101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3661 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3661  endonuclease/exonuclease/phosphatase  100 
 
 		 356 aa  709    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.680606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1072  endonuclease/exonuclease/phosphatase  68.79 
 
 		 314 aa  443  1e-123  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.1092  normal  0.788478 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2500  hypothetical protein  31.92 
 
 		 334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0903661  normal  0.190223 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0337  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.02 
 
 		 323 aa  112  8.000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.129211  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1262  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.21 
 
 		 305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.338722  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1499  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.33 
 
 		 312 aa  101  2e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.581311  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1244  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.04 
 
 		 328 aa  98.2  2e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.54181 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2958  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.54 
 
 		 331 aa  97.4  4e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0313395  normal  0.282504 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0656  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.31 
 
 		 348 aa  96.3  7e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0905047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2674  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.22 
 
 		 344 aa  95.9  8e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.452558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0960  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.83 
 
 		 327 aa  96.3  8e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3933  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.29 
 
 		 318 aa  95.5  1e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8349  hypothetical protein  28.48 
 
 		 334 aa  95.9  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.612911  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3537  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.9 
 
 		 351 aa  95.1  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.291858  normal  0.737818 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1134  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.51 
 
 		 328 aa  94.7  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000366282 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3087  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.88 
 
 		 318 aa  94.7  2e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0757532  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7816  Metal-dependent hydrolase-like protein  29.75 
 
 		 313 aa  91.3  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.410751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2399  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.59 
 
 		 341 aa  90.9  3e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0928  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.21 
 
 		 330 aa  89.4  9e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0945  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.21 
 
 		 330 aa  89.4  9e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2919  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.05 
 
 		 312 aa  88.2  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000384293  hitchhiker  0.000191262 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1921  metal-dependent hydrolase  30.26 
 
 		 320 aa  84.7  0.000000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3086  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.16 
 
 		 314 aa  83.2  0.000000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0350421  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1678  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.44 
 
 		 331 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0210  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.39 
 
 		 323 aa  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2153  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.81 
 
 		 351 aa  76.3  0.0000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000796237 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10258  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.01 
 
 		 365 aa  75.5  0.000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  hitchhiker  0.00476343  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0699  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.87 
 
 		 323 aa  71.6  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.803628  normal  0.0194962 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3447  integral membrane protein  38.17 
 
 		 200 aa  68.9  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.256503  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1883  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  23.96 
 
 		 357 aa  67.8  0.0000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.95616  hitchhiker  0.0000000882358 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1227  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.35 
 
 		 371 aa  67.4  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0187957  normal  0.460872 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2657  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.66 
 
 		 337 aa  66.6  0.0000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4164  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.61 
 
 		 335 aa  66.6  0.0000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.427821  normal  0.414907 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0667  hypothetical protein  29.73 
 
 		 338 aa  65.5  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.906928  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3554  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.94 
 
 		 319 aa  65.9  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4122  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.41 
 
 		 326 aa  65.1  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07085  hypothetical protein  22.03 
 
 		 340 aa  64.7  0.000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01235  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.89 
 
 		 325 aa  64.3  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.201786  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0622  AP endonuclease domain-containing protein  29.15 
 
 		 322 aa  63.9  0.000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0621  AP endonuclease domain-containing protein  29.15 
 
 		 357 aa  63.9  0.000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3057  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.76 
 
 		 359 aa  63.5  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1106  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.9 
 
 		 358 aa  63.5  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.332998  normal  0.673739 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1051  metal-dependent hydrolase  25.9 
 
 		 369 aa  63.2  0.000000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1156  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.59 
 
 		 370 aa  61.2  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.876276  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0484  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  21.76 
 
 		 370 aa  61.2  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3700  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.31 
 
 		 358 aa  60.8  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3363  hypothetical protein  29.31 
 
 		 321 aa  60.5  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0719633 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4138  hypothetical protein  24.11 
 
 		 325 aa  59.7  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.21488  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1523  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.21 
 
