 aa  124  2e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0241632 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2317  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 
263 aa  124  2e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.325129 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.51 
 
 
274 aa  123  3e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.201544 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
281 aa  123  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4106  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
295 aa  123  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.779242  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.88 
 
 
273 aa  122  9e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2840  short chain dehydrogenase  35.44 
 
 
302 aa  122  9e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.28747  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
274 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.879856  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2257  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
275 aa  121  9.999999999999999e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.116431  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3360  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
296 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0880635  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1295  short chain dehydrogenase  32.49 
 
 
271 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.657463  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13074  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
287 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.486367 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
274 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0106138  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3969  short chain dehydrogenase  40.11 
 
 
269 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.246181 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  36.36 
 
 
295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.30545 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>