More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0992 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
254 aa  494  1e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.77 
 
 
254 aa  386  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.2 
 
 
254 aa  365  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136015  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.18 
 
 
261 aa  360  1e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.361004  normal  0.776204 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.56 
 
 
261 aa  358  7e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.385192  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7091  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (short-chain)  63.14 
 
 
254 aa  311  5.999999999999999e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.39 
 
 
253 aa  302  4.0000000000000003e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.580386  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.98 
 
 
255 aa  290  1e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.153171 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.45 
 
 
253 aa  288  5.0000000000000004e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00757149  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0373  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.55 
 
 
255 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.38 
 
 
255 aa  282  3.0000000000000004e-75  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00832519  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.87 
 
 
252 aa  281  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
260 aa  278  5e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.118579  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4316  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.4 
 
 
256 aa  278  9e-74  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.48 
 
 
252 aa  277  1e-73  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.367974  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4664  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.42 
 
 
279 aa  276  3e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.19949  normal  0.151219 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
260 aa  275  4e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0664  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.08 
 
 
254 aa  274  8e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0162049  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7121  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (short-chain)  59.06 
 
 
252 aa  273  1.0000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.678944 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2811  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.91 
 
 
252 aa  272  4.0000000000000004e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.411442  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.91 
 
 
252 aa  271  6e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0151424  hitchhiker  0.0000559523 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0207  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.55 
 
 
260 aa  271  6e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.958881  normal  0.213463 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.05 
 
 
259 aa  270  1e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0024657  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3448  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.51 
 
 
255 aa  270  2e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.799292  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4554  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.69 
 
 
251 aa  268  5e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.133291  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.12 
 
 
252 aa  268  5e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.29016  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0762  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  53.54 
 
 
252 aa  268  5e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.750513  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0912  3-hydroxyacyl CoA dehydrogenase  52.55 
 
 
254 aa  267  1e-70  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.03 
 
 
255 aa  267  2e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.239661 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.64 
 
 
254 aa  266  2e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1103  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  52.16 
 
 
254 aa  266  2e-70  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.767039  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5942  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  54.72 
 
 
252 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.292257  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1344  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.42 
 
 
253 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.271587  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6506  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.86 
 
 
255 aa  265  5e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.228171  normal  0.399297 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.96 
 
 
260 aa  265  5e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.12 
 
 
253 aa  265  5.999999999999999e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.285108 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2490  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.47 
 
 
255 aa  265  5.999999999999999e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.269297  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4382  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.47 
 
 
255 aa  264  8.999999999999999e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0363369  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1684  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.69 
 
 
252 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.59 
 
 
260 aa  264  1e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.12 
 
 
261 aa  264  1e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.856585  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.76 
 
 
252 aa  263  2e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0454791  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3609  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.09 
 
 
252 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0534  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.54 
 
 
252 aa  263  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.851813  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0589  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.12 
 
 
252 aa  262  3e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.327218  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.51 
 
 
252 aa  262  3e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.634553  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6651  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.86 
 
 
255 aa  262  4e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170863  normal  0.0297726 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.08 
 
 
250 aa  262  4e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.252663 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.12 
 
 
252 aa  262  4e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00360013 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2534  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type II oxidoreductase protein  54.33 
 
 
252 aa  261  6e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.145458 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2108  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.54 
 
 
252 aa  261  6.999999999999999e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.69 
 
 
252 aa  261  8e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.139382  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.47 
 
 
255 aa  260  1e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.77 
 
 
260 aa  260  1e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.798582  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.08 
 
 
255 aa  260  1e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.215235  normal  0.516222 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1600  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.08 
 
 
255 aa  259  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.918093  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.08 
 
 
254 aa  260  2e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.153501  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.08 
 
 
255 aa  259  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.247723  normal  0.0668197 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4744  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.15 
 
 
252 aa  259  3e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.231738  normal  0.320851 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1606  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.15 
 
 
252 aa  259  3e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.52 
 
 
250 aa  259  4e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5433  Short-chain alcohol dehydrogenase/3-hydroxy-2-methylbutyryl-CoA dehydrogenase  52.17 
 
 
260 aa  259  4e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.206427  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4068  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.52 
 
 
250 aa  259  4e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.52 
 
 
250 aa  259  4e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3108  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.69 
 
 
255 aa  258  5.0000000000000005e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0809433  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4940  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.47 
 
 
255 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3183  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type II  59.45 
 
 
253 aa  258  7e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.496743  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.03 
 
 
252 aa  258  7e-68  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0899  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.42 
 
 
253 aa  258  7e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.916319  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.12 
 
 
259 aa  258  7e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.870695  hitchhiker  0.0000000000642548 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.25 
 
 
255 aa  258  7e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.944237 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2597  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.91 
 
 
252 aa  257  1e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.75 
 
 
255 aa  257  1e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00629853  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4577  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.08 
 
 
250 aa  257  1e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.684715  normal  0.235979 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.84 
 
 
253 aa  256  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0466593  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.08 
 
 
255 aa  256  2e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.515865  normal  0.508699 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2867  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.72 
 
 
252 aa  256  3e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.488823  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01666  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
258 aa  256  3e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0141372  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.92 
 
 
256 aa  256  3e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.228275  normal  0.0798454 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.76 
 
 
252 aa  256  3e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.634686  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.42 
 
 
255 aa  256  3e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.415659 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.47 
 
 
253 aa  255  4e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.530107  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2467  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.3 
 
 
252 aa  256  4e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815541 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2489  putative short-chain dehydrogenase  53.94 
 
 
252 aa  255  5e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322393  normal  0.987031 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2720  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  49.61 
 
 
255 aa  255  6e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.94 
 
 
252 aa  253  2.0000000000000002e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000114329  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.31 
 
 
255 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.772781  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1279  short chain dehydrogenase  51.97 
 
 
252 aa  252  4.0000000000000004e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.106585  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1602  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.46 
 
 
260 aa  252  4.0000000000000004e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.75 
 
 
255 aa  252  5.000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.276621 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0967  hypothetical protein  51.19 
 
 
247 aa  251  6e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0937  hypothetical protein  51.19 
 
 
247 aa  251  6e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0715  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.51 
 
 
252 aa  251  6e-66  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.345068  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.73 
 
 
254 aa  250  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0244002 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.35 
 
 
253 aa  249  2e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.19 
 
 
258 aa  249  2e-65  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.159909  hitchhiker  0.00000102018 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0637  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.12 
 
 
252 aa  249  3e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0393  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type II  52.73 
 
 
255 aa  249  3e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5880  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.12 
 
 
252 aa  249  4e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.58817  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.11 
 
 
263 aa  249  4e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>