More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1195 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1195  exodeoxyribonuclease III Xth  100 
 
 
259 aa  526  1e-148  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.206462  normal  0.651553 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1315  exodeoxyribonuclease III  92.66 
 
 
259 aa  497  1e-140  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2657  exodeoxyribonuclease III  92.28 
 
 
259 aa  496  1e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.107023  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1886  putative Exodeoxyribonuclease III  75.29 
 
 
259 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0111436  normal  0.144129 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0897  exodeoxyribonuclease III  68.42 
 
 
268 aa  389  1e-107  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2815  exodeoxyribonuclease III  72.31 
 
 
261 aa  387  1e-106  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0879261  normal  0.730816 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0929  exodeoxyribonuclease III Xth  68.58 
 
 
261 aa  366  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  60.47 
 
 
262 aa  321  6e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  61.57 
 
 
264 aa  320  1.9999999999999998e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  61.57 
 
 
263 aa  318  3.9999999999999996e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  62.75 
 
 
263 aa  318  5e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0864  exodeoxyribonuclease III  60.23 
 
 
279 aa  316  2e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2355  exodeoxyribonuclease III Xth  59.85 
 
 
260 aa  316  2e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.936665  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  59.85 
 
 
260 aa  315  5e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3018  exodeoxyribonuclease III Xth  59.3 
 
 
261 aa  314  9e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176682  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1154  exodeoxyribonuclease III Xth  58.69 
 
 
263 aa  312  2.9999999999999996e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.311062  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  56.98 
 
 
263 aa  311  4.999999999999999e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3266  exodeoxyribonuclease III Xth  60 
 
 
263 aa  310  1e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  57.36 
 
 
263 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  57.75 
 
 
263 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  58.69 
 
 
262 aa  309  2.9999999999999997e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  58.62 
 
 
262 aa  308  5.9999999999999995e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1956  exodeoxyribonuclease III Xth  58.02 
 
 
264 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0751549  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1911  exodeoxyribonuclease III Xth  58.02 
 
 
264 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.517852 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2232  exodeoxyribonuclease III Xth  58.02 
 
 
264 aa  306  3e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.410107 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  56.2 
 
 
267 aa  302  5.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2700  exodeoxyribonuclease III Xth  58.08 
 
 
270 aa  298  8e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1402  exodeoxyribonuclease III  56.76 
 
 
258 aa  297  1e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.941543  normal  0.632012 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1755  exodeoxyribonuclease III (xth)  55.81 
 
 
266 aa  297  1e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  54.65 
 
 
276 aa  296  2e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  55.04 
 
 
266 aa  291  7e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1920  exodeoxyribonuclease III  56.08 
 
 
262 aa  291  1e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.19654  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0692  exodeoxyribonuclease III  52.33 
 
 
263 aa  286  2e-76  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000190547  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0660  exodeoxyribonuclease III  52.33 
 
 
263 aa  286  2e-76  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000969043  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1683  exodeoxyribonuclease III  58.53 
 
 
258 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.122396 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2921  exodeoxyribonuclease III Xth  58.94 
 
 
264 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2180  exodeoxyribonuclease III (xth)  55.38 
 
 
256 aa  279  4e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5283  exodeoxyribonuclease III Xth  54.05 
 
 
269 aa  277  1e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.974803  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3911  exodeoxyribonuclease III  56.49 
 
 
271 aa  271  6e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0913  exodeoxyribonuclease III Xth  52.12 
 
 
261 aa  271  1e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.515839  normal  0.110771 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3378  exodeoxyribonuclease III Xth  52.33 
 
 
259 aa  270  2e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0851015 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  50.78 
 
 
258 aa  269  2.9999999999999997e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0747161  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1784  exodeoxyribonuclease III  52.08 
 
 
266 aa  264  1e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144543  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0156  exodeoxyribonuclease III  52.12 
 
 
259 aa  263  2e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2122  exodeoxyribonuclease III  53.08 
 
 
262 aa  263  2e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.443475  normal  0.589868 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3456  exodeoxyribonuclease III Xth  51.54 
 
 
303 aa  259  3e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2061  exodeoxyribonuclease III (exonuclease III)  50 
 
 
255 aa  259  3e-68  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.240867  normal  0.343531 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4910  exodeoxyribonuclease III  51.74 
 
 
283 aa  258  6e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.38033  decreased coverage  0.000445359 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2159  exodeoxyribonuclease III Xth  50.58 
 
 
260 aa  257  1e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188855  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5537  exodeoxyribonuclease III Xth  51.35 
 
 
308 aa  256  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0199533 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09930  putative exonuclease III  51.35 
 
 
266 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0994533  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0921  exodeoxyribonuclease III  50.97 
 
