More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1774 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
266 aa  545  1e-154  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6672  putative short-chain dehydrogenase/reductase  79.47 
 
 
264 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.157918  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79.77 
 
 
269 aa  441  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.52559  normal  0.660743 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  89.52 
 
 
267 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.209869  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3939  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  87.45 
 
 
266 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0544906  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3663  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.36 
 
 
270 aa  241  1e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712953  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.71 
 
 
256 aa  229  3e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.965194  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2447  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.08 
 
 
264 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.115187 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1821  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
258 aa  208  7e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.748  normal  0.0174696 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3982  putative short-chain dehydrogenase/reductase  45.79 
 
 
270 aa  207  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0102992 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0361  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  46.15 
 
 
264 aa  199  3e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
263 aa  198  6e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.406649 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.38 
 
 
263 aa  198  7e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.542402  normal  0.392428 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16720  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  45.19 
 
 
263 aa  195  6e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.02 
 
 
269 aa  193  3e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0863327  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.18 
 
 
295 aa  192  6e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.347777 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.61 
 
 
263 aa  188  1e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0100122 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
265 aa  186  4e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3864  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.15 
 
 
272 aa  185  6e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.239967  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.12 
 
 
318 aa  184  9e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.718315  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.93 
 
 
266 aa  184  1.0000000000000001e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.305038  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2919  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.23 
 
 
258 aa  182  4.0000000000000006e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.236452 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
264 aa  179  4.999999999999999e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6390  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
253 aa  170  2e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.561861  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
269 aa  170  2e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.654543  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
263 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.625854  normal  0.126067 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.09 
 
 
263 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.09 
 
 
263 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.428856  normal  0.173588 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.95 
 
 
258 aa  137  2e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0109588  hitchhiker  0.00528047 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01992  short chain dehydrogenase  31.02 
 
 
276 aa  119  6e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000620206  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.21 
 
 
253 aa  112  6e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.53 
 
 
252 aa  110  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  37.69 
 
 
253 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.17 
 
 
260 aa  109  6e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
250 aa  108  7.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  37.06 
 
 
253 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.96 
 
 
258 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.1 
 
 
253 aa  108  1e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.895675 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.2 
 
 
267 aa  106  4e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.676071  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.3 
 
 
262 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  36.68 
 
 
253 aa  105  7e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2647  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.85 
 
 
252 aa  104  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000389723  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6830  oxidoreductase  31.95 
 
 
265 aa  104  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.356358 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2203  short chain dehydrogenase  27.54 
 
 
273 aa  103  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000419362  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2035  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.2 
 
 
248 aa  103  4e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000355798  normal  0.0941785 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 
256 aa  103  4e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.33 
 
 
257 aa  103  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.82 
 
 
250 aa  103  4e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.47 
 
 
247 aa  103  4e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0545  short chain dehydrogenase  32.99 
 
 
258 aa  102  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.379815  normal  0.424655 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.7 
 
 
291 aa  102  6e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0300911  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  36.68 
 
 
253 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.11 
 
 
294 aa  102  7e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.199953  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
269 aa  102  7e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.255418  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2186  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.96 
 
 
241 aa  102  7e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  35.86 
 
 
256 aa  102  8e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.000927245  normal  0.0200652 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10868  short chain dehydrogenase  30.22 
 
 
275 aa  102  9e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362326 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.83 
 
 
280 aa  102  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0155651  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09850  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  35.06 
 
 
297 aa  100  3e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.414551  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  36.18 
 
 
253 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3610  putative dehydrogenase  32.29 
 
 
269 aa  99.8  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2317  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
263 aa  99.4  5e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.325129 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  34.67 
 
 
253 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.61 
 
 
260 aa  99.4  6e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.35072  normal  0.362703 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3859  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  31.34 
 
 
259 aa  99.4  6e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0925  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.63 
 
 
251 aa  99.4  6e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.568448  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
245 aa  99  7e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3412  short chain dehydrogenase  32.49 
 
 
258 aa  99  8e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0947163  normal  0.165905 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3005  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.01 
 
 
253 aa  97.8  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.3 
 
 
247 aa  98.6  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  33.33 
 
 
256 aa  98.2  1e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.41 
 
 
255 aa  98.2  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  30.81 
 
 
255 aa  97.8  1e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5037  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.5 
 
 
238 aa  98.2  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.293143  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0407  short chain dehydrogenase  32.74 
 
 
259 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1267  short chain dehydrogenase  32.74 
 
 
259 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2487  short chain dehydrogenase  32.74 
 
 
269 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3485  short chain dehydrogenase  32.74 
 
 
269 aa  97.4  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  32.66 
 
 
253 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.88 
 
 
285 aa  97.1  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.976299 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.03 
 
 
249 aa  97.1  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875683  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  31.16 
 
 
252 aa  97.4  2e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.734906  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2215  short chain dehydrogenase  31.43 
 
 
276 aa  97.4  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.97 
 
 
254 aa  97.4  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  30.77 
 
 
259 aa  97.4  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3298  short chain dehydrogenase  32.74 
 
 
259 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0169  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 
273 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1769  hypothetical protein  28.53 
 
 
300 aa  97.1  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.657278  normal  0.187147 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  32.16 
 
 
258 aa  96.7  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.18 
 
 
256 aa  97.1  3e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.47 
 
 
252 aa  97.1  3e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.61 
 
 
292 aa  96.3  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.943405  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4084  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  31.53 
 
 
262 aa  96.3  4e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3449  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
259 aa  96.3  4e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.93684  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4157  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  31.84 
 
 
258 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.212799  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.54 
 
 
246 aa  96.3  4e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.54 
 
 
246 aa  96.3  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4051  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  31.84 
 
 
258 aa  96.3  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.85 
 
 
253 aa  96.3  4e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.024976  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>