More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2758 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  100 
 
 		 276 aa  570  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  89.35 
 
 		 263 aa  497  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  88.97 
 
 		 263 aa  490  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  86.69 
 
 		 267 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1755  exodeoxyribonuclease III (xth)  80.99 
 
 		 266 aa  451  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  81.37 
 
 		 263 aa  452  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  79.09 
 
 		 266 aa  442  1e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  69.47 
 
 		 262 aa  384  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  63.78 
 
 		 260 aa  353  2e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0864  exodeoxyribonuclease III  63.78 
 
 		 279 aa  352  5e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  60.69 
 
 		 262 aa  346  2e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2355  exodeoxyribonuclease III Xth  62.99 
 
 		 260 aa  342  2.9999999999999997e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.936665  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3018  exodeoxyribonuclease III Xth  61.15 
 
 		 261 aa  340  1e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176682  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  64.02 
 
 		 264 aa  340  2e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1154  exodeoxyribonuclease III Xth  60.46 
 
 		 263 aa  336  1.9999999999999998e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.311062  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  62.84 
 
 		 263 aa  334  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  61.22 
 
 		 263 aa  332  4e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3266  exodeoxyribonuclease III Xth  58.4 
 
 		 263 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1402  exodeoxyribonuclease III  60.24 
 
 		 258 aa  320  1.9999999999999998e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.941543  normal  0.632012 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1683  exodeoxyribonuclease III  64.17 
 
 		 258 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.122396 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2700  exodeoxyribonuclease III Xth  58.17 
 
 		 270 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  58.17 
 
 		 262 aa  307  1.0000000000000001e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1911  exodeoxyribonuclease III Xth  55.51 
 
 		 264 aa  300  2e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.517852 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1315  exodeoxyribonuclease III  57.36 
 
 		 259 aa  300  2e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2657  exodeoxyribonuclease III  56.98 
 
 		 259 aa  299  3e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.107023  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1956  exodeoxyribonuclease III Xth  56.27 
 
 		 264 aa  298  5e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0751549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2232  exodeoxyribonuclease III Xth  55.89 
 
 		 264 aa  296  3e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.410107 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1195  exodeoxyribonuclease III Xth  54.65 
 
 		 259 aa  296  3e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.206462  normal  0.651553 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0897  exodeoxyribonuclease III  53.16 
 
 		 268 aa  296  3e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2815  exodeoxyribonuclease III  56.2 
 
 		 261 aa  295  6e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0879261  normal  0.730816 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0692  exodeoxyribonuclease III  52.11 
 
 		 263 aa  293  2e-78  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000190547  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0660  exodeoxyribonuclease III  52.11 
 
 		 263 aa  293  2e-78  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000969043  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1784  exodeoxyribonuclease III  56.34 
 
 		 266 aa  291  8e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144543  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1920  exodeoxyribonuclease III  55 
 
 		 262 aa  290  2e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.19654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1886  putative Exodeoxyribonuclease III  54.65 
 
 		 259 aa  288  7e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0111436  normal  0.144129 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0929  exodeoxyribonuclease III Xth  55.17 
 
 		 261 aa  284  9e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2921  exodeoxyribonuclease III Xth  56.32 
 
 		 264 aa  280  1e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  50 
 
 		 258 aa  268  8.999999999999999e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0747161  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3378  exodeoxyribonuclease III Xth  51.16 
 
 		 259 aa  266  4e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0851015 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3456  exodeoxyribonuclease III Xth  52.27 
 
 		 303 aa  263  2e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2159  exodeoxyribonuclease III Xth  50.57 
 
 		 260 aa  260  2e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0913  exodeoxyribonuclease III Xth  49.61 
 
 		 261 aa  259  4e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.515839  normal  0.110771 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2122  exodeoxyribonuclease III  52.33 
 
 		 262 aa  257  1e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.443475  normal  0.589868 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2061  exodeoxyribonuclease III (exonuclease III)  48.83 
 
 		 255 aa  255  6e-67  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.240867  normal  0.343531 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5986  exodeoxyribonuclease III Xth  48.86 
 
 		 270 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.294616 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1386  exodeoxyribonuclease III Xth  49.81 
 
 		 263 aa  250  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.031293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5283  exodeoxyribonuclease III Xth  51.34 
 
 		 269 aa  250  2e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.974803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1868  exodeoxyribonuclease III  49.81 
 
 		 264 aa  249  3e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0445089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2180  exodeoxyribonuclease III (xth)  50.58 
 
 		 256 aa  249  3e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2221  exodeoxyribonuclease III  47.55 
 
 		 270 aa  249  4e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.162729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2668  exodeoxyribonuclease III Xth  49.23 
 
 		 260 aa  248  7e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.276969  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1491  exodeoxyribonuclease III Xth  48.86 
 
