More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_4504 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_4504  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 216 aa  441  1e-123  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02120  transcriptional regulator, tetR family  38.42 
 
 		 194 aa  97.4  1e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.19222  normal  0.768267 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4278  transcriptional regulator, TetR family  41.61 
 
 		 199 aa  95.5  5e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2572  transcriptional regulator, TetR family  36.41 
 
 		 208 aa  94.7  8e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32270  hypothetical protein  45.71 
 
 		 237 aa  88.6  8e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3163  putative transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 223 aa  82.4  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3849  transcriptional regulator, TetR family  31.6 
 
 		 211 aa  82  0.000000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.782429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3964  regulatory protein, TetR  36.71 
 
 		 174 aa  80.5  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4348  TetR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 174 aa  79.7  0.00000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5174  putative transcriptional regulator, TetR family  33.53 
 
 		 199 aa  79.3  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0107413  hitchhiker  0.00860579 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0256  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 227 aa  78.2  0.00000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.968825 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2165  transcriptional regulator, TetR family  29.5 
 
 		 188 aa  76.6  0.0000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.289199  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0257  transcriptional regulator, TetR family  28.92 
 
 		 188 aa  76.6  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0403  transcriptional regulator, TetR family  31.47 
 
 		 213 aa  75.9  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.472446  normal  0.522596 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1133  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 206 aa  74.3  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.660169  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0946  TetR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 223 aa  74.3  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.123031  normal  0.934208 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4782  transcriptional regulator, TetR family  26.96 
 
 		 205 aa  73.6  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.682663 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6450  putative transcriptional regulator, TetR family  32.52 
 
 		 188 aa  73.6  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000363867  normal  0.0147922 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2194  regulatory protein, TetR  33.78 
 
 		 218 aa  73.2  0.000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8507  putative transcriptional regulator, TetR family  31.07 
 
 		 199 aa  73.2  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2757  transcriptional regulator, TetR family  31.69 
 
 		 179 aa  72.4  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.331612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4423  regulatory protein TetR  33.33 
 
 		 223 aa  72  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310024  normal  0.345836 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3089  TetR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 194 aa  72  0.000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.544244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1543  TetR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 236 aa  71.6  0.000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.470889 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4743  transcriptional regulator, TetR family  28.93 
 
 		 213 aa  71.6  0.000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.832036  normal  0.727268 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4327  regulatory protein, TetR  31.33 
 
 		 182 aa  71.2  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.809003  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4255  transcriptional regulator, TetR family  29.8 
 
 		 223 aa  70.1  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.228182 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2402  transcriptional regulator, TetR family  30.25 
 
 		 259 aa  70.5  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0404395  hitchhiker  0.00830545 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1060  TetR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 227 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5792  transcriptional regulator, TetR family  28.3 
 
 		 216 aa  70.5  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0401  transcriptional regulator, TetR family  28.08 
 
 		 245 aa  70.1  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0464223  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4087  transcriptional regulator, TetR family  32.72 
 
 		 228 aa  69.7  0.00000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.98142 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1059  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 217 aa  69.3  0.00000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6635  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 214 aa  68.9  0.00000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4823  transcriptional regulator, TetR family  34.19 
 
 		 219 aa  68.2  0.00000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2647  transcriptional regulator, TetR family  28.78 
 
 		 217 aa  67.8  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6201  transcriptional regulator, TetR family  33.77 
 
 		 189 aa  68.2  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0829103  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5248  putative transcriptional regulator, TetR family  31.85 
 
 		 227 aa  67  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.66171 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8965  putative transcriptional regulator, TetR family  28.82 
 
 		 173 aa  67.4  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4614  transcriptional regulator, TetR family  30.61 
 
 		 222 aa  66.6  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2371  transcriptional regulator, TetR family  30.29 
 
 		 219 aa  66.2  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0164383  normal  0.061065 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0767  transcriptional regulator, TetR family  31.94 
 
 		 227 aa  65.9  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.148012 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4464  transcriptional regulator, TetR family  42 
 
 		 188 aa  65.5  0.0000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.129958  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3302  transcriptional regulator, TetR family  35.81 
 
