39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3700 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3700  endonuclease/exonuclease/phosphatase  100 
 
 		 358 aa  726    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0347  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.53 
 
 		 343 aa  152  8.999999999999999e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0900  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.77 
 
 		 354 aa  146  6e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0219654  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0327  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.24 
 
 		 343 aa  145  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000168371 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0667  hypothetical protein  26.2 
 
 		 338 aa  70.1  0.00000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.906928  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1072  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.21 
 
 		 314 aa  70.1  0.00000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.1092  normal  0.788478 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3875  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.36 
 
 		 387 aa  64.7  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.295355  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1227  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.76 
 
 		 371 aa  63.5  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0187957  normal  0.460872 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3661  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.62 
 
 		 356 aa  60.1  0.00000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.680606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0484  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  20.92 
 
 		 370 aa  58.2  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4997  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  24.45 
 
 		 332 aa  56.2  0.0000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.424253  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0258  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.43 
 
 		 340 aa  55.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0260  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.43 
 
 		 340 aa  55.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3554  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.83 
 
 		 319 aa  54.3  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1262  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.69 
 
 		 305 aa  53.1  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.338722  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2500  hypothetical protein  26.64 
 
 		 334 aa  53.1  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0903661  normal  0.190223 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24010  metal-dependent hydrolase  25.57 
 
 		 286 aa  52  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.078651 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1244  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.55 
 
 		 328 aa  48.9  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.54181 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1134  endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.14 
 
 		 328 aa  49.3  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000366282 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3786  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  23.51 
 
 		 269 aa  49.3  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2528  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.2 
 
 		 312 aa  48.1  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.772852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2670  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25 
 
 		 260 aa  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.246537  normal  0.0515035 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3018  exodeoxyribonuclease III Xth  21.33 
 
 		 261 aa  47.4  0.0004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176682  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7816  Metal-dependent hydrolase-like protein  25.45 
 
 		 313 aa  46.2  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.410751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5005  hypothetical protein  23.79 
 
 		 245 aa  46.2  0.0009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0147  metal-dependent hydrolase  24.89 
 
 		 673 aa  45.8  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1001  exodeoxyribonuclease III  21.35 
 
 		 259 aa  45.8  0.001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0471864  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0904  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  22.41 
 
 		 289 aa  45.8  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.355759  normal  0.240953 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1755  exodeoxyribonuclease III (xth)  37.93 
 
 		 266 aa  45.8  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4845  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.04 
 
 		 283 aa  45.8  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.346949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0929  exodeoxyribonuclease III Xth  27.34 
 
 		 261 aa  45.8  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0544  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.74 
 
 		 344 aa  46.2  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0103771  normal  0.30561 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1140  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25 
 
 		 231 aa  45.4  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4191  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.61 
 
 		 304 aa  44.7  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0935651  normal  0.0459934 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0791  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.71 
 
 		 808 aa  44.3  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.548418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1315  exodeoxyribonuclease III  25.28 
 
 		 259 aa  43.9  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3653  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  21.98 
 
 		 249 aa  43.1  0.008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.477132  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4122  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.72 
 
 		 326 aa  42.7  0.009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1195  exodeoxyribonuclease III Xth  26.3 
 
 		 259 aa  42.7  0.01  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.206462  normal  0.651553 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>