More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0646 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
256 aa  523  1e-147  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.965194  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3663  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.26 
 
 
270 aa  254  7e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712953  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6672  putative short-chain dehydrogenase/reductase  48.47 
 
 
264 aa  245  4.9999999999999997e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.157918  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3982  putative short-chain dehydrogenase/reductase  48.65 
 
 
270 aa  230  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0102992 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.71 
 
 
266 aa  229  3e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.26 
 
 
263 aa  228  7e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.542402  normal  0.392428 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2447  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49 
 
 
264 aa  227  1e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.115187 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.3 
 
 
269 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.52559  normal  0.660743 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.09 
 
 
263 aa  221  9.999999999999999e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0100122 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.47 
 
 
318 aa  219  3e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.718315  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2919  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.85 
 
 
258 aa  209  5e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.236452 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16720  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  46.75 
 
 
263 aa  206  3e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.75 
 
 
265 aa  206  3e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.42 
 
 
295 aa  205  5e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.347777 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3864  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.79 
 
 
272 aa  204  1e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.239967  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
269 aa  202  4e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0863327  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
264 aa  198  6e-50  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.7 
 
 
267 aa  198  7.999999999999999e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.209869  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.09 
 
 
266 aa  197  9e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.305038  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0361  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.05 
 
 
264 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3939  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.36 
 
 
266 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0544906  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
263 aa  190  2e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.406649 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6390  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
253 aa  183  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.561861  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.38 
 
 
269 aa  178  7e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.654543  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
263 aa  172  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
263 aa  172  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.428856  normal  0.173588 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.37 
 
 
263 aa  169  5e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.625854  normal  0.126067 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1821  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.65 
 
 
258 aa  165  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.748  normal  0.0174696 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.24 
 
 
258 aa  159  6e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0109588  hitchhiker  0.00528047 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
268 aa  137  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2647  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.38 
 
 
252 aa  136  3.0000000000000003e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000389723  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0925  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.07 
 
 
251 aa  123  3e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.568448  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2035  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.89 
 
 
248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000355798  normal  0.0941785 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
253 aa  120  3e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.45 
 
 
254 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.749829  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.17 
 
 
291 aa  115  5e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0300911  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.6 
 
 
258 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.41 
 
 
252 aa  114  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  30.99 
 
 
259 aa  113  3e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01992  short chain dehydrogenase  29.41 
 
 
276 aa  112  6e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000620206  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
267 aa  111  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.676071  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  35.9 
 
 
253 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  31.44 
 
 
255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.33 
 
 
270 aa  109  4.0000000000000004e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0626864  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2203  short chain dehydrogenase  29.66 
 
 
273 aa  109  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000419362  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.16 
 
 
252 aa  109  5e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3768  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
256 aa  109  6e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0560932  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  36.46 
 
 
255 aa  108  8.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.58 
 
 
275 aa  108  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0498761  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  38.34 
 
 
253 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.38 
 
 
256 aa  107  2e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0545  short chain dehydrogenase  38.1 
 
 
258 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.379815  normal  0.424655 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.16 
 
 
262 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.251558  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3881  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase  28.35 
 
 
264 aa  106  3e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2079  short chain dehydrogenase  36.27 
 
 
255 aa  107  3e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
258 aa  106  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4158  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  28.35 
 
 
264 aa  106  3e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
260 aa  107  3e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.35072  normal  0.362703 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09850  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  37.28 
 
 
297 aa  107  3e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.414551  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.36 
 
 
271 aa  106  3e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.224446 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
253 aa  106  3e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.895675 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.01 
 
 
264 aa  106  4e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4268  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  29.01 
 
 
264 aa  106  4e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4357  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.01 
 
 
264 aa  106  4e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.5 
 
 
256 aa  106  4e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.04 
 
 
247 aa  106  4e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.28 
 
 
280 aa  106  4e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.300242  normal  0.231356 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3412  short chain dehydrogenase  37.57 
 
 
258 aa  105  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0947163  normal  0.165905 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.85 
 
 
255 aa  105  5e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.142248  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  35.45 
 
 
255 aa  105  6e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.838313 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3774  short chain dehydrogenase  35.98 
 
 
258 aa  105  8e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.644601  normal  0.413475 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2091  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
260 aa  105  9e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0967231  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0777  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.81 
 
 
249 aa  104  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2264  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.25 
 
 
260 aa  104  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3967  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.35 
 
 
264 aa  103  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0321162  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.62 
 
 
273 aa  103  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0626824  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1022  short chain dehydrogenase  33.51 
 
 
261 aa  103  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.917277  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.46 
 
 
267 aa  104  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.49838  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0422  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  32.26 
 
 
265 aa  103  2e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0026318  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.42 
 
 
241 aa  103  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 
253 aa  104  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0727  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.25 
 
 
249 aa  103  3e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2236  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.79 
 
 
260 aa  103  3e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  37.19 
 
 
253 aa  103  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.61 
 
 
257 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1543  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.03 
 
 
260 aa  103  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
260 aa  103  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6830  oxidoreductase  34.19 
 
 
265 aa  103  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.356358 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4205  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.2 
 
 
264 aa  103  4e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.16 
 
 
250 aa  103  4e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
246 aa  103  4e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.92 
 
 
285 aa  103  4e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.976299 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3485  short chain dehydrogenase  39.11 
 
 
269 aa  102  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
245 aa  102  4e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  36.84 
 
 
269 aa  102  4e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
251 aa  102  4e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.780011 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3889  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.97 
 
 
264 aa  102  5e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.674087  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
255 aa  102  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.844576  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>