More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1886 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1886  putative Exodeoxyribonuclease III  100 
 
 		 259 aa  529  1e-149  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0111436  normal  0.144129 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0897  exodeoxyribonuclease III  74.81 
 
 		 268 aa  410  1e-113  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1195  exodeoxyribonuclease III Xth  75.29 
 
 		 259 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.206462  normal  0.651553 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1315  exodeoxyribonuclease III  74.9 
 
 		 259 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2657  exodeoxyribonuclease III  74.52 
 
 		 259 aa  404  1e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.107023  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2815  exodeoxyribonuclease III  74.62 
 
 		 261 aa  397  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0879261  normal  0.730816 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0929  exodeoxyribonuclease III Xth  66.67 
 
 		 261 aa  348  6e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  60.08 
 
 		 262 aa  318  3.9999999999999996e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3018  exodeoxyribonuclease III Xth  58.14 
 
 		 261 aa  312  2.9999999999999996e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176682  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  58.85 
 
 		 260 aa  311  7.999999999999999e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2355  exodeoxyribonuclease III Xth  59.07 
 
 		 260 aa  311  7.999999999999999e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.936665  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0864  exodeoxyribonuclease III  59.07 
 
 		 279 aa  310  1e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  58.98 
 
 		 264 aa  304  8.000000000000001e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1956  exodeoxyribonuclease III Xth  57.25 
 
 		 264 aa  302  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0751549  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  59.38 
 
 		 263 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1920  exodeoxyribonuclease III  57.42 
 
 		 262 aa  302  5.000000000000001e-81  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.19654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1911  exodeoxyribonuclease III Xth  57.25 
 
 		 264 aa  301  6.000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.517852 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2232  exodeoxyribonuclease III Xth  57.25 
 
 		 264 aa  300  1e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.410107 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  57.41 
 
 		 263 aa  300  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  57.09 
 
 		 262 aa  300  2e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  55.81 
 
 		 263 aa  298  6e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1154  exodeoxyribonuclease III Xth  56.76 
 
 		 263 aa  297  1e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.311062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3266  exodeoxyribonuclease III Xth  57.31 
 
 		 263 aa  292  3e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  57.69 
 
 		 262 aa  292  3e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  54.65 
 
 		 276 aa  288  7e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  53.88 
 
 		 263 aa  288  8e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  55.04 
 
 		 267 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  53.88 
 
 		 263 aa  285  5.999999999999999e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  53.49 
 
 		 266 aa  279  3e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1402  exodeoxyribonuclease III  54.83 
 
 		 258 aa  278  6e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.941543  normal  0.632012 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1755  exodeoxyribonuclease III (xth)  52.71 
 
 		 266 aa  277  1e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1683  exodeoxyribonuclease III  56.98 
 
 		 258 aa  276  3e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.122396 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0660  exodeoxyribonuclease III  50.39 
 
 		 263 aa  275  5e-73  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000969043  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0692  exodeoxyribonuclease III  50.39 
 
 		 263 aa  275  5e-73  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000190547  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2700  exodeoxyribonuclease III Xth  54.23 
 
 		 270 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2180  exodeoxyribonuclease III (xth)  55 
 
 		 256 aa  270  2e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0156  exodeoxyribonuclease III  53.67 
 
 		 259 aa  266  2.9999999999999995e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2921  exodeoxyribonuclease III Xth  55.13 
 
 		 264 aa  265  5.999999999999999e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5283  exodeoxyribonuclease III Xth  51.74 
 
 		 269 aa  264  1e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.974803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  50.39 
 
 		 258 aa  262  3e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0747161  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4910  exodeoxyribonuclease III  51.35 
 
 		 283 aa  259  3e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.38033  decreased coverage  0.000445359 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3378  exodeoxyribonuclease III Xth  49.61 
 
 		 259 aa  259  4e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0851015 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1784  exodeoxyribonuclease III  51.32 
 
 		 266 aa  258  7e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144543  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0913  exodeoxyribonuclease III Xth  49.81 
 
 		 261 aa  257  1e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.515839  normal  0.110771 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3456  exodeoxyribonuclease III Xth  52.31 
 
 		 303 aa  256  2e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5537  exodeoxyribonuclease III Xth  50.58 
 
 		 308 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0199533 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2221  exodeoxyribonuclease III  50.58 
 
 		 270 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.162729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2159  exodeoxyribonuclease III Xth  50.19 
 
 		 260 aa  253  3e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3911  exodeoxyribonuclease III  52.87 
 
 		 271 aa  251  6e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5986  exodeoxyribonuclease III Xth  50.19 
 
 		 270 aa  251  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.294616 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2061  exodeoxyribonuclease III (exonuclease III)  49.22 
 
 		 255 aa  249  3e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.240867  normal  0.343531 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2122  exodeoxyribonuclease III  51.54 
 