 		 354 aa  59.7  0.00000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2528  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.78 
 
 		 312 aa  59.7  0.00000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.772852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1868  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25 
 
 		 335 aa  57.4  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0536767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1700  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25 
 
 		 373 aa  56.2  0.0000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.119105  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4976  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.71 
 
 		 266 aa  56.2  0.0000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000483065 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0258  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  23.94 
 
 		 340 aa  55.8  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1886  putative Exodeoxyribonuclease III  28.57 
 
 		 259 aa  55.1  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0111436  normal  0.144129 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2679  endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.64 
 
 		 304 aa  55.1  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  25.75 
 
 		 262 aa  55.1  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0260  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.3 
 
 		 340 aa  55.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2622  exodeoxyribonuclease III Xth  30.1 
 
 		 254 aa  55.1  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.128111  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2987  YD repeat-containing protein  23.16 
 
 		 359 aa  54.7  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000379614 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2107  hypothetical protein  25.53 
 
 		 367 aa  54.3  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1188  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.24 
 
 		 837 aa  53.1  0.000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2657  exodeoxyribonuclease III  26.25 
 
 		 259 aa  53.1  0.000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.107023  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0885  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.86 
 
 		 365 aa  53.1  0.000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0197424 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1029  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.86 
 
 		 365 aa  53.1  0.000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0708398 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0858  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.77 
 
 		 371 aa  53.1  0.000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2189  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.1 
 
 		 324 aa  52.8  0.000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.18678 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1522  hypothetical protein  23.94 
 
 		 372 aa  52.4  0.00001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.894535  normal  0.0489595 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1380  endonuclease/exonuclease/phosphatase  23.53 
 
 		 355 aa  51.6  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  23.64 
 
 		 267 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0914  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.67 
 
 		 335 aa  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1315  exodeoxyribonuclease III  25.87 
 
 		 259 aa  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4762  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.77 
 
 		 299 aa  50.8  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  23.91 
 
 		 276 aa  50.8  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0900  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.43 
 
 		 354 aa  50.4  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0219654  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1195  exodeoxyribonuclease III Xth  25.86 
 
 		 259 aa  50.8  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.206462  normal  0.651553 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3585  endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.58 
 
 		 353 aa  50.8  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0347  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.67 
 
 		 343 aa  50.8  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1863  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.08 
 
 		 392 aa  50.4  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.97552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3875  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.7 
 
 		 353 aa  50.1  0.00006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1790  endonuclease/exonuclease/phosphatase  23.36 
 
 		 387 aa  50.1  0.00007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0544  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.73 
 
 		 344 aa  48.9  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0103771  normal  0.30561 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  22.76 
 
 		 263 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  24.28 
 
 		 263 aa  48.1  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24010  metal-dependent hydrolase  28.41 
 
 		 286 aa  48.5  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.078651 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3786  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  23.38 
 
 		 269 aa  47.8  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0327  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.24 
 
 		 343 aa  47.4  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000168371 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  25.19 
 
 		 262 aa  45.4  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1005  hypothetical protein  35.53 
 
 		 263 aa  45.4  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0897  exodeoxyribonuclease III  25.18 
 
 		 268 aa  45.1  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0929  exodeoxyribonuclease III Xth  25.28 
 
 		 261 aa  45.1  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4845  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.56 
 
 		 283 aa  44.7  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.346949  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26820  hypothetical protein  37.3 
 
 		 352 aa  45.1  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.873758 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4045  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.85 
 
 		 242 aa  44.3  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3678  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.08 
 
 		 437 aa  44.7  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.64554  normal  0.322426 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1212  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.06 
 
 		 372 aa  44.7  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4024  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.05 
 
 		 278 aa  43.9  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.284823  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2815  exodeoxyribonuclease III  25.56 
 
 		 261 aa  43.5  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0879261  normal  0.730816 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4697  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.48 
 
 		 328 aa  43.9  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2702  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  21.67 
 
 		 265 aa  43.9  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>