More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3700 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
267 aa  549  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.209869  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  89.47 
 
 
266 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3939  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  93.12 
 
 
266 aa  454  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0544906  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  80.52 
 
 
269 aa  448  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.52559  normal  0.660743 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6672  putative short-chain dehydrogenase/reductase  79.09 
 
 
264 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.157918  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.25 
 
 
256 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.965194  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3663  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.62 
 
 
270 aa  232  4.0000000000000004e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712953  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2447  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.47 
 
 
264 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.115187 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1821  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
258 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.748  normal  0.0174696 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 
263 aa  206  3e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.542402  normal  0.392428 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3982  putative short-chain dehydrogenase/reductase  46.89 
 
 
270 aa  206  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0102992 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
263 aa  196  3e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.406649 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0361  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.89 
 
 
264 aa  190  2e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.72 
 
 
263 aa  188  7e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0100122 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
269 aa  186  3e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0863327  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16720  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  43.4 
 
 
263 aa  186  4e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.22 
 
 
318 aa  185  5e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.718315  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 
265 aa  186  5e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.45 
 
 
295 aa  185  7e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.347777 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.13 
 
 
266 aa  181  1e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.305038  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6390  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 
253 aa  177  1e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.561861  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
264 aa  177  2e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2919  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.37 
 
 
258 aa  176  4e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.236452 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3864  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.26 
 
 
272 aa  175  6e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.239967  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.32 
 
 
269 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.654543  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.36 
 
 
263 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.625854  normal  0.126067 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
263 aa  158  8e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
263 aa  158  8e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.428856  normal  0.173588 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
258 aa  135  7.000000000000001e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0109588  hitchhiker  0.00528047 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  38.19 
 
 
253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01992  short chain dehydrogenase  28.79 
 
 
276 aa  114  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000620206  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
257 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.43 
 
 
268 aa  111  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.66 
 
 
260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2647  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.49 
 
 
252 aa  110  3e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000389723  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3859  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  32.74 
 
 
259 aa  108  6e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4157  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.18 
 
 
258 aa  106  4e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.212799  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4137  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.18 
 
 
258 aa  106  4e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.531787  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.16 
 
 
253 aa  106  4e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.71 
 
 
258 aa  106  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3773  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.18 
 
 
258 aa  106  5e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  35.86 
 
 
256 aa  106  5e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.000927245  normal  0.0200652 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4051  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.18 
 
 
258 aa  106  5e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.46 
 
 
294 aa  105  6e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.199953  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4084  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  32.44 
 
 
262 aa  104  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3941  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  32.74 
 
 
258 aa  104  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4249  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  32.74 
 
 
258 aa  104  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.96 
 
 
256 aa  103  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34 
 
 
252 aa  103  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.54 
 
 
250 aa  103  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2203  short chain dehydrogenase  27.17 
 
 
273 aa  103  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000419362  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1101  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  32.29 
 
 
258 aa  103  4e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.845922 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  34.52 
 
 
253 aa  102  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34 
 
 
262 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  34.67 
 
 
253 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.96 
 
 
251 aa  101  1e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.59 
 
 
245 aa  101  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09850  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  34.63 
 
 
297 aa  100  2e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.414551  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.98 
 
 
267 aa  100  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.676071  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10868  short chain dehydrogenase  29.85 
 
 
275 aa  100  3e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362326 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6830  oxidoreductase  32.37 
 
 
265 aa  100  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.356358 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2729  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.5 
 
 
258 aa  99.4  6e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.131703  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.26 
 
 
291 aa  99.4  6e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0300911  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.49 
 
 
269 aa  98.6  8e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.255418  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
265 aa  98.6  9e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.77 
 
 
263 aa  98.6  9e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.75 
 
 
280 aa  98.6  9e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0155651  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  34.67 
 
 
253 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.16 
 
 
292 aa  98.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.943405  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31 
 
 
255 aa  98.2  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1769  hypothetical protein  29.82 
 
 
300 aa  97.8  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.657278  normal  0.187147 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
253 aa  97.8  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  34.67 
 
 
253 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  31.66 
 
 
253 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  32.59 
 
 
256 aa  96.7  4e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 
247 aa  96.7  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0545  short chain dehydrogenase  32.99 
 
 
258 aa  96.3  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.379815  normal  0.424655 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  30.32 
 
 
259 aa  96.3  5e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  34.67 
 
 
253 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.02 
 
 
246 aa  95.9  5e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.98 
 
 
252 aa  96.3  5e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0925  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.46 
 
 
251 aa  95.5  8e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.568448  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 
253 aa  95.1  9e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.895675 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
270 aa  95.1  9e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0626864  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.02 
 
 
246 aa  94.7  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1917  short chain dehydrogenase  29.13 
 
 
275 aa  94.7  1e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2186  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.28 
 
 
241 aa  95.1  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3412  short chain dehydrogenase  32.99 
 
 
258 aa  95.1  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0947163  normal  0.165905 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  30.26 
 
 
255 aa  95.1  1e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5003  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  32.6 
 
 
292 aa  94.7  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.874894  normal  0.0924335 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.24 
 
 
260 aa  94  2e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.35072  normal  0.362703 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.56 
 
 
246 aa  94.4  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.73 
 
 
250 aa  94.4  2e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2487  short chain dehydrogenase  33.84 
 
 
269 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3485  short chain dehydrogenase  33.84 
 
 
269 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0407  short chain dehydrogenase  33.84 
 
 
259 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3298  short chain dehydrogenase  33.84 
 
 
259 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1267  short chain dehydrogenase  33.84 
 
 
259 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.93 
 
 
247 aa  93.6  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.84 
 
 
253 aa  93.6  3e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.024976  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>