More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2401 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
286 aa  588  1e-167  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0128402 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4162  oxidoreductase  70.04 
 
 
284 aa  400  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.602267  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0442  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.74 
 
 
284 aa  387  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4041  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.64 
 
 
283 aa  387  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.18 
 
 
283 aa  386  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.819345  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2588  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.46 
 
 
288 aa  376  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1641  putative NAD(P)-dependent oxidoreductase  66.54 
 
 
283 aa  364  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.14 
 
 
283 aa  358  8e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179165  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4867  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.04 
 
 
281 aa  291  7e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.93 
 
 
278 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.448141  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.96 
 
 
280 aa  269  4e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.206995  normal  0.495614 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.82 
 
 
285 aa  265  7e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.70916 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4821  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.55 
 
 
279 aa  261  6.999999999999999e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.867063  hitchhiker  0.00732826 
 
 
-
 
NC_006686  CND02230  conserved hypothetical protein  44.33 
 
 
331 aa  247  2e-64  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_34853  predicted protein  39.67 
 
 
326 aa  199  5e-50  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.116602  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05557  short chain dehydrogenase/reductase (AFU_orthologue; AFUA_2G00830)  34.74 
 
 
328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1415  hypothetical protein  42.45 
 
 
300 aa  135  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3363  hypothetical protein  41.51 
 
 
301 aa  135  7.000000000000001e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.276324  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1934  hypothetical protein  40.65 
 
 
300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0777827  normal  0.376049 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2914  hypothetical protein  41.75 
 
 
301 aa  132  7.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.445134  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1846  hypothetical protein  39.34 
 
 
300 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1038  hypothetical protein  41.75 
 
 
289 aa  129  6e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.357237  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2115  hypothetical protein  39.02 
 
 
292 aa  126  3e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1437  hypothetical protein  34.86 
 
 
300 aa  126  5e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0211064 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1478  hypothetical protein  34.51 
 
 
300 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.520899  normal  0.0228599 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1769  hypothetical protein  35.21 
 
 
300 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.657278  normal  0.187147 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2561  hypothetical protein  31.82 
 
 
301 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.226357  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2868  hypothetical protein  40.19 
 
 
301 aa  124  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.596125  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2833  hypothetical protein  37.12 
 
 
309 aa  122  5e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.643398 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1784  hypothetical protein  32.78 
 
 
305 aa  122  6e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.59437 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2488  hypothetical protein  39.55 
 
 
304 aa  122  7e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2268  hypothetical protein  40.55 
 
 
304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484059  normal  0.281645 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1491  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 
274 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.106015  normal  0.290492 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2287  hypothetical protein  41.71 
 
 
298 aa  119  3.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
285 aa  115  6.9999999999999995e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3753  short chain dehydrogenase  30.55 
 
 
294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2203  short chain dehydrogenase  30.15 
 
 
273 aa  112  5e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000419362  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1627  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  31.01 
 
 
271 aa  112  9e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0861444  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.45 
 
 
312 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.169146  normal  0.55969 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1700  hypothetical protein  31.56 
 
 
301 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.971 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2003  hypothetical protein  31.56 
 
 
301 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.122286  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.79 
 
 
289 aa  111  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1244  short chain dehydrogenase  30.5 
 
 
270 aa  109  6e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.542872  normal  0.404553 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2215  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
276 aa  109  6e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3969  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
269 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.246181 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0635  putative short-chain dehydrogenase/reductase  37.24 
 
 
246 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.660542  normal  0.0297002 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1337  short chain dehydrogenase  32.78 
 
 
269 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.950533 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1745  short chain dehydrogenase  32.91 
 
 
269 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.03 
 
 
309 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.03 
 
 
309 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.03 
 
 
309 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.396312  normal  0.215379 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
295 aa  107  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.786359 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.03 
 
 
311 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.207166 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
284 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21640  short chain dehydrogenase  30.62 
 
 
270 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
284 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
284 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0417  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.77 
 
 
247 aa  107  3e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.07 
 
 
252 aa  106  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1144  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.77 
 
 
307 aa  105  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.151567  normal  0.117156 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1844  short chain dehydrogenase  30.62 
 
 
270 aa  105  7e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.38 
 
 
296 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1295  short chain dehydrogenase  32.49 
 
 
271 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.657463  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 
312 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.596903 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0794  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.08 
 
 
310 aa  103  3e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.113929  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4106  short chain dehydrogenase  30.27 
 
 
295 aa  103  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.779242  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.2 
 
 
271 aa  103  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722445  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.85 
 
 
294 aa  102  6e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.199953  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
254 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.19 
 
 
250 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.19 
 
 
250 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 
269 aa  102  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000066443  unclonable  0.000000222131 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.86 
 
 
275 aa  101  1e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00962961  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
255 aa  102  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3851  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:glucose/ribitol dehydrogenase  33.99 
 
 
277 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.277606  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.93 
 
 
275 aa  101  2e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01927  putative oxidoreductase  32.18 
 
 
252 aa  100  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.160278  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1346  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.12 
 
 
308 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2524  short chain dehydrogenase  31.12 
 
 
308 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1008  short chain dehydrogenase  31.12 
 
 
308 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.388516  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.12 
 
 
308 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0827865  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.62 
 
 
246 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1269  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.12 
 
 
308 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
246 aa  100  3e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.408574  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.59 
 
 
291 aa  100  4e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00920  short-chain dehydrogenase/oxidoreductase  32.86 
 
 
295 aa  100  4e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1472  short chain dehydrogenase  30.77 
 
 
315 aa  99.8  4e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.730562  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33 
 
 
248 aa  99.8  4e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.57 
 
 
255 aa  99.4  6e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.06 
 
 
257 aa  99  7e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1917  short chain dehydrogenase  29.57 
 
 
275 aa  99  8e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3360  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
296 aa  99  9e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0880635  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3057  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.09 
 
 
246 aa  98.2  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.030998  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.81 
 
 
270 aa  98.2  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2513  normal  0.363007 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 
256 aa  98.2  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34 
 
 
602 aa  97.8  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4610  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.51 
 
 
278 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.27 
 
 
286 aa  97.1  3e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.78 
 
 
332 aa  97.1  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.84 
 
 
278 aa  97.1  3e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>