 		 264 aa  247  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.74554 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1993  exodeoxyribonuclease III (xth)  46.9 
 
 		 260 aa  245  4.9999999999999997e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0563751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3911  exodeoxyribonuclease III  50.19 
 
 		 271 aa  245  6.999999999999999e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0675  exodeoxyribonuclease III  44.09 
 
 		 281 aa  244  8e-64  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.107108  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3010  exodeoxyribonuclease III Xth  47.86 
 
 		 265 aa  241  7e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5537  exodeoxyribonuclease III Xth  45.25 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0199533 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4910  exodeoxyribonuclease III  46.59 
 
 		 283 aa  238  6.999999999999999e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.38033  decreased coverage  0.000445359 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0877  exodeoxyribonuclease III Xth  44.92 
 
 		 264 aa  238  9e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278743 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0156  exodeoxyribonuclease III  47.08 
 
 		 259 aa  238  1e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3045  exodeoxyribonuclease III  45.77 
 
 		 265 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0213415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1085  exodeoxyribonuclease III  46.56 
 
 		 259 aa  235  5.0000000000000005e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.647883  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3423  exodeoxyribonuclease III  48.65 
 
 		 255 aa  235  6e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3068  exodeoxyribonuclease III Xth  48.06 
 
 		 255 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.504533 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2707  exodeoxyribonuclease III, putative  45.38 
 
 		 265 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3424  exodeoxyribonuclease III  45.38 
 
 		 272 aa  233  4.0000000000000004e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.903718  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  46.79 
 
 		 260 aa  232  5e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.917664  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3799  exodeoxyribonuclease III  45.77 
 
 		 256 aa  231  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.602523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2467  exodeoxyribonuclease III  45.38 
 
 		 257 aa  228  6e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184552 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1207  exodeoxyribonuclease III (xth)  45.91 
 
 		 256 aa  227  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0946  exodeoxyribonuclease III Xth  48.03 
 
 		 256 aa  227  1e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.416202  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0921  exodeoxyribonuclease III  45.38 
 
 		 261 aa  226  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.784471  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09930  putative exonuclease III  44.66 
 
 		 266 aa  224  1e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0994533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3648  exodeoxyribonuclease III  43.85 
 
 		 254 aa  223  3e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2622  exodeoxyribonuclease III Xth  43.85 
 
 		 254 aa  223  3e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.128111  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0371  exodeoxyribonuclease III  43.17 
 
 		 279 aa  222  4e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.226435  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2898  exodeoxyribonuclease III  45.53 
 
 		 284 aa  222  6e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4299  exodeoxyribonuclease III Xth  45.14 
 
 		 257 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231101  normal  0.275572 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0579  exodeoxyribonuclease III (xth)  42.01 
 
 		 274 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3070  exodeoxyribonuclease III  42.37 
 
 		 256 aa  216  2e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3728  exodeoxyribonuclease III Xth  44.92 
 
 		 256 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0988  exodeoxyribonuclease III  40.6 
 
 		 262 aa  216  4e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1699  exodeoxyribonuclease III xth  44.11 
 
 		 282 aa  216  4e-55  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0398069  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1017  exodeoxyribonuclease III  40.6 
 
 		 262 aa  216  4e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.869599 
 
 
-
 
NC_002978  WD1001  exodeoxyribonuclease III  42.58 
 
 		 259 aa  216  5e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0471864  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2607  exodeoxyribonuclease III  44.11 
 
 		 265 aa  215  5e-55  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0881671 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2418  exodeoxyribonuclease III  44.09 
 
 		 277 aa  215  5.9999999999999996e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1460  exodeoxyribonuclease III Xth  45.1 
 
 		 254 aa  215  7e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.178949  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06981  exodeoxyribonuclease III  41.44 
 
 		 279 aa  211  1e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2765  exodeoxyribonuclease III  41.24 
 
 		 322 aa  209  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3564  exodeoxyribonuclease III  40.75 
 
 		 261 aa  209  3e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1246  exodeoxyribonuclease III Xth  43.02 
 
 		 254 aa  209  4e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0137674 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0446  exodeoxyribonuclease III Xth  46.95 
 
 		 258 aa  209  4e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.255564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1847  exodeoxyribonuclease III  42.08 
 
 		 258 aa  209  4e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1520  exodeoxyribonuclease III  42.08 
 
 		 258 aa  209  5e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.746689  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2631  exodeoxyribonuclease III  42.08 
 
 		 258 aa  209  5e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.223347  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1738  exodeoxyribonuclease III  42.08 
 
 		 258 aa  209  5e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2687  exodeoxyribonuclease III  42.08 
 
 		 258 aa  209  5e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2247  exodeoxyribonuclease III  42.08 
 
 		 258 aa  209  5e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3071  exodeoxyribonuclease III  42.08 
 
 		 258 aa  209  5e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>