More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3515 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_3515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
285 aa  568  1e-161  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.85 
 
 
284 aa  296  3e-79  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.85 
 
 
284 aa  296  3e-79  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.85 
 
 
284 aa  296  3e-79  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4610  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.71 
 
 
278 aa  290  2e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.17 
 
 
291 aa  287  1e-76  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.89 
 
 
275 aa  269  4e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.19 
 
 
267 aa  211  1e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.676071  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 
278 aa  181  8.000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1627  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  39.76 
 
 
271 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0861444  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3753  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 
294 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4106  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
295 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.779242  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21640  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
270 aa  165  8e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3969  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
269 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.246181 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1244  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 
270 aa  163  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.542872  normal  0.404553 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 
602 aa  162  5.0000000000000005e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1844  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
270 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1745  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 
269 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1295  short chain dehydrogenase  38.15 
 
 
271 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.657463  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2203  short chain dehydrogenase  36.51 
 
 
273 aa  158  9e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000419362  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1337  short chain dehydrogenase  38.15 
 
 
269 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.950533 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8731  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 
590 aa  154  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.199229  normal  0.347677 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1917  short chain dehydrogenase  36.25 
 
 
275 aa  152  5e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2215  short chain dehydrogenase  33.96 
 
 
276 aa  150  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3322  short chain dehydrogenase  44.86 
 
 
588 aa  147  3e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.178301 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3311  short chain dehydrogenase  44.86 
 
 
588 aa  147  3e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.768628  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3373  short chain dehydrogenase  44.86 
 
 
588 aa  147  3e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.855673  normal  0.12205 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  35.94 
 
 
295 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01992  short chain dehydrogenase  34.51 
 
 
276 aa  142  7e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000620206  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10868  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 
275 aa  142  8e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362326 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.59 
 
 
295 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.786359 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3363  hypothetical protein  44 
 
 
301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.276324  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0709  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 
595 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.944679  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
280 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0817481  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3398  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 
595 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4969  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 
595 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.300188  normal  0.358584 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5317  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 
595 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.247804  normal  0.120372 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2833  hypothetical protein  40 
 
 
309 aa  138  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.643398 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0404  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.55 
 
 
302 aa  138  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3649  short chain dehydrogenase  37.83 
 
 
595 aa  136  4e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.236438  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.07 
 
 
278 aa  136  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.343225  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2868  hypothetical protein  45 
 
 
301 aa  135  5e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.596125  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1808  short chain dehydrogenase  37.23 
 
 
596 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.67175  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0120  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.64 
 
 
302 aa  135  9e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1539  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.64 
 
 
302 aa  135  9e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0913  short chain dehydrogenase  36.8 
 
 
596 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0820  short chain dehydrogenase  36.8 
 
 
596 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0101  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.64 
 
 
302 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1074  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.64 
 
 
302 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1262  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.64 
 
 
302 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2174  short chain dehydrogenase  36.8 
 
 
596 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.828892  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2673  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.64 
 
 
302 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2820  dehydrogenases with different specificities  37.64 
 
 
302 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5157  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.64 
 
 
271 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3796  putative short-chain dehydrogenase  37 
 
 
295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.205058  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1295  short chain dehydrogenase  36.96 
 
 
602 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.101432  normal  0.699766 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2914  hypothetical protein  36.58 
 
 
301 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.445134  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2488  hypothetical protein  41.67 
 
 
304 aa  133  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1846  hypothetical protein  40.69 
 
 
300 aa  133  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4391  short chain dehydrogenase  37.28 
 
 
618 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.21601 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2003  hypothetical protein  39.44 
 
 
301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.122286  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1038  hypothetical protein  43.88 
 
 
289 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.357237  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1700  hypothetical protein  39.44 
 
 
301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.971 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1359  short chain dehydrogenase  37.08 
 
 
602 aa  132  5e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
296 aa  132  5e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12242  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
592 aa  132  5e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0208017  normal  0.29752 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2115  hypothetical protein  39.29 
 
 
292 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.72 
 
 
279 aa  132  9e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319463  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4910  short chain dehydrogenase  37.28 
 
 
595 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.84 
 
 
278 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000000841338  hitchhiker  0.00141318 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1784  hypothetical protein  39.16 
 
 
305 aa  130  3e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.59437 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2317  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 
263 aa  129  6e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.325129 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21050  short chain dehydrogenase  36.03 
 
 
592 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.61 
 
 
296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.514987 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1478  hypothetical protein  40.5 
 
 
300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.520899  normal  0.0228599 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3360  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.61 
 
 
296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0880635  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2681  short chain dehydrogenase family protein  34.31 
 
 
273 aa  127  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00380586  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1796  short chain dehydrogenase  36.03 
 
 
590 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.425571  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1934  hypothetical protein  41.26 
 
 
300 aa  126  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0777827  normal  0.376049 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1769  hypothetical protein  41.63 
 
 
300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.657278  normal  0.187147 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.858083  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.86 
 
 
275 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0498761  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2719  short chain dehydrogenase family protein  33.89 
 
 
273 aa  126  5e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.272681  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1437  hypothetical protein  40 
 
 
300 aa  125  5e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0211064 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
294 aa  125  7e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.199953  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6830  oxidoreductase  42.7 
 
 
265 aa  125  8.000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.356358 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
282 aa  125  9e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0998128  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2561  hypothetical protein  40.1 
 
 
301 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.226357  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.6 
 
 
300 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.680577 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.33 
 
 
275 aa  124  2e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0241632 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 
275 aa  124  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
298 aa  123  4e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2443  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 
300 aa  122  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33830  short chain dehydrogenase  36.19 
 
 
568 aa  122  5e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1415  hypothetical protein  39.5 
 
 
300 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5413  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
308 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2268  hypothetical protein  37.64 
 
 
304 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484059  normal  0.281645 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00920  short-chain dehydrogenase/oxidoreductase  37.31 
 
 
295 aa  118  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>