More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3982 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_3982  putative short-chain dehydrogenase/reductase  100 
 
 
270 aa  551  1e-156  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0102992 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3663  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  82.22 
 
 
270 aa  457  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712953  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.42 
 
 
256 aa  256  4e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.965194  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.49 
 
 
263 aa  253  3e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.542402  normal  0.392428 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6672  putative short-chain dehydrogenase/reductase  48.91 
 
 
264 aa  249  2e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.157918  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
266 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2447  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
264 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.115187 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16720  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  50.64 
 
 
263 aa  233  2.0000000000000002e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.43 
 
 
269 aa  229  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.52559  normal  0.660743 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.55 
 
 
295 aa  226  3e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.347777 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.38 
 
 
264 aa  219  3.9999999999999997e-56  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3864  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.94 
 
 
272 aa  218  7e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.239967  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2919  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.66 
 
 
258 aa  217  1e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.236452 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.71 
 
 
266 aa  217  2e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.305038  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.49 
 
 
269 aa  216  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.654543  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.1 
 
 
318 aa  215  8e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.718315  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.36 
 
 
269 aa  211  9e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0863327  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.35 
 
 
263 aa  211  1e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0100122 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0361  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.84 
 
 
264 aa  208  6e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
263 aa  206  4e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.428856  normal  0.173588 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
263 aa  206  4e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.66 
 
 
263 aa  206  4e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.625854  normal  0.126067 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.49 
 
 
267 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.209869  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.97 
 
 
265 aa  204  2e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3939  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.88 
 
 
266 aa  202  6e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0544906  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.56 
 
 
258 aa  182  4.0000000000000006e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0109588  hitchhiker  0.00528047 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1821  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.23 
 
 
258 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.748  normal  0.0174696 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 
263 aa  167  2e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.406649 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6390  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
253 aa  159  4e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.561861  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 
268 aa  155  6e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2647  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.92 
 
 
252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000389723  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
267 aa  128  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.676071  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2203  short chain dehydrogenase  32.96 
 
 
273 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000419362  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.03 
 
 
298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
275 aa  125  8.000000000000001e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0241632 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6830  oxidoreductase  36.1 
 
 
265 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.356358 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.07 
 
 
275 aa  122  6e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0498761  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
254 aa  121  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.749829  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0300911  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.56 
 
 
253 aa  119  4.9999999999999996e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.895675 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21900  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  36.8 
 
 
272 aa  119  7e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.509976  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
252 aa  118  9e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0545  short chain dehydrogenase  37.04 
 
 
258 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.379815  normal  0.424655 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10868  short chain dehydrogenase  31.91 
 
 
275 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362326 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.43 
 
 
271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722445  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  36.46 
 
 
258 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.87 
 
 
296 aa  115  7.999999999999999e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.24 
 
 
253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01992  short chain dehydrogenase  30.83 
 
 
276 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000620206  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0163129  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3412  short chain dehydrogenase  36.51 
 
 
258 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0947163  normal  0.165905 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.976299 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.12 
 
 
285 aa  113  3e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.06 
 
 
262 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  37.89 
 
 
269 aa  112  6e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 
260 aa  112  6e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.35072  normal  0.362703 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09850  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  38.96 
 
 
297 aa  112  8.000000000000001e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.414551  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.87 
 
 
276 aa  112  8.000000000000001e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.138576  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3027  Short-chain dehydrogenase/reductase  36.73 
 
 
259 aa  112  9e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.730472  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2719  short chain dehydrogenase family protein  30.29 
 
 
273 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.272681  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3702  short chain dehydrogenase  34.74 
 
 
260 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.709318  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12680  short chain dehydrogenase  34.32 
 
 
278 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2317  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.71 
 
 
263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.325129 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3930  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.95 
 
 
255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.271838  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
280 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.434492  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1038  hypothetical protein  31.62 
 
 
289 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.357237  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2115  hypothetical protein  30.43 
 
 
292 aa  110  3e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0137  short chain dehydrogenase  34.92 
 
 
260 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0600475  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 
256 aa  110  3e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21640  short chain dehydrogenase  31.45 
 
 
270 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0620  short chain dehydrogenase  34.92 
 
 
260 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.822121  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.17 
 
 
257 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.07 
 
 
274 aa  109  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.201544 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
248 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.17 
 
 
252 aa  109  5e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.71 
 
 
273 aa  109  5e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0626824  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2487  short chain dehydrogenase  34.92 
 
 
269 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.07 
 
 
274 aa  109  6e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.879856  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3298  short chain dehydrogenase  34.92 
 
 
259 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3485  short chain dehydrogenase  34.92 
 
 
269 aa  108  6e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3449  short chain dehydrogenase  34.92 
 
 
259 aa  109  6e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.93684  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1267  short chain dehydrogenase  34.92 
 
 
259 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0407  short chain dehydrogenase  34.92 
 
 
259 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.07 
 
 
274 aa  109  6e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0106138  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0659  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.23 
 
 
245 aa  108  6e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.372694  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3969  short chain dehydrogenase  30.31 
 
 
269 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.246181 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1627  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  30.08 
 
 
271 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0861444  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.63 
 
 
251 aa  108  8.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3487  short chain dehydrogenase  34.92 
 
 
259 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3753  short chain dehydrogenase  30.43 
 
 
294 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1745  short chain dehydrogenase  30.71 
 
 
269 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
270 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2513  normal  0.363007 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4644  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.77 
 
 
279 aa  108  1e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.931829  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0588  short chain dehydrogenase  34.39 
 
 
260 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.194347  normal  0.0391008 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33830  short chain dehydrogenase  37.17 
 
 
568 aa  107  1e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.77 
 
 
276 aa  108  1e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0643496  normal  0.318534 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1193  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.68 
 
 
252 aa  107  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  31.28 
 
 
255 aa  108  1e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>