More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3604 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
292 aa  590  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.943405  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5003  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  84.83 
 
 
292 aa  505  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.874894  normal  0.0924335 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.1 
 
 
710 aa  224  1e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.57 
 
 
305 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145523  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.21 
 
 
305 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143825 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.49 
 
 
305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.09 
 
 
913 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.45 
 
 
288 aa  219  3e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.320087 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.27 
 
 
304 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.119324 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0091  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.29 
 
 
287 aa  218  1e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.29 
 
 
287 aa  218  1e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0938298 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.36 
 
 
303 aa  217  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.707326  normal  0.647553 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3584  putative 3-oxo-(acyl) acyl carrier protein reductase  45.32 
 
 
305 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.185975 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3672  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.68 
 
 
299 aa  214  9.999999999999999e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.382013  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.08 
 
 
287 aa  214  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.553198 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.35 
 
 
287 aa  211  1e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.96 
 
 
309 aa  210  2e-53  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.56 
 
 
303 aa  209  4e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362955  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.1 
 
 
298 aa  209  5e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0473963 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1699  short-chain dehydrogenase  44.1 
 
 
303 aa  209  5e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.650982  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10149  short-chain type dehydrogenase/reductase  46.21 
 
 
286 aa  209  5e-53  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19730  oxidoreductase  44.1 
 
 
303 aa  209  5e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.34 
 
 
301 aa  206  5e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.56 
 
 
305 aa  204  1e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.7 
 
 
305 aa  204  2e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.157995  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.23 
 
 
304 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.707593  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1025  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.01 
 
 
303 aa  202  5e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3834  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.41 
 
 
303 aa  202  6e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157096  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7556  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.68 
 
 
310 aa  202  7e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.206699  normal  0.239691 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.89 
 
 
302 aa  201  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.928177  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.34 
 
 
300 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.96 
 
 
303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2388  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.16 
 
 
301 aa  199  5e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.45 
 
 
303 aa  199  6e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000170855 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.45 
 
 
303 aa  198  7e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.935758  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.22 
 
 
300 aa  198  7e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.490724 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.77 
 
 
306 aa  198  9e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1187  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  43.07 
 
 
306 aa  196  3e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49232  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
304 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0386113 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.57 
 
 
306 aa  195  8.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.583445  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.57 
 
 
306 aa  195  8.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0264564  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
300 aa  195  8.000000000000001e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.57 
 
 
306 aa  195  8.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.227424  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
304 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0854681  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.66 
 
 
307 aa  193  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2739  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.35 
 
 
311 aa  193  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
306 aa  194  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2930  putative short-chain dehydrogenase  41.28 
 
 
304 aa  194  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.741138 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.18 
 
 
313 aa  193  3e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.823461  normal  0.8573 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
326 aa  192  7e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130256  normal  0.744191 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3589  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.01 
 
 
304 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336775  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.08 
 
 
310 aa  190  2e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.43 
 
 
315 aa  190  2e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.588653 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3545  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.97 
 
 
304 aa  189  5e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
300 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0277304  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.26 
 
 
302 aa  189  7e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07111  peroxisomal multifunctional beta-oxidation protein (MFP), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03900)  48.03 
 
 
903 aa  188  9e-47  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.928702 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
301 aa  188  1e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.072083  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4360  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.87 
 
 
305 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2341  short chain dehydrogenase  42.12 
 
 
291 aa  187  1e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.199722  decreased coverage  0.00200779 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4414  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.91 
 
 
304 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27323  normal  0.448536 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4681  short chain dehydrogenase  44.07 
 
 
301 aa  187  2e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.351016  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5066  short chain dehydrogenase  44.07 
 
 
301 aa  187  2e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.727463  normal  0.567593 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4767  short chain dehydrogenase  44.07 
 
 
301 aa  187  2e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121799  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
301 aa  186  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54590  predicted protein  45.58 
 
 
901 aa  186  4e-46  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.900491  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51090  putative short-chain dehydrogenase  37.81 
 
 
305 aa  185  8e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.264954  decreased coverage  0.0000000605367 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.07 
 
 
301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1492  short chain dehydrogenase  43.33 
 
 
301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5264  short chain dehydrogenase  43.33 
 
 
301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.251034 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13581  short chain dehydrogenase  45.35 
 
 
304 aa  183  3e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0990591 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.86 
 
 
304 aa  183  4.0000000000000006e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.973292  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.66 
 
 
313 aa  182  6e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 
334 aa  182  7e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3902  putative short-chain dehydrogenase  41.47 
 
 
350 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.48 
 
 
301 aa  180  2e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.45898  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.83 
 
 
306 aa  180  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6296  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
305 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.953973  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1440  short chain dehydrogenase  46.27 
 
 
292 aa  177  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110172  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.07 
 
 
302 aa  177  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.662956  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
305 aa  178  1e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
305 aa  177  2e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
301 aa  177  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.761218 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2572  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.6 
 
 
324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.710215  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.6 
 
 
324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.6 
 
 
324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2741  short chain dehydrogenase  42.34 
 
 
293 aa  171  1e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0662614  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
324 aa  171  2e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.149796  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 
320 aa  170  3e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.66 
 
 
301 aa  169  4e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.06 
 
 
249 aa  169  4e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4858  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.3 
 
 
296 aa  169  5e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.610122  hitchhiker  0.00520466 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.17 
 
 
247 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2933  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.66 
 
 
351 aa  166  5e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.497281  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.7 
 
 
330 aa  165  6.9999999999999995e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.872032  normal  0.990954 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.96 
 
 
301 aa  165  8e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2162  short chain dehydrogenase  39.11 
 
 
292 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0642494  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6895  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.37 
 
 
301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006691  CNF02530  peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase (hde), putative  39.91 
 
 
893 aa  163  3e-39  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.874708  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.74 
 
 
298 aa  162  5.0000000000000005e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0205558  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>