More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2804 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  100 
 
 
263 aa  545  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  89.35 
 
 
276 aa  497  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  88.21 
 
 
263 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  86.69 
 
 
267 aa  482  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  83.65 
 
 
263 aa  462  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  78.71 
 
 
266 aa  444  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1755  exodeoxyribonuclease III (xth)  79.47 
 
 
266 aa  446  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  70.54 
 
 
262 aa  394  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  64.17 
 
 
260 aa  356  1.9999999999999998e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  65.15 
 
 
264 aa  352  2e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0864  exodeoxyribonuclease III  64.17 
 
 
279 aa  353  2e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2355  exodeoxyribonuclease III Xth  63.78 
 
 
260 aa  350  1e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.936665  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  61.24 
 
 
262 aa  350  1e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  65.13 
 
 
263 aa  350  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1154  exodeoxyribonuclease III Xth  61.98 
 
 
263 aa  348  5e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.311062  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  63.6 
 
 
263 aa  347  1e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3018  exodeoxyribonuclease III Xth  61.15 
 
 
261 aa  347  2e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176682  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1683  exodeoxyribonuclease III  66.54 
 
 
258 aa  331  8e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.122396 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3266  exodeoxyribonuclease III Xth  58.4 
 
 
263 aa  321  9.000000000000001e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1402  exodeoxyribonuclease III  60.24 
 
 
258 aa  319  3e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.941543  normal  0.632012 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2700  exodeoxyribonuclease III Xth  57.03 
 
 
270 aa  318  5e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  57.85 
 
 
262 aa  313  2.9999999999999996e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1315  exodeoxyribonuclease III  59.3 
 
 
259 aa  311  4.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2657  exodeoxyribonuclease III  58.91 
 
 
259 aa  311  1e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.107023  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1195  exodeoxyribonuclease III Xth  57.36 
 
 
259 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.206462  normal  0.651553 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0692  exodeoxyribonuclease III  53.46 
 
 
263 aa  302  3.0000000000000004e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000190547  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0660  exodeoxyribonuclease III  53.46 
 
 
263 aa  302  3.0000000000000004e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000969043  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1911  exodeoxyribonuclease III Xth  56.59 
 
 
264 aa  301  5.000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.517852 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1956  exodeoxyribonuclease III Xth  56.49 
 
 
264 aa  301  8.000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0751549  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0929  exodeoxyribonuclease III Xth  57.47 
 
 
261 aa  300  1e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0897  exodeoxyribonuclease III  53.16 
 
 
268 aa  299  3e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2232  exodeoxyribonuclease III Xth  56.11 
 
 
264 aa  299  4e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.410107 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1920  exodeoxyribonuclease III  55.38 
 
 
262 aa  296  2e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.19654  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2815  exodeoxyribonuclease III  55.81 
 
 
261 aa  295  5e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0879261  normal  0.730816 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1784  exodeoxyribonuclease III  55.64 
 
 
266 aa  290  2e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144543  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1886  putative Exodeoxyribonuclease III  53.88 
 
 
259 aa  285  5.999999999999999e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0111436  normal  0.144129 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2921  exodeoxyribonuclease III Xth  55.94 
 
 
264 aa  285  8e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0913  exodeoxyribonuclease III Xth  49.22 
 
 
261 aa  266  2.9999999999999995e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.515839  normal  0.110771 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3378  exodeoxyribonuclease III Xth  50.78 
 
 
259 aa  263  1e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0851015 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3456  exodeoxyribonuclease III Xth  51.74 
 
 
303 aa  262  3e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2122  exodeoxyribonuclease III  51.94 
 
 
262 aa  261  8e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.443475  normal  0.589868 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  48.46 
 
 
258 aa  258  5.0000000000000005e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0747161  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2159  exodeoxyribonuclease III Xth  48.65 
 
 
260 aa  253  3e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188855  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2061  exodeoxyribonuclease III (exonuclease III)  48.05 
 
 
255 aa  250  2e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.240867  normal  0.343531 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2180  exodeoxyribonuclease III (xth)  49.42 
 
 
256 aa  249  3e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3911  exodeoxyribonuclease III  49.42 
 
 
271 aa  245  4e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1868  exodeoxyribonuclease III  48.25 
 
 
264 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0445089  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5283  exodeoxyribonuclease III Xth  48.26 
 
 
269 aa  243  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.974803  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1993  exodeoxyribonuclease III (xth)  47.04 
 
 
260 aa  242  3.9999999999999997e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0563751  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5986  exodeoxyribonuclease III Xth  46.95 
 
 
270 aa  242  5e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.294616 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0877  exodeoxyribonuclease III Xth  44.92 
 
