More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_5162 on replicon NC_010515
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_5162  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  100 
 
 
379 aa  785    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.426022 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  99.47 
 
 
379 aa  781    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.384282  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6168  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  89.47 
 
 
374 aa  682    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0169631  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5901  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  88.95 
 
 
374 aa  697    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.630073 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5119  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  99.47 
 
 
379 aa  781    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5965  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  88.46 
 
 
387 aa  659    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0233125 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6512  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  72.65 
 
 
405 aa  551  1e-156  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397453  normal  0.0847554 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1782  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  70.57 
 
 
389 aa  536  1e-151  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2470  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  70.35 
 
 
407 aa  531  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.616066 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2492  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  67.47 
 
 
400 aa  530  1e-149  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250234  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2098  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  66.67 
 
 
400 aa  525  1e-148  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.456256  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4038  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  69.11 
 
 
370 aa  513  1e-144  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.107289  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0292  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  67.4 
 
 
386 aa  511  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.876947 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0729  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  67.59 
 
 
380 aa  510  1e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701014  normal  0.10573 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1702  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  63.49 
 
 
375 aa  496  1e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.475579 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1680  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  59.5 
 
 
397 aa  474  1e-132  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.725852 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.66 
 
 
373 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0775464  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0248  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  61.48 
 
 
386 aa  462  1e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239329 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3053  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  62.16 
 
 
385 aa  458  9.999999999999999e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  63.02 
 
 
414 aa  455  1e-127  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0973479  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2623  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.91 
 
 
385 aa  445  1.0000000000000001e-124  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.95 
 
 
379 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0401  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.22 
 
 
376 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0376  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.95 
 
 
376 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4674  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.95 
 
 
389 aa  441  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0509  coenzyme PQQ synthesis protein E  56.87 
 
 
389 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4827  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.64 
 
 
382 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.900722 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41640  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  59.46 
 
 
383 aa  439  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.177576  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0405  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.68 
 
 
386 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1969  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.06 
 
 
384 aa  436  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.046264  normal  0.222604 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2836  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  59.17 
 
 
381 aa  424  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.64 
 
 
381 aa  424  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3305  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.91 
 
 
370 aa  424  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.829454  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0857  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.87 
 
 
378 aa  416  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.56 
 
 
371 aa  411  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0357225  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.53 
 
 
368 aa  363  2e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2175  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  52.47 
 
 
350 aa  355  1e-96  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1151  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.3 
 
 
373 aa  345  5e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00861011 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2456  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  51.63 
 
 
370 aa  345  6e-94  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152479  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.31 
 
 
372 aa  331  1e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.150744  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0848  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.98 
 
 
371 aa  330  2e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3319  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.11 
 
 
381 aa  330  2e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.328193 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3915  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.26 
 
 
375 aa  326  4.0000000000000003e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2359  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.96 
 
 
378 aa  324  2e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1799  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.55 
 
 
391 aa  322  7e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.125674  normal  0.916048 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2033  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.87 
 
 
395 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.72 
 
 
373 aa  320  3e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.54 
 
 
398 aa  320  3e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0689  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.75 
 
 
389 aa  319  6e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.62446  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5768  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.67 
 
 
379 aa  315  7e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.922128  normal  0.949586 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1769  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  43.82 
 
 
384 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.38 
 
 
372 aa  311  9e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.08 
 
 
380 aa  311  9e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0883  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  43.14 
 
 
399 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1817  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  43.28 
 
 
384 aa  310  2e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0516  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  43.84 
 
 
381 aa  310  2e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2153  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  43.28 
 
 
384 aa  310  2e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.666004  normal  0.11423 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.13 
 
 
380 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.121554  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.13 
 
 
380 aa  309  5e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.1 
 
 
392 aa  309  5e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601943  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5988  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.8 
 
 
379 aa  309  5e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257809  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3419  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  43.13 
 
 
414 aa  297  2e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058581  normal  0.446493 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1588  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
361 aa  149  9e-35  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.362725  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1215  Radical SAM domain protein  29.38 
 
 
367 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.154309  hitchhiker  0.00000759697 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  25.64 
 
 
349 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  28.29 
 
 
380 aa  110  3e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  25.58 
 
 
346 aa  110  6e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  27.3 
 
 
347 aa  109  9.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  28.89 
 
 
372 aa  104  2e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.53 
 
 
397 aa  103  4e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1335  hypothetical protein  26.06 
 
 
363 aa  102  1e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.861062 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  26.07 
 
 
347 aa  100  4e-20  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  29.71 
 
 
429 aa  100  4e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  26.57 
 
 
373 aa  99.8  8e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  25.07 
 
 
479 aa  99  1e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1880  Radical SAM domain protein  27.25 
 
 
359 aa  98.6  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  23.56 
 
 
358 aa  98.6  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  28.21 
 
 
428 aa  98.6  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  25.7 
 
 
565 aa  97.8  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  23.56 
 
 
358 aa  97.8  3e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  24.77 
 
 
325 aa  96.3  9e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  25.07 
 
 
405 aa  95.9  9e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  24.93 
 
 
359 aa  95.5  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  22.99 
 
 
357 aa  95.5  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  26.79 
 
 
418 aa  95.9  1e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  27.95 
 
 
391 aa  94.7  2e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  24.21 
 
 
354 aa  95.1  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  26.71 
 
 
384 aa  94.7  2e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  24.24 
 
 
480 aa  95.1  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  23.92 
 
 
356 aa  94.4  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  26.51 
 
 
399 aa  94.4  3e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1309  radical SAM family protein  23.69 
 
 
357 aa  93.6  5e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  23.63 
 
 
356 aa  93.6  6e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.33 
 
 
399 aa  92.8  9e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  25.44 
 
 
414 aa  92  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4272  Radical SAM domain protein  24.62 
 
 
337 aa  92  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2983  Radical SAM domain protein  27.14 
 
 
394 aa  92  1e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  24.5 
 
 
358 aa  91.3  2e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1737  coenzyme PQQ synthesis protein  25.7 
 
 
378 aa  91.7  2e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1713  coenzyme PQQ synthesis protein  25.7 
 
 
377 aa  91.7  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00161975  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>