More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0292 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_0292  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  100 
 
 
386 aa  803    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.876947 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6512  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  67.86 
 
 
405 aa  567  1e-161  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397453  normal  0.0847554 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2470  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  70.16 
 
 
407 aa  547  1e-154  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.616066 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0729  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  69.78 
 
 
380 aa  546  1e-154  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701014  normal  0.10573 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1782  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  68.11 
 
 
389 aa  528  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4038  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  68.39 
 
 
370 aa  522  1e-147  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.107289  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5901  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  67.12 
 
 
374 aa  513  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.630073 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  66.76 
 
 
379 aa  513  1e-144  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.384282  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5119  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  66.76 
 
 
379 aa  513  1e-144  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5162  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  67.4 
 
 
379 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.426022 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6168  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  67.4 
 
 
374 aa  510  1e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0169631  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2492  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  63.73 
 
 
400 aa  509  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250234  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2098  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  62.67 
 
 
400 aa  504  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.456256  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5965  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  68.78 
 
 
387 aa  502  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0233125 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1680  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.66 
 
 
397 aa  504  1e-141  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.725852 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1702  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  63.11 
 
 
375 aa  499  1e-140  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.475579 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3053  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  64.32 
 
 
385 aa  483  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0248  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.79 
 
 
386 aa  482  1e-135  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239329 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  59.37 
 
 
414 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0973479  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.91 
 
 
373 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0775464  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.81 
 
 
379 aa  455  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1969  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.33 
 
 
384 aa  456  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.046264  normal  0.222604 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0376  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.72 
 
 
376 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0405  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.57 
 
 
386 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4827  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.99 
 
 
382 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.900722 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0509  coenzyme PQQ synthesis protein E  56.91 
 
 
389 aa  449  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4674  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.18 
 
 
389 aa  449  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0401  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.45 
 
 
376 aa  451  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.45 
 
 
381 aa  449  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3305  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.33 
 
 
370 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.829454  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0857  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.47 
 
 
378 aa  442  1e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2623  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.45 
 
 
385 aa  442  1e-123  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41640  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.34 
 
 
383 aa  439  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.177576  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.44 
 
 
371 aa  426  1e-118  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0357225  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2836  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.53 
 
 
381 aa  409  1e-113  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.7 
 
 
368 aa  365  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0848  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.01 
 
 
371 aa  365  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2456  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  53.43 
 
 
370 aa  363  2e-99  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152479  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.24 
 
 
372 aa  363  4e-99  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.150744  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2175  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  52.69 
 
 
350 aa  361  9e-99  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  49.58 
 
 
373 aa  357  9.999999999999999e-98  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1151  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.1 
 
 
373 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00861011 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0689  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.31 
 
 
389 aa  355  5.999999999999999e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.62446  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2033  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.14 
 
 
395 aa  352  4e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2359  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.43 
 
 
378 aa  346  4e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1799  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.14 
 
 
391 aa  344  1e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.125674  normal  0.916048 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3319  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  49.86 
 
 
381 aa  343  2.9999999999999997e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.328193 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3915  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.77 
 
 
375 aa  342  5e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.41 
 
 
398 aa  342  5e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1817  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.85 
 
 
384 aa  342  5e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2153  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.85 
 
 
384 aa  342  5e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.666004  normal  0.11423 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0883  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.24 
 
 
399 aa  342  7e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1769  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.48 
 
 
384 aa  340  4e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.51 
 
 
380 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.06 
 
 
380 aa  335  5.999999999999999e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.121554  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.06 
 
 
380 aa  335  7.999999999999999e-91  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.66 
 
 
392 aa  332  5e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601943  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.04 
 
 
372 aa  330  3e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5988  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  49.29 
 
 
379 aa  329  5.0000000000000004e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257809  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5768  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.43 
 
 
379 aa  325  1e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.922128  normal  0.949586 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3419  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.4 
 
 
414 aa  323  3e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058581  normal  0.446493 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0516  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.32 
 
 
381 aa  319  5e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1588  Radical SAM domain protein  27.4 
 
 
361 aa  139  6e-32  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.362725  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  28.49 
 
 
380 aa  115  2.0000000000000002e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  28 
 
 
347 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  25.36 
 
 
349 aa  110  3e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  26.4 
 
 
346 aa  108  2e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  28.36 
 
 
359 aa  107  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  25.93 
 
 
358 aa  105  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  25.93 
 
 
358 aa  104  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  26.92 
 
 
428 aa  103  4e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 
357 aa  102  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  26.85 
 
 
565 aa  102  1e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1679  Radical SAM domain protein  27.92 
 
 
364 aa  102  1e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.830639 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  28.13 
 
 
429 aa  102  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  25.07 
 
 
356 aa  102  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  26.1 
 
 
359 aa  100  5e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  23.6 
 
 
496 aa  99.8  7e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1091  MoaA/NifB/PqqE family protein  28.42 
 
 
379 aa  99.4  1e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1215  Radical SAM domain protein  28.11 
 
 
367 aa  98.2  2e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.154309  hitchhiker  0.00000759697 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.28 
 
 
397 aa  98.2  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  26.26 
 
 
480 aa  98.2  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  24.93 
 
 
414 aa  97.4  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  24.93 
 
 
479 aa  97.1  5e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  27.17 
 
 
349 aa  96.7  6e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  27.68 
 
 
418 aa  96.7  6e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  25.88 
 
 
501 aa  96.7  7e-19  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 
358 aa  96.3  8e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  24.56 
 
 
358 aa  95.5  1e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  24.72 
 
 
405 aa  95.9  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  25.43 
 
 
356 aa  95.9  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0937  radical SAM superfamily protein  23.89 
 
 
365 aa  94.7  2e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.6279  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0505  radical SAM domain-containing protein  26.37 
 
 
367 aa  94  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  23.72 
 
 
363 aa  93.2  7e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  26.32 
 
 
325 aa  93.2  7e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  25.93 
 
 
381 aa  93.2  7e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  25.58 
 
 
380 aa  93.2  8e-18  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  26.89 
 
 
372 aa  92.4  1e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  26.05 
 
 
335 aa  92  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0298  radical SAM domain-containing protein  25.66 
 
 
491 aa  92.8  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>