 
264 aa  241  9e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00278743 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2221  exodeoxyribonuclease III  46.18 
 
 
270 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.162729  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0156  exodeoxyribonuclease III  46.3 
 
 
259 aa  239  4e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1386  exodeoxyribonuclease III Xth  48.08 
 
 
263 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.031293  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0675  exodeoxyribonuclease III  41.94 
 
 
281 aa  237  1e-61  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.107108  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2668  exodeoxyribonuclease III Xth  47.31 
 
 
260 aa  237  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.276969  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3068  exodeoxyribonuclease III Xth  48.06 
 
 
255 aa  237  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.504533 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1491  exodeoxyribonuclease III Xth  46.97 
 
 
264 aa  236  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.74554 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1085  exodeoxyribonuclease III  44.87 
 
 
259 aa  235  4e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.647883  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3423  exodeoxyribonuclease III  47.88 
 
 
255 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4910  exodeoxyribonuclease III  45.42 
 
 
283 aa  233  2.0000000000000002e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.38033  decreased coverage  0.000445359 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3045  exodeoxyribonuclease III  44.91 
 
 
265 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0213415  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3799  exodeoxyribonuclease III  44.62 
 
 
256 aa  231  9e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.602523  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5537  exodeoxyribonuclease III Xth  43.89 
 
 
308 aa  231  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0199533 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3010  exodeoxyribonuclease III Xth  45.53 
 
 
265 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0946  exodeoxyribonuclease III Xth  48.03 
 
 
256 aa  230  2e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.416202  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1207  exodeoxyribonuclease III (xth)  45.53 
 
 
256 aa  229  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2707  exodeoxyribonuclease III, putative  44.53 
 
 
265 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3424  exodeoxyribonuclease III  44.74 
 
 
272 aa  229  5e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.903718  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  45.04 
 
 
260 aa  228  8e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.917664  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2898  exodeoxyribonuclease III  45.14 
 
 
284 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696489  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2467  exodeoxyribonuclease III  43.8 
 
 
257 aa  224  1e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.184552 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4299  exodeoxyribonuclease III Xth  44.36 
 
 
257 aa  223  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231101  normal  0.275572 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0579  exodeoxyribonuclease III (xth)  43.14 
 
 
274 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0921  exodeoxyribonuclease III  45.14 
 
 
261 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.784471  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0988  exodeoxyribonuclease III  41.35 
 
 
262 aa  223  3e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1017  exodeoxyribonuclease III  41.35 
 
 
262 aa  223  3e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.869599 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3648  exodeoxyribonuclease III  42.31 
 
 
254 aa  221  9e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09930  putative exonuclease III  44.75 
 
 
266 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0994533  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0371  exodeoxyribonuclease III  41.7 
 
 
279 aa  219  1.9999999999999999e-56  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.226435  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2607  exodeoxyribonuclease III  44.57 
 
 
265 aa  220  1.9999999999999999e-56  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0881671 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3564  exodeoxyribonuclease III  41.89 
 
 
261 aa  220  1.9999999999999999e-56  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2622  exodeoxyribonuclease III Xth  42.31 
 
 
254 aa  218  6e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.128111  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3728  exodeoxyribonuclease III Xth  43.75 
 
 
256 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1001  exodeoxyribonuclease III  40.94 
 
 
259 aa  211  7e-54  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0471864  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3070  exodeoxyribonuclease III  40.84 
 
 
256 aa  211  7.999999999999999e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2418  exodeoxyribonuclease III  42.52 
 
 
277 aa  211  9e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2484  exodeoxyribonuclease III (xth)  43.8 
 
 
254 aa  211  1e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.616331  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0446  exodeoxyribonuclease III Xth  45.8 
 
 
258 aa  210  2e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.255564  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0007  exodeoxyribonuclease III Xth  40.7 
 
 
255 aa  209  4e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.669681 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1246  exodeoxyribonuclease III Xth  41.47 
 
 
254 aa  209  4e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0137674 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06981  exodeoxyribonuclease III  39.77 
 
 
279 aa  208  8e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1520  exodeoxyribonuclease III  41.06 
 
 
258 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.746689  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1738  exodeoxyribonuclease III  41.06 
 
 
258 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2631  exodeoxyribonuclease III  41.06 
 
 
258 aa  206  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.223347  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1637  exodeoxyribonuclease III Xth  40.15 
 
 
261 aa  206  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3071  exodeoxyribonuclease III  41.06 
 
 
258 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2687  exodeoxyribonuclease III  41.06 
 
 
258 aa  206  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2247  exodeoxyribonuclease III  41.06 
 
 
258 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2765  exodeoxyribonuclease III  40.75 
 
 
322 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>