More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1918 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_1918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
280 aa  564  1e-160  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000963224  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.8 
 
 
280 aa  346  3e-94  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.434492  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2317  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.19 
 
 
263 aa  226  2e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.325129 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6830  oxidoreductase  48.81 
 
 
265 aa  221  9.999999999999999e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.356358 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.79 
 
 
274 aa  218  7e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.201544 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.79 
 
 
274 aa  218  7.999999999999999e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0106138  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.79 
 
 
274 aa  218  7.999999999999999e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.879856  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.23 
 
 
275 aa  217  2e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0498761  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.86 
 
 
298 aa  214  9.999999999999999e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1603  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.46 
 
 
277 aa  212  7e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
275 aa  201  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0241632 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.66 
 
 
273 aa  196  3e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0626824  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
280 aa  189  5.999999999999999e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.300242  normal  0.231356 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.36 
 
 
285 aa  186  3e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.976299 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2681  short chain dehydrogenase family protein  37.36 
 
 
273 aa  185  6e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00380586  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2719  short chain dehydrogenase family protein  36.26 
 
 
273 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.272681  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4644  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
279 aa  181  2e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.931829  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 
286 aa  168  1e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.068211 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
278 aa  167  2e-40  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.561593  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.69 
 
 
184 aa  160  2e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0709005  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34 
 
 
274 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.448097 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  42.56 
 
 
253 aa  145  9e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  41.54 
 
 
253 aa  142  5e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  42.71 
 
 
253 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2397  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.07 
 
 
284 aa  141  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
278 aa  140  3e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
272 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.264463 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1820  short chain dehydrogenase  38.37 
 
 
267 aa  136  4e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.187339 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.64 
 
 
256 aa  135  8e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3796  putative short-chain dehydrogenase  34.46 
 
 
295 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.205058  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43180  short chain dehydrogenase  44.1 
 
 
253 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.350844 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  35.05 
 
 
295 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 
257 aa  133  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6766  putative short-chain dehydrogenase  35.27 
 
 
279 aa  132  5e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.353478  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.62 
 
 
245 aa  132  6e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.98 
 
 
255 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.142248  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  41.54 
 
 
253 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.27 
 
 
277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281211  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  40.51 
 
 
253 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.07 
 
 
260 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.175664  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  41.03 
 
 
253 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
267 aa  130  3e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.676071  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.21 
 
 
258 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.97 
 
 
250 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13074  short chain dehydrogenase  34.98 
 
 
287 aa  129  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.486367 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.26 
 
 
280 aa  129  7.000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.98 
 
 
230 aa  128  8.000000000000001e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.11 
 
 
285 aa  128  1.0000000000000001e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10868  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 
275 aa  127  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362326 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11271  short-chain type dehydrogenase/reductase  33.46 
 
 
276 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000317139  hitchhiker  0.0033897 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.03 
 
 
253 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.53 
 
 
254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8731  short chain dehydrogenase  34.81 
 
 
590 aa  127  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.199229  normal  0.347677 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.98 
 
 
260 aa  127  3e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0913  short chain dehydrogenase  35.25 
 
 
596 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2174  short chain dehydrogenase  35.25 
 
 
596 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.828892  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0820  short chain dehydrogenase  35.25 
 
 
596 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  40 
 
 
253 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.78 
 
 
256 aa  126  5e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.97 
 
 
250 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2034  short chain dehydrogenase  35 
 
 
290 aa  125  9e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.304907  normal  0.959562 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.96 
 
 
588 aa  124  1e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.47 
 
 
252 aa  124  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.7 
 
 
254 aa  125  1e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.77 
 
 
252 aa  124  1e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1563  short-chain alcohol dehydrogenase  39.34 
 
 
266 aa  125  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.147181  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2860  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.27 
 
 
258 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0187623  normal  0.981149 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.98 
 
 
276 aa  125  1e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0643496  normal  0.318534 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.8 
 
 
262 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.27 
 
 
248 aa  124  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_004310  BR1779  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase, putative  38.07 
 
 
263 aa  124  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.695225  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.58 
 
 
295 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.786359 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13102  short-chain type dehydrogenase/reductase  34.38 
 
 
276 aa  124  2e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.432292  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1991  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.77 
 
 
242 aa  124  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
250 aa  124  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.48 
 
 
280 aa  124  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0155651  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1791  short chain dehydrogenase  35.02 
 
 
285 aa  124  2e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0146977  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.55 
 
 
245 aa  124  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
289 aa  123  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.469183 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.94 
 
 
602 aa  123  3e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.05 
 
 
276 aa  123  3e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.138576  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  38.03 
 
 
272 aa  123  3e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  38.03 
 
 
272 aa  123  3e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
300 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.514987 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4322  short chain dehydrogenase  34.9 
 
 
269 aa  123  3e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5413  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.97 
 
 
308 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.97 
 
 
308 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.683076  hitchhiker  0.00146118 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2065  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.07 
 
 
239 aa  123  4e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000861938  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1995  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.07 
 
 
239 aa  123  4e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.591310000000001e-44 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3364  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.07 
 
 
239 aa  123  4e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.115947  hitchhiker  0.00000000000000894376 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1964  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.07 
 
 
239 aa  123  4e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130885  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  37.76 
 
 
255 aa  123  4e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.99 
 
 
286 aa  123  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1122  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.88 
 
 
263 aa  122  5e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4500  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.11 
 
 
258 aa  122  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0782266 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3955  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.48 
 
 
268 aa  122  5e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.450769  normal  0.344502 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1491  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 
274 aa  122  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.106015  normal  0.290492 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
300 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.858083  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.32 
 
 
252 aa  122  5e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
300 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>