More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6512 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010625  Bphy_6512  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  100 
 
 
405 aa  849    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397453  normal  0.0847554 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2470  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  78.89 
 
 
407 aa  647    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.616066 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0292  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  67.86 
 
 
386 aa  567  1e-160  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.876947 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2492  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  70.42 
 
 
400 aa  555  1e-157  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250234  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  72.65 
 
 
379 aa  551  1e-156  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.384282  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5119  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  72.65 
 
 
379 aa  551  1e-156  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5162  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  72.65 
 
 
379 aa  551  1e-156  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.426022 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2098  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  69.37 
 
 
400 aa  550  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.456256  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4038  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  71.62 
 
 
370 aa  549  1e-155  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.107289  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5901  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  71.82 
 
 
374 aa  549  1e-155  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.630073 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1782  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  67.55 
 
 
389 aa  547  1e-154  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6168  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  71.7 
 
 
374 aa  545  1e-154  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0169631  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5965  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  72.3 
 
 
387 aa  531  1e-150  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0233125 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0729  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  68.96 
 
 
380 aa  531  1e-150  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701014  normal  0.10573 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1680  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.78 
 
 
397 aa  515  1.0000000000000001e-145  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.725852 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1702  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  62.84 
 
 
375 aa  501  1e-141  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.475579 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3053  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  64.46 
 
 
385 aa  493  9.999999999999999e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0248  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  62.23 
 
 
386 aa  493  9.999999999999999e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239329 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.98 
 
 
414 aa  485  1e-136  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0973479  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0509  coenzyme PQQ synthesis protein E  55.19 
 
 
389 aa  473  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4674  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.95 
 
 
389 aa  474  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4827  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.38 
 
 
382 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.900722 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.27 
 
 
379 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0376  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.38 
 
 
376 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0401  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.11 
 
 
376 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0405  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.95 
 
 
386 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.33 
 
 
373 aa  464  1e-129  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0775464  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2623  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.35 
 
 
385 aa  459  9.999999999999999e-129  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1969  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.38 
 
 
384 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.046264  normal  0.222604 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41640  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.57 
 
 
383 aa  445  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.177576  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.26 
 
 
381 aa  443  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3305  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.49 
 
 
370 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.829454  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0857  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.73 
 
 
378 aa  434  1e-120  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.7 
 
 
371 aa  422  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0357225  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2836  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.03 
 
 
381 aa  409  1e-113  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2175  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  50.58 
 
 
350 aa  354  1e-96  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  49.58 
 
 
368 aa  352  5e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0848  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.9 
 
 
371 aa  351  1e-95  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2456  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  50.6 
 
 
370 aa  341  1e-92  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152479  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.38 
 
 
373 aa  340  2e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3915  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.71 
 
 
375 aa  338  8e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1151  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  49.1 
 
 
373 aa  335  7.999999999999999e-91  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00861011 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.49 
 
 
372 aa  332  5e-90  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.150744  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.7 
 
 
398 aa  332  7.000000000000001e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2033  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.8 
 
 
395 aa  330  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2359  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.5 
 
 
378 aa  326  4.0000000000000003e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0689  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.13 
 
 
389 aa  321  9.999999999999999e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.62446  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1799  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.71 
 
 
391 aa  319  3.9999999999999996e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.125674  normal  0.916048 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1817  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.54 
 
 
384 aa  318  1e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0883  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.05 
 
 
399 aa  318  1e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2153  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.54 
 
 
384 aa  318  1e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.666004  normal  0.11423 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.16 
 
 
372 aa  318  2e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.73 
 
 
380 aa  316  4e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.121554  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.73 
 
 
380 aa  315  7e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1769  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.66 
 
 
384 aa  315  7e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.06 
 
 
380 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3319  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.2 
 
 
381 aa  313  2.9999999999999996e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.328193 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.33 
 
 
392 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601943  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5988  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.25 
 
 
379 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257809  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5768  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.33 
 
 
379 aa  307  3e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.922128  normal  0.949586 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0516  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.58 
 
 
381 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3419  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.98 
 
 
414 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058581  normal  0.446493 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1588  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
361 aa  153  5.9999999999999996e-36  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.362725  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  26.65 
 
 
346 aa  108  2e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2362  Radical SAM domain protein  28.18 
 
 
409 aa  106  6e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000000979641  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  27.66 
 
 
429 aa  104  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  25.3 
 
 
347 aa  103  4e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  25.07 
 
 
380 aa  102  2e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2352  radical SAM family protein  25.75 
 
 
487 aa  99.8  8e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1018  radical SAM domain-containing protein  28.27 
 
 
401 aa  98.6  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0572613  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10707  coenzyme PQQ synthesis protein E pqqE  27.76 
 
 
391 aa  98.2  2e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1028  radical SAM domain-containing protein  28.27 
 
 
401 aa  98.6  2e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1001  radical SAM family protein  28.27 
 
 
401 aa  98.6  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  26.06 
 
 
428 aa  98.2  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1728  hypothetical protein  25.52 
 
 
491 aa  97.1  5e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5552  radical SAM domain-containing protein  24.48 
 
 
482 aa  97.1  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.789613 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  27.3 
 
 
372 aa  95.5  1e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0775  Radical SAM domain protein  27.73 
 
 
405 aa  95.5  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.92 
 
 
397 aa  95.5  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3154  radical SAM family protein  26.05 
 
 
367 aa  95.1  2e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  26.06 
 
 
325 aa  94.4  3e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1335  hypothetical protein  25.08 
 
 
363 aa  94  4e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.861062 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  24.85 
 
 
349 aa  94  4e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1880  Radical SAM domain protein  26.09 
 
 
359 aa  94  4e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3206  radical SAM domain-containing protein  28.31 
 
 
412 aa  93.6  6e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  24.93 
 
 
565 aa  93.2  7e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  25.57 
 
 
414 aa  92  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1296  radical SAM domain-containing protein  26.76 
 
 
395 aa  92.8  1e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0595995 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0505  radical SAM domain-containing protein  26 
 
 
367 aa  92.8  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3326  radical SAM domain-containing protein  28.23 
 
 
396 aa  91.7  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.579785 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  25.29 
 
 
399 aa  91.7  2e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  24.15 
 
 
358 aa  91.7  2e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  25.22 
 
 
384 aa  91.3  3e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  28.24 
 
 
335 aa  91.3  3e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2953  Radical SAM domain protein  25.61 
 
 
439 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  26.51 
 
 
359 aa  90.9  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0870  radical SAM domain-containing protein  23.92 
 
 
491 aa  90.1  5e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  24.17 
 
 
479 aa  90.5  5e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2134  radical SAM domain-containing protein  23.92 
 
 
491 aa  90.1  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0390  radical SAM domain-containing protein  23.92 
 
 
491 aa  90.1  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>