More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_3000 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
241 aa  472  1e-132  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1171  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39 
 
 
238 aa  159  4e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.399765 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
233 aa  154  1e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000223483  normal  0.996665 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3364  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
239 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.115947  hitchhiker  0.00000000000000894376 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2044  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
242 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.252391  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1826  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
239 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1819  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
242 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1793  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
242 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.512815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1775  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
242 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1958  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
242 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1964  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
239 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130885  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1995  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
239 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.591310000000001e-44 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2065  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
239 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000861938  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1494  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.84 
 
 
239 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000128809  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
246 aa  145  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
246 aa  145  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.56 
 
 
332 aa  143  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
336 aa  142  5e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.753592 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.92 
 
 
230 aa  141  7e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.224966  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1337  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.77 
 
 
238 aa  142  7e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.541378  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
252 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 
247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3404  short chain dehydrogenase  38.77 
 
 
267 aa  139  3e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3918  short chain dehydrogenase  42.19 
 
 
267 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.98 
 
 
246 aa  139  3.9999999999999997e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0101774  normal  0.961149 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0416  short chain dehydrogenase  42.19 
 
 
267 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3844  short chain dehydrogenase  42.19 
 
 
267 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000447473 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4040  short chain dehydrogenase  42.19 
 
 
267 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10628  short chain dehydrogenase  32.37 
 
 
239 aa  138  7e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.10817  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 
231 aa  137  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.33 
 
 
269 aa  137  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.292744  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 
231 aa  137  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0438  short chain dehydrogenase  38.75 
 
 
267 aa  137  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
246 aa  137  2e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
248 aa  137  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.172179  normal  0.840489 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2512  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  34.91 
 
 
236 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0588198  normal  0.237046 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3588  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 
267 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0437  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 
267 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
245 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0293  short chain dehydrogenase  42.41 
 
 
267 aa  136  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0441  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 
267 aa  135  5e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
245 aa  135  8e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.553727  normal  0.0273902 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0818  short chain dehydrogenase  37.29 
 
 
242 aa  133  1.9999999999999998e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
252 aa  133  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.93 
 
 
233 aa  132  5e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
241 aa  132  6e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.116852  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  35.66 
 
 
247 aa  132  6e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.68 
 
 
247 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.42 
 
 
334 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000382267 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.1 
 
 
317 aa  131  7.999999999999999e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4049  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.87 
 
 
238 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0572934  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3826  short chain dehydrogenase  30.93 
 
 
234 aa  130  3e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.273342  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.47 
 
 
264 aa  130  3e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
238 aa  129  3e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.37123  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  33.19 
 
 
255 aa  129  4.0000000000000003e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5573  short chain dehydrogenase  40.5 
 
 
259 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.590665  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5037  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.74 
 
 
238 aa  129  5.0000000000000004e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.293143  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12680  short chain dehydrogenase  39.29 
 
 
278 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
269 aa  128  8.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0635  putative short-chain dehydrogenase/reductase  38.34 
 
 
246 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.660542  normal  0.0297002 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05318  hypothetical protein similar to nonribosomal peptide synthetase 10 (Broad)  35.06 
 
 
1270 aa  127  1.0000000000000001e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.556036  normal  0.849429 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2186  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.68 
 
 
241 aa  128  1.0000000000000001e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0429  short chain dehydrogenase  40.41 
 
 
267 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0112  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.06 
 
 
244 aa  127  1.0000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
248 aa  127  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1991  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.72 
 
 
355 aa  126  3e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.453841  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
246 aa  126  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.267776 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.19 
 
 
251 aa  125  5e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.755812  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.38 
 
 
244 aa  125  5e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000989308  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2590  short chain dehydrogenase  36.17 
 
 
236 aa  125  5e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1220  short chain dehydrogenase  36.68 
 
 
254 aa  125  5e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0943  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.03 
 
 
293 aa  125  6e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
261 aa  125  6e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1627  oxidoreductase  33.6 
 
 
255 aa  125  7e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.68 
 
 
249 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3538  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.56 
 
 
248 aa  125  8.000000000000001e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4205  short chain dehydrogenase  35.93 
 
 
249 aa  125  8.000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.44 
 
 
244 aa  125  9e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3968  short chain dehydrogenase  34.02 
 
 
269 aa  124  1e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0231224  normal  0.018096 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4667  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.18 
 
 
234 aa  124  1e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.98 
 
 
250 aa  124  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3168  short chain dehydrogenase  40.48 
 
 
270 aa  124  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.273274  normal  0.685188 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.98 
 
 
250 aa  124  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
260 aa  124  1e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
244 aa  124  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.4 
 
 
248 aa  124  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.47 
 
 
258 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
244 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.998929  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.24 
 
 
252 aa  123  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.87063  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2039  short chain dehydrogenase  37.07 
 
 
255 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0111409  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.56 
 
 
247 aa  123  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.68 
 
 
247 aa  123  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.31 
 
 
246 aa  123  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.43 
 
 
248 aa  123  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.55 
 
 
256 aa  122  4e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0964408  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>