 
261 aa  251  6e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.784471  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5986  exodeoxyribonuclease III Xth  50.97 
 
 
270 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.294616 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3045  exodeoxyribonuclease III  50.19 
 
 
265 aa  249  2e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0213415  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2221  exodeoxyribonuclease III  50.19 
 
 
270 aa  249  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.162729  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  50.58 
 
 
260 aa  248  6e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.917664  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2707  exodeoxyribonuclease III, putative  49.81 
 
 
265 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0877  exodeoxyribonuclease III Xth  48.06 
 
 
264 aa  242  3e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00278743 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1085  exodeoxyribonuclease III  48.06 
 
 
259 aa  242  3.9999999999999997e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.647883  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3424  exodeoxyribonuclease III  47.69 
 
 
272 aa  241  7.999999999999999e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.903718  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1868  exodeoxyribonuclease III  47.13 
 
 
264 aa  241  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0445089  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2668  exodeoxyribonuclease III Xth  49.04 
 
 
260 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.276969  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4299  exodeoxyribonuclease III Xth  48.06 
 
 
257 aa  238  5e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231101  normal  0.275572 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2622  exodeoxyribonuclease III Xth  47.08 
 
 
254 aa  236  3e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.128111  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3010  exodeoxyribonuclease III Xth  47.89 
 
 
265 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2898  exodeoxyribonuclease III  46.72 
 
 
284 aa  235  6e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696489  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3799  exodeoxyribonuclease III  46.51 
 
 
256 aa  233  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.602523  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1386  exodeoxyribonuclease III Xth  46.9 
 
 
263 aa  231  8.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.031293  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3068  exodeoxyribonuclease III Xth  50.38 
 
 
255 aa  230  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.504533 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1993  exodeoxyribonuclease III (xth)  45.7 
 
 
260 aa  230  2e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0563751  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1491  exodeoxyribonuclease III Xth  47.29 
 
 
264 aa  228  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.74554 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1207  exodeoxyribonuclease III (xth)  47.49 
 
 
256 aa  226  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0946  exodeoxyribonuclease III Xth  47.47 
 
 
256 aa  226  3e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.416202  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3728  exodeoxyribonuclease III Xth  47.86 
 
 
256 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0579  exodeoxyribonuclease III (xth)  45.95 
 
 
274 aa  225  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3423  exodeoxyribonuclease III  49.42 
 
 
255 aa  224  8e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0703  hypothetical protein  42.41 
 
 
256 aa  218  7e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0685  hypothetical protein  42.02 
 
 
256 aa  216  2.9999999999999998e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0446  exodeoxyribonuclease III Xth  47.67 
 
 
258 aa  211  1e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.255564  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2467  exodeoxyribonuclease III  43.53 
 
 
257 aa  208  5e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.184552 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1246  exodeoxyribonuclease III Xth  42.64 
 
 
254 aa  205  5e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0137674 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3564  exodeoxyribonuclease III  40.15 
 
 
261 aa  204  2e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1699  exodeoxyribonuclease III xth  39.62 
 
 
282 aa  201  9.999999999999999e-51  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0398069  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0675  exodeoxyribonuclease III  37.82 
 
 
281 aa  201  9.999999999999999e-51  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.107108  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3648  exodeoxyribonuclease III  42.25 
 
 
254 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2418  exodeoxyribonuclease III  41.31 
 
 
277 aa  199  3e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2611  exodeoxyribonuclease III Xth  42.37 
 
 
258 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.458401 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2283  exodeoxyribonuclease III Xth  41.63 
 
 
267 aa  196  2.0000000000000003e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.703686  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06981  exodeoxyribonuclease III  39.62 
 
 
279 aa  196  2.0000000000000003e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1017  exodeoxyribonuclease III  38.49 
 
 
262 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.869599 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1526  exodeoxyribonuclease III  41.6 
 
 
258 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541899  normal  0.12165 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1114  exodeoxyribonuclease III Xth  43.24 
 
 
258 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0988  exodeoxyribonuclease III  38.49 
 
 
262 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1460  exodeoxyribonuclease III Xth  44.62 
 
 
254 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.178949  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1194  exodeoxyribonuclease III Xth  43.24 
 
 
258 aa  195  5.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118144  normal  0.796496 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1847  exodeoxyribonuclease III  41.38 
 
 
258 aa  195  6e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0258  exodeoxyribonuclease III  42.15 
 
 
264 aa  194  9e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0433178  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0661  exodeoxyribonuclease III  38.87 
 
 
288 aa  193  3e-48  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.984285  normal  0.57398 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1738  exodeoxyribonuclease III  40.61 
 
 
258 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2687  exodeoxyribonuclease III  40.61 
 
 
258 aa  192  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>