 		 262 aa  249  4e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.443475  normal  0.589868 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2668  exodeoxyribonuclease III Xth  49.04 
 
 		 260 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.276969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3424  exodeoxyribonuclease III  48.08 
 
 		 272 aa  245  4e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.903718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1868  exodeoxyribonuclease III  47.13 
 
 		 264 aa  245  6e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0445089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0921  exodeoxyribonuclease III  48.26 
 
 		 261 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.784471  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09930  putative exonuclease III  48.65 
 
 		 266 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0994533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3045  exodeoxyribonuclease III  48.28 
 
 		 265 aa  243  3e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0213415  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  48.67 
 
 		 260 aa  240  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.917664  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1386  exodeoxyribonuclease III Xth  48.06 
 
 		 263 aa  240  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.031293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3010  exodeoxyribonuclease III Xth  47.89 
 
 		 265 aa  239  2e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2707  exodeoxyribonuclease III, putative  47.89 
 
 		 265 aa  239  4e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0877  exodeoxyribonuclease III Xth  48.06 
 
 		 264 aa  236  4e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278743 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1993  exodeoxyribonuclease III (xth)  44.92 
 
 		 260 aa  235  5.0000000000000005e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0563751  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1491  exodeoxyribonuclease III Xth  47.67 
 
 		 264 aa  234  8e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.74554 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1085  exodeoxyribonuclease III  46.9 
 
 		 259 aa  233  3e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.647883  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3799  exodeoxyribonuclease III  46.12 
 
 		 256 aa  230  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.602523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4299  exodeoxyribonuclease III Xth  46.9 
 
 		 257 aa  229  4e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231101  normal  0.275572 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3068  exodeoxyribonuclease III Xth  49.03 
 
 		 255 aa  227  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.504533 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3423  exodeoxyribonuclease III  49.22 
 
 		 255 aa  226  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1207  exodeoxyribonuclease III (xth)  46.33 
 
 		 256 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0946  exodeoxyribonuclease III Xth  45.53 
 
 		 256 aa  221  9e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.416202  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2622  exodeoxyribonuclease III Xth  45.45 
 
 		 254 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.128111  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0579  exodeoxyribonuclease III (xth)  44.4 
 
 		 274 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2898  exodeoxyribonuclease III  44.02 
 
 		 284 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3728  exodeoxyribonuclease III Xth  44.92 
 
 		 256 aa  214  8e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06981  exodeoxyribonuclease III  42.26 
 
 		 279 aa  212  3.9999999999999995e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2559  exodeoxyribonuclease III  41.83 
 
 		 260 aa  211  7e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0446  exodeoxyribonuclease III Xth  47.29 
 
 		 258 aa  211  7.999999999999999e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.255564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2467  exodeoxyribonuclease III  42.97 
 
 		 257 aa  209  3e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184552 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0988  exodeoxyribonuclease III  40 
 
 		 262 aa  208  7e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1017  exodeoxyribonuclease III  40 
 
 		 262 aa  208  7e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.869599 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1699  exodeoxyribonuclease III xth  43.4 
 
 		 282 aa  207  1e-52  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0398069  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0485  exodeoxyribonuclease III  36.98 
 
 		 281 aa  207  1e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.229415  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05481  exodeoxyribonuclease III  34.34 
 
 		 281 aa  207  2e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2071  exodeoxyribonuclease III  42.86 
 
 		 256 aa  204  1e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.663777 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0172  exodeoxyribonuclease III  42.08 
 
 		 255 aa  203  2e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000298085 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0661  exodeoxyribonuclease III  41.89 
 
 		 288 aa  202  3e-51  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.984285  normal  0.57398 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0675  exodeoxyribonuclease III  37.09 
 
 		 281 aa  202  4e-51  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.107108  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2418  exodeoxyribonuclease III  42.08 
 
 		 277 aa  202  6e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04851  exodeoxyribonuclease III  39.62 
 
 		 277 aa  201  8e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.416527  normal  0.309597 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1246  exodeoxyribonuclease III Xth  42.8 
 
 		 254 aa  201  9e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0137674 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3070  exodeoxyribonuclease III  42.02 
 
 		 256 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1817  exodeoxyribonuclease III  38.11 
 
 		 275 aa  201  9.999999999999999e-51  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.170882  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05401  exodeoxyribonuclease III  36.6 
 
 		 281 aa  201  9.999999999999999e-51  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.889276  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3564  exodeoxyribonuclease III  41.29 
 
 		 261 aa  201  9.999999999999999e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2484  exodeoxyribonuclease III (xth)  43.63 
 
 		 254 aa  200  1.9999999999999998e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.616331  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0703  hypothetical protein  39.3 
 
 		 256 aa  199  3e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5112  exodeoxyribonuclease III  41.44 
 
 		 260 aa  198  9e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.130446  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1114  exodeoxyribonuclease III Xth  42.47 
 
 		 258 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>