More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3047 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3047  radical SAM family protein  100 
 
 		 153 aa  309  9e-84  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0900  Radical SAM domain protein  62.04 
 
 		 292 aa  144  4.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1985  Methyltransferase type 11  37.61 
 
 		 1000 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  40.59 
 
 		 372 aa  65.9  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  32.38 
 
 		 399 aa  63.9  0.0000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04320  Radical SAM domain protein  40.51 
 
 		 459 aa  63.2  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0899  Radical SAM domain protein  41.38 
 
 		 345 aa  63.5  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.467857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  34.02 
 
 		 395 aa  63.5  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  40.7 
 
 		 372 aa  61.2  0.000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.150744  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  37.5 
 
 		 415 aa  61.6  0.000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  40.7 
 
 		 359 aa  61.2  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1706  radical SAM domain-containing protein  37.36 
 
 		 516 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971724  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  32.38 
 
 		 391 aa  60.8  0.000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  31.43 
 
 		 393 aa  60.5  0.000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4009  radical SAM domain-containing protein  35.51 
 
 		 362 aa  60.5  0.000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.727225 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0937  radical SAM superfamily protein  32.08 
 
 		 365 aa  59.7  0.00000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.6279  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  34.29 
 
 		 398 aa  60.1  0.00000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0194  radical SAM domain-containing protein  33.82 
 
 		 579 aa  58.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.369341  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  32.98 
 
 		 380 aa  58.9  0.00000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  33.72 
 
 		 399 aa  58.5  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0011  Radical SAM domain protein  44.83 
 
 		 338 aa  58.5  0.00000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0911  radical SAM domain-containing protein  34.48 
 
 		 497 aa  58.2  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  32.69 
 
 		 409 aa  57.8  0.00000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  36.47 
 
 		 387 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  30.77 
 
 		 407 aa  57.4  0.00000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  36.47 
 
 		 387 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  40.45 
 
 		 398 aa  56.6  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0883  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  36.05 
 
 		 399 aa  56.6  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  32.8 
 
 		 422 aa  57  0.0000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0775  Radical SAM domain protein  37.78 
 
 		 405 aa  56.6  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  30.95 
 
 		 378 aa  55.8  0.0000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1618  radical SAM domain-containing protein  32.95 
 
 		 472 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.35939  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  34.83 
 
 		 332 aa  55.8  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0516  radical SAM domain-containing protein  36.25 
 
 		 343 aa  55.8  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10707  coenzyme PQQ synthesis protein E pqqE  37.36 
 
 		 391 aa  56.2  0.0000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0913  Radical SAM domain protein  24.49 
 
 		 361 aa  55.5  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.525618  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  32.29 
 
 		 414 aa  55.5  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2175  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  39.76 
 
 		 350 aa  56.2  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2362  Radical SAM domain protein  39.56 
 
 		 409 aa  56.2  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000000979641  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4523  Radical SAM domain protein  34.88 
 
 		 347 aa  55.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0414  radical SAM domain-containing protein  35.63 
 
 		 330 aa  55.1  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.910572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1913  Radical SAM domain protein  34.52 
 
 		 364 aa  55.1  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  32.04 
 
 		 399 aa  55.1  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0848  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  38.64 
 
 		 371 aa  55.1  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  32.98 
 
 		 397 aa  54.7  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  34.38 
 
 		 394 aa  54.7  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  34.88 
 
 		 397 aa  55.1  0.0000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4936  Radical SAM domain protein  36.56 
 
 		 410 aa  54.3  0.0000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5901  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  40.23 
 
 		 374 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.630073 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3326  radical SAM domain-containing protein  38.46 
 
 		 396 aa  54.3  0.0000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.579785 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  32.14 
 
 		 404 aa  53.9  0.0000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1392  Radical SAM domain protein  28.81 
 
 		 377 aa  53.9  0.0000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.358724 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  39.33 
 
 		 392 aa  53.9  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601943  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1573  Radical SAM domain protein  29.55 
 
 		 372 aa  53.9  0.0000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  31.33 
 
 		 375 aa  53.9  0.0000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  37.93 
 
 		 389 aa  53.5  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5162  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  39.77 
 
 		 379 aa  53.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.426022 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  40 
 
 		 380 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5965  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  33.33 
 
 		 387 aa  53.1  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0233125 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  39.77 
 
 		 379 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.384282  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5119  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  39.77 
 
 		 379 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  32.56 
 
 		 394 aa  53.1  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  34.52 
 
 		 389 aa  53.1  0.000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  34.52 
 
 		 377 aa  52.8  0.000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6512  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  34.88 
 
 		 405 aa  52.8  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397453  normal  0.0847554 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4243  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 		 360 aa  52.4  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0292  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  30.71 
 
 		 386 aa  52.4  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.876947 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1799  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  40.45 
 
 		 391 aa  52.8  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.125674  normal  0.916048 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2660  Fe-S oxidoreductase, putative coenzyme synthesis protein  30.48 
 
 		 344 aa  52.8  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  32.56 
 
 		 394 aa  52.4  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3778  Radical SAM domain protein  34.04 
 
 		 429 aa  52.8  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.347874  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3154  radical SAM family protein  30.94 
 
 		 367 aa  52.8  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1685  hypothetical protein  31.58 
 
 		 314 aa  52.4  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0732068  normal  0.0666172 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1385  Radical SAM domain protein  32.58 
 
 		 417 aa  52.4  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0362532  unclonable  0.0000106904 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  33.72 
 
 		 393 aa  52.4  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2359  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  36.63 
 
 		 378 aa  52.4  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  36.49 
 
 		 333 aa  52.8  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4038  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  37.97 
 
 		 370 aa  52.4  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.107289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  40 
 
 		 380 aa  52.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.121554  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0792  Radical SAM domain protein  29.92 
 
 		 353 aa  52  0.000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  30 
 
 		 391 aa  52  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  33.72 
 
 		 380 aa  52  0.000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  36.9 
 
 		 382 aa  52  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  30.34 
 
 		 390 aa  52  0.000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0257  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  32.26 
 
 		 315 aa  52  0.000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.862128  normal  0.0494726 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2033  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  34.74 
 
 		 395 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8971  Radical SAM domain protein  38.55 
 
 		 370 aa  52  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.126131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2197  radical SAM domain-containing protein  35.71 
 
 		 368 aa  52  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  32.56 
 
 		 393 aa  52  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  32.14 
 
 		 349 aa  52.4  0.000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  39.33 
 
 		 373 aa  51.6  0.000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  37.21 
 
 		 368 aa  51.6  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1001  radical SAM family protein  34.04 
 
 		 401 aa  51.6  0.000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6168  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  40.7 
 
 		 374 aa  51.6  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0169631  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  29.9 
 
 		 330 aa  51.6  0.000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1028  radical SAM domain-containing protein  34.04 
 
 		 401 aa  51.6  0.000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1430  radical SAM domain-containing protein  35.71 
 
 		 389 aa  51.6  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.733862  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1018  radical SAM domain-containing protein  34.04 
 
 		 401 aa  51.6  0.000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0572613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3378  hypothetical protein  30.23 
 
 		 595 aa  51.6  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  29.7 
 
 		 380 aa  51.2  0.000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>