More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2915 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
318 aa  616  1e-175  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.718315  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  93.16 
 
 
263 aa  444  1e-123  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0100122 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2447  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.69 
 
 
264 aa  285  5e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.115187 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.94 
 
 
263 aa  279  4e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.542402  normal  0.392428 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0361  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  54.31 
 
 
264 aa  245  6e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.47 
 
 
256 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.965194  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3663  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.62 
 
 
270 aa  243  3e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712953  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6672  putative short-chain dehydrogenase/reductase  47.06 
 
 
264 aa  228  9e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.157918  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16720  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  52.99 
 
 
263 aa  218  8.999999999999998e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3982  putative short-chain dehydrogenase/reductase  48 
 
 
270 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0102992 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2919  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.49 
 
 
258 aa  213  4.9999999999999996e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.236452 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.12 
 
 
266 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.95 
 
 
269 aa  209  6e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0863327  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.75 
 
 
269 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.52559  normal  0.660743 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
265 aa  201  9.999999999999999e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3864  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.01 
 
 
272 aa  196  3e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.239967  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.37 
 
 
258 aa  195  1e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0109588  hitchhiker  0.00528047 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
295 aa  191  1e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.347777 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3939  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.06 
 
 
266 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0544906  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.92 
 
 
266 aa  189  5e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.305038  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
267 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.209869  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.7 
 
 
264 aa  183  4.0000000000000006e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1821  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.3 
 
 
258 aa  179  8e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.748  normal  0.0174696 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6390  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.02 
 
 
253 aa  175  7e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.561861  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
269 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.654543  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.29 
 
 
263 aa  172  5.999999999999999e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.406649 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.75 
 
 
263 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.75 
 
 
263 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.428856  normal  0.173588 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
263 aa  167  2e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.625854  normal  0.126067 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.23 
 
 
253 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.49 
 
 
253 aa  126  5e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.97 
 
 
275 aa  126  6e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0498761  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2719  short chain dehydrogenase family protein  32.5 
 
 
273 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.272681  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.16 
 
 
254 aa  123  5e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.749829  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.87 
 
 
280 aa  122  6e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000963224  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
256 aa  122  9e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6830  oxidoreductase  40.17 
 
 
265 aa  121  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.356358 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
268 aa  120  3e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2681  short chain dehydrogenase family protein  31.25 
 
 
273 aa  119  7e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00380586  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.56 
 
 
298 aa  119  9e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.35 
 
 
256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  37.93 
 
 
255 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.838313 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2171  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.72 
 
 
253 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0299033  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31 
 
 
285 aa  116  6e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04660  2-hydroxycyclohexane-1-carbonyl-CoA dehydrogenase  42.63 
 
 
261 aa  115  6.9999999999999995e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3704  ribitol 2-dehydrogenase  37.02 
 
 
242 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0194179  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  37.33 
 
 
259 aa  115  8.999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.82 
 
 
258 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.19 
 
 
252 aa  115  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.62 
 
 
291 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0300911  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2079  short chain dehydrogenase  39.13 
 
 
255 aa  114  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3439  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 
242 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.432228  normal  0.172145 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2647  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.27 
 
 
252 aa  114  3e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000389723  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.97 
 
 
250 aa  113  4.0000000000000004e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01992  short chain dehydrogenase  31.8 
 
 
276 aa  113  4.0000000000000004e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000620206  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1634  short chain dehydrogenase  40.97 
 
 
265 aa  113  5e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.213832  normal  0.261977 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12873  short chain dehydrogenase  39.29 
 
 
258 aa  112  6e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  33.02 
 
 
259 aa  112  6e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.45 
 
 
245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.65 
 
 
280 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0155651  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
280 aa  111  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.300242  normal  0.231356 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.63 
 
 
246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.71 
 
 
278 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.561593  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0494  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.98 
 
 
260 aa  110  3e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.05 
 
 
254 aa  110  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
274 aa  110  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1543  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.38 
 
 
260 aa  110  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3602  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.97 
 
 
259 aa  109  5e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
275 aa  109  6e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0241632 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
242 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.14693  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2220  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.38 
 
 
260 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.07 
 
 
252 aa  108  1e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0422  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  33.5 
 
 
265 aa  108  1e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0026318  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3057  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.63 
 
 
246 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.030998  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3193  short chain dehydrogenase  37.24 
 
 
255 aa  108  1e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4590  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
242 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 
280 aa  108  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.434492  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.9 
 
 
250 aa  107  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.17 
 
 
249 aa  108  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 
248 aa  107  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2281  short chain dehydrogenase  36.84 
 
 
257 aa  107  2e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.121478 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
244 aa  108  2e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.07 
 
 
273 aa  107  3e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0626824  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  39.18 
 
 
253 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2317  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
263 aa  107  3e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.325129 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0554  ribitol 2-dehydrogenase  35.43 
 
 
241 aa  106  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.1 
 
 
275 aa  107  4e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.433019  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.05 
 
 
271 aa  106  5e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.224446 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.37 
 
 
246 aa  106  5e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.408574  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  35.96 
 
 
253 aa  106  6e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
294 aa  106  6e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.199953  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7375  ribitol 2-dehydrogenase  36.32 
 
 
242 aa  106  6e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2043  short chain dehydrogenase  37.32 
 
 
257 aa  106  6e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2060  short chain dehydrogenase  37.32 
 
 
257 aa  106  6e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2106  short chain dehydrogenase  37.32 
 
 
257 aa  106  6e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.077628 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4062  short chain dehydrogenase  36.84 
 
 
257 aa  105  7e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.171649  normal  0.787909 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.43 
 
 
255 aa  106  7e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4826  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.86 
 
 
244 aa  106  7e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.806753 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
241 aa  105  8e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.17 
 
 
282 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.694275  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>