More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_2456 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_2456  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  100 
 
 
370 aa  743    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152479  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2175  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  60.41 
 
 
350 aa  411  1e-113  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.75 
 
 
373 aa  397  1e-109  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0775464  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2623  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.18 
 
 
385 aa  386  1e-106  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0857  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.2 
 
 
378 aa  380  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54 
 
 
373 aa  379  1e-104  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4827  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.22 
 
 
382 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.900722 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1680  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.57 
 
 
397 aa  380  1e-104  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.725852 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0405  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.86 
 
 
386 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41640  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.94 
 
 
383 aa  379  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.177576  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0376  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.27 
 
 
376 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0509  coenzyme PQQ synthesis protein E  52.46 
 
 
389 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4674  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.46 
 
 
389 aa  375  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.99 
 
 
379 aa  377  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.1 
 
 
371 aa  377  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0357225  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1151  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.82 
 
 
373 aa  377  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00861011 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5988  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.89 
 
 
379 aa  372  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257809  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.76 
 
 
368 aa  373  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3319  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.14 
 
 
381 aa  374  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.328193 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1969  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.33 
 
 
384 aa  373  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.046264  normal  0.222604 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0401  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  49.73 
 
 
376 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0292  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.82 
 
 
386 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.876947 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2098  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.83 
 
 
400 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.456256  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0883  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.87 
 
 
399 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0848  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.63 
 
 
371 aa  368  1e-101  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.56 
 
 
398 aa  368  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1769  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.98 
 
 
384 aa  365  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1782  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.21 
 
 
389 aa  367  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4038  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.15 
 
 
370 aa  366  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.107289  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2492  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.83 
 
 
400 aa  368  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250234  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.38 
 
 
414 aa  365  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0973479  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5768  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.6 
 
 
379 aa  364  1e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.922128  normal  0.949586 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.45 
 
 
381 aa  363  2e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1817  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.78 
 
 
384 aa  363  4e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2153  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.78 
 
 
384 aa  363  4e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.666004  normal  0.11423 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3305  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.04 
 
 
370 aa  362  4e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.829454  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1702  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.16 
 
 
375 aa  360  2e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.475579 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2836  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.73 
 
 
381 aa  357  9.999999999999999e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1799  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.05 
 
 
391 aa  356  2.9999999999999997e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.125674  normal  0.916048 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0729  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.08 
 
 
380 aa  356  2.9999999999999997e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701014  normal  0.10573 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0516  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.86 
 
 
381 aa  356  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2033  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.84 
 
 
395 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2470  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.12 
 
 
407 aa  353  2e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.616066 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3915  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.23 
 
 
375 aa  353  2e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5162  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.56 
 
 
379 aa  352  5e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.426022 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2359  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.89 
 
 
378 aa  352  8.999999999999999e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.31 
 
 
380 aa  350  2e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.13 
 
 
379 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.384282  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5119  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.13 
 
 
379 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3053  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.2 
 
 
385 aa  349  4e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.52 
 
 
372 aa  349  5e-95  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5901  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.72 
 
 
374 aa  348  1e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.630073 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.99 
 
 
372 aa  347  3e-94  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.150744  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6512  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.96 
 
 
405 aa  344  2e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397453  normal  0.0847554 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6168  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  49.86 
 
 
374 aa  342  5e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0169631  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0689  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.76 
 
 
389 aa  342  5.999999999999999e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.62446  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.41 
 
 
380 aa  341  1e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.121554  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0248  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.16 
 
 
386 aa  341  1e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239329 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5965  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.1 
 
 
387 aa  341  1e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0233125 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.66 
 
 
380 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3419  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  49.86 
 
 
414 aa  335  7e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058581  normal  0.446493 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.28 
 
 
392 aa  334  1e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601943  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1588  Radical SAM domain protein  27.32 
 
 
361 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.362725  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  28.95 
 
 
349 aa  138  1e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  27.68 
 
 
479 aa  136  5e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  29.36 
 
 
346 aa  129  8.000000000000001e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  31.14 
 
 
325 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  33.53 
 
 
335 aa  124  2e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  30.45 
 
 
380 aa  125  2e-27  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  31.23 
 
 
372 aa  124  3e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  28.83 
 
 
373 aa  123  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  27.3 
 
 
384 aa  121  1.9999999999999998e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  27.25 
 
 
373 aa  117  3e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  30.36 
 
 
377 aa  116  5e-25  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  27.38 
 
 
347 aa  114  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  28.42 
 
 
399 aa  113  5e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  29.58 
 
 
380 aa  113  6e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1215  Radical SAM domain protein  31.7 
 
 
367 aa  112  8.000000000000001e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.154309  hitchhiker  0.00000759697 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  28.14 
 
 
380 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  27.97 
 
 
375 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  25.15 
 
 
405 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 
333 aa  111  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1679  Radical SAM domain protein  30.49 
 
 
364 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.830639 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2362  Radical SAM domain protein  30.42 
 
 
409 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000000979641  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3154  radical SAM family protein  29.58 
 
 
367 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4243  Radical SAM domain protein  32.43 
 
 
360 aa  110  5e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  30.25 
 
 
398 aa  110  5e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  25.95 
 
 
363 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  28.66 
 
 
389 aa  109  7.000000000000001e-23  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  30.68 
 
 
366 aa  109  8.000000000000001e-23  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  25.81 
 
 
414 aa  108  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0298  radical SAM domain-containing protein  27.86 
 
 
491 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  27.07 
 
 
501 aa  108  2e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  24.38 
 
 
496 aa  108  2e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  26.3 
 
 
358 aa  107  4e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  26.65 
 
 
349 aa  107  4e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  26.32 
 
 
377 aa  107  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  28.41 
 
 
418 aa  107  4e-22  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  25.51 
 
 
359 aa  106  6e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1743  heme biosynthesis protein  27.57 
 
 
491 aa  106  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>