More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0808 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
252 aa  498  1e-140  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.56 
 
 
247 aa  328  5.0000000000000004e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.35 
 
 
252 aa  322  5e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01927  putative oxidoreductase  60.47 
 
 
252 aa  318  3.9999999999999996e-86  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.160278  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.25 
 
 
247 aa  318  7e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.24 
 
 
264 aa  311  9e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.94 
 
 
253 aa  287  1e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.22 
 
 
248 aa  280  2e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.56 
 
 
248 aa  265  4e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2737  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.14 
 
 
245 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.63 
 
 
246 aa  259  3e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2470  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.56 
 
 
244 aa  259  4e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.7 
 
 
245 aa  257  1e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.553727  normal  0.0273902 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.51 
 
 
245 aa  257  1e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.07 
 
 
244 aa  254  8e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.1 
 
 
244 aa  254  9e-67  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.1 
 
 
244 aa  254  9e-67  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365065 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.74 
 
 
317 aa  251  6e-66  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.55 
 
 
246 aa  249  3e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.267776 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.72 
 
 
240 aa  244  6.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148916  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.32 
 
 
244 aa  244  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0112  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.1 
 
 
244 aa  243  1.9999999999999999e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.8 
 
 
246 aa  241  7e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.809389  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.61 
 
 
246 aa  239  2e-62  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.69 
 
 
245 aa  236  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.880926  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.56 
 
 
240 aa  236  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  0.684579 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0635  putative short-chain dehydrogenase/reductase  54.12 
 
 
246 aa  236  4e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.660542  normal  0.0297002 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1627  oxidoreductase  47.81 
 
 
255 aa  236  4e-61  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
246 aa  234  7e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.836966 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0323  clavaldehyde dehydrogenase  51.63 
 
 
245 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.869868 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.46 
 
 
244 aa  227  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.03 
 
 
244 aa  227  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0125509  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.53 
 
 
237 aa  227  1e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.756927  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0588  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.07 
 
 
247 aa  226  3e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.622721  normal  0.233653 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.23 
 
 
245 aa  224  8e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.18 
 
 
248 aa  221  9.999999999999999e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.172179  normal  0.840489 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.56 
 
 
248 aa  218  7e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2416  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.5 
 
 
255 aa  217  1e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0691518 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.92 
 
 
246 aa  211  1e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.92 
 
 
246 aa  211  1e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
247 aa  206  2e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1086  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  46.69 
 
 
247 aa  207  2e-52  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.144372  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
246 aa  207  2e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.13 
 
 
246 aa  202  4e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0101774  normal  0.961149 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.37 
 
 
249 aa  199  3.9999999999999996e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 
254 aa  191  1e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.38 
 
 
247 aa  188  5.999999999999999e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.248634 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.96 
 
 
247 aa  187  1e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.247071  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.96 
 
 
247 aa  187  1e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.212596  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.84 
 
 
252 aa  186  3e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.56 
 
 
230 aa  185  7e-46  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.12 
 
 
231 aa  185  7e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.12 
 
 
231 aa  185  7e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47104  non ribosomal peptide synthase  41.6 
 
 
1367 aa  183  2.0000000000000003e-45  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05318  hypothetical protein similar to nonribosomal peptide synthetase 10 (Broad)  42.39 
 
 
1270 aa  182  3e-45  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.556036  normal  0.849429 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  40.24 
 
 
257 aa  181  9.000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  40.24 
 
 
257 aa  180  1e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
249 aa  180  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05303  oxidoreductase  42.8 
 
 
239 aa  177  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  41.8 
 
 
247 aa  177  2e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
259 aa  176  4e-43  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
254 aa  175  7e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000420  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  40.74 
 
 
239 aa  173  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.637186  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.91 
 
 
184 aa  170  2e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000317715  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
257 aa  169  3e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.41 
 
 
261 aa  169  3e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.268545  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.52 
 
 
250 aa  169  5e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0951  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.39 
 
 
261 aa  169  6e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0184  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.87 
 
 
239 aa  168  7e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
254 aa  168  7e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00917144  normal  0.0792915 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3769  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.24 
 
 
247 aa  167  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
253 aa  167  1e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.542817  normal  0.89387 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
254 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.495407 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
261 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
256 aa  165  8e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
255 aa  162  4.0000000000000004e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0676  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.89 
 
 
253 aa  162  5.0000000000000005e-39  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.153885 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
254 aa  161  8.000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00727999  normal  0.180483 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  36.73 
 
 
258 aa  161  1e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4325  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
241 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
257 aa  158  7e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1696  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.33 
 
 
258 aa  157  1e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.817291  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.68 
 
 
251 aa  156  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 
246 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3922  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
250 aa  156  3e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0085  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
250 aa  156  3e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4141  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.31 
 
 
243 aa  155  6e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1610  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
232 aa  155  6e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4937  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.8 
 
 
239 aa  155  7e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.396795  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
255 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000309791  hitchhiker  0.00252207 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
258 aa  154  1e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06330  oxidoreductase  34.84 
 
 
243 aa  154  1e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.646831  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0761  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 
277 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.416641 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
255 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155421  hitchhiker  0.00000000000159857 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
260 aa  154  2e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4862  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.7 
 
 
254 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000522303  unclonable  0.000000385865 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 
252 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.586754  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4740  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
254 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000261149  unclonable  0.000000000503217 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.56 
 
 
261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0557  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.68 
 
 
254 aa  152  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000797066  normal  0.366163 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>