 		 220 aa  65.1  0.0000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7119  putative transcriptional regulator, TetR family  33.97 
 
 		 204 aa  65.5  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00221905  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4064  regulatory protein TetR  32.24 
 
 		 190 aa  65.1  0.0000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.3318 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0873  TetR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 196 aa  65.1  0.0000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.682179 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3360  putative transcriptional regulator, TetR family  39.33 
 
 		 195 aa  65.1  0.0000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0575014  normal  0.0807522 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0143  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 266 aa  65.1  0.0000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.170765  normal  0.0134311 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0435  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 184 aa  65.1  0.0000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3889  transcriptional regulator, TetR family  31.06 
 
 		 299 aa  65.1  0.0000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.110513  normal  0.292317 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5011  putative transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 		 203 aa  64.7  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3643  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 193 aa  63.9  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.259475 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3736  transcriptional regulator, TetR family  31.11 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4153  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 201 aa  63.5  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0444312  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4437  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 192 aa  62.8  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2095  transcriptional regulator, TetR family  32.5 
 
 		 194 aa  62.4  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.546455  normal  0.514839 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4328  transcriptional regulator, TetR family  32.84 
 
 		 196 aa  62.4  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2344  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 195 aa  62.4  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.914652  normal  0.958906 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2004  transcriptional regulator, TetR family  31.36 
 
 		 193 aa  62  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.028996  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2868  TetR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 184 aa  61.2  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0239599 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0523  TetR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 184 aa  61.2  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2583  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 184 aa  60.8  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3313  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 209 aa  60.5  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0137945 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2615  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 216 aa  60.5  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1452  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 199 aa  60.5  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3286  transcriptional regulator, TetR family  36.78 
 
 		 192 aa  60.8  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0570  transcriptional regulator, TetR family  26.42 
 
 		 188 aa  59.7  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2057  putative transcriptional regulator, TetR family  28.14 
 
 		 223 aa  59.7  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.334012  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4836  TetR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 193 aa  59.3  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0982  regulatory protein TetR  31.29 
 
 		 188 aa  59.3  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5370  TetR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 187 aa  59.3  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4496  TetR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 199 aa  59.3  0.00000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4583  TetR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 199 aa  59.3  0.00000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.204371 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4879  TetR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 199 aa  59.3  0.00000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.089814 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6198  transcriptional regulator, TetR family  30.86 
 
 		 193 aa  59.3  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.533125  normal  0.545762 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6123  transcriptional regulator, TetR family  43.37 
 
 		 232 aa  59.3  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.417481  normal  0.0113351 
 
 
-
 
NC_003296  RS05498  putative transcription regulator protein  28.22 
 
 		 197 aa  58.5  0.00000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.806773 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0423  transcriptional regulator, TetR family  31.52 
 
 		 184 aa  58.9  0.00000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.567311  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1492  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 200 aa  58.5  0.00000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.628172 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5811  transcriptional regulator, TetR family  31.28 
 
 		 222 aa  58.5  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.78864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2443  transcriptional regulator, TetR family  29.69 
 
 		 229 aa  58.5  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0220439  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0512  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0606  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 194 aa  57.4  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.288267  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2753  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 197 aa  58.2  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.920315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0619  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 194 aa  57.4  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.594999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3641  TetR family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0507549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1799  TetR family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  0.822653 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4064  transcriptional regulator, TetR family  31.06 
 
 		 196 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.528803  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1833  TetR family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7965  transcriptional regulator, TetR family  30.69 
 
 		 192 aa  56.6  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27910  transcriptional regulator, tetR family  36.78 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.839534  normal  0.794272 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2446  transcriptional regulator, TetR family  31.68 
 
 		 229 aa  56.2  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.8444  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0327  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8897  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 		 222 aa  55.8  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0763  TetR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 186 aa  55.8  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.711774 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2527  transcriptional regulator, TetR family  29.27 
 
 		 207 aa  55.8  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0597  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2182  transcriptional regulator, TetR family  46.03 
 
 		 207 aa  55.5  0.0000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>