More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_38780 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012560  Avin_41640  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  83.73 
 
 
383 aa  666    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.177576  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3305  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  98.65 
 
 
370 aa  753    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.829454  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1969  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  83.33 
 
 
384 aa  675    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.046264  normal  0.222604 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  100 
 
 
381 aa  783    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4827  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  77.23 
 
 
382 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.900722 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0405  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  76.68 
 
 
386 aa  623  1e-177  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0376  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  76.94 
 
 
376 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  77.03 
 
 
379 aa  617  1e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0401  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  76.94 
 
 
376 aa  616  1e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0509  coenzyme PQQ synthesis protein E  72.97 
 
 
389 aa  596  1e-169  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4674  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  73.51 
 
 
389 aa  596  1e-169  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0857  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  61.21 
 
 
378 aa  474  1e-133  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  61.25 
 
 
371 aa  464  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0357225  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2623  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  61.89 
 
 
385 aa  458  9.999999999999999e-129  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0292  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.45 
 
 
386 aa  449  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.876947 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6512  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.26 
 
 
405 aa  443  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397453  normal  0.0847554 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.57 
 
 
373 aa  432  1e-120  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0775464  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1702  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.08 
 
 
375 aa  434  1e-120  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.475579 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1782  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.57 
 
 
389 aa  426  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2470  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.68 
 
 
407 aa  427  1e-118  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.616066 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.64 
 
 
379 aa  424  1e-118  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.384282  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5119  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.64 
 
 
379 aa  424  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5162  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.64 
 
 
379 aa  424  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.426022 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1680  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.72 
 
 
397 aa  419  1e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.725852 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2492  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.04 
 
 
400 aa  420  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250234  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5901  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.2 
 
 
374 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.630073 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2098  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.44 
 
 
400 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.456256  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5965  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.8 
 
 
387 aa  412  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0233125 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4038  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  59.02 
 
 
370 aa  411  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.107289  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6168  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.21 
 
 
374 aa  414  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0169631  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0729  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.65 
 
 
380 aa  414  1e-114  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701014  normal  0.10573 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0248  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.59 
 
 
386 aa  409  1e-113  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239329 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.43 
 
 
414 aa  403  1e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0973479  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3053  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.56 
 
 
385 aa  385  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2836  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.41 
 
 
381 aa  373  1e-102  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.94 
 
 
368 aa  364  1e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3915  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.78 
 
 
375 aa  359  5e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2456  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  53.37 
 
 
370 aa  359  6e-98  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152479  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0689  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.61 
 
 
389 aa  356  3.9999999999999996e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.62446  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.64 
 
 
398 aa  355  7.999999999999999e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.03 
 
 
373 aa  353  4e-96  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2359  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.63 
 
 
378 aa  350  2e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2175  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  53.04 
 
 
350 aa  349  4e-95  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1151  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.04 
 
 
373 aa  348  1e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00861011 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0883  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  49.86 
 
 
399 aa  348  1e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0848  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.15 
 
 
371 aa  345  6e-94  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2033  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.77 
 
 
395 aa  344  2e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.4 
 
 
372 aa  337  2.9999999999999997e-91  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1799  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.04 
 
 
391 aa  333  2e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.125674  normal  0.916048 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.45 
 
 
392 aa  328  7e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601943  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5988  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.7 
 
 
379 aa  326  5e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257809  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3319  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  49.7 
 
 
381 aa  325  7e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.328193 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1769  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.81 
 
 
384 aa  323  3e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5768  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.99 
 
 
379 aa  322  5e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.922128  normal  0.949586 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2153  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.29 
 
 
384 aa  322  7e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.666004  normal  0.11423 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1817  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.29 
 
 
384 aa  322  7e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.45 
 
 
380 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.121554  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.06 
 
 
380 aa  319  6e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.15 
 
 
380 aa  319  6e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3419  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.76 
 
 
414 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058581  normal  0.446493 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.27 
 
 
372 aa  314  1.9999999999999998e-84  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.150744  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0516  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46 
 
 
381 aa  311  1e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1588  Radical SAM domain protein  27.97 
 
 
361 aa  145  1e-33  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.362725  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  27.91 
 
 
346 aa  120  3e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  27.32 
 
 
358 aa  108  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  26.61 
 
 
349 aa  108  2e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  28.01 
 
 
347 aa  108  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  28.7 
 
 
429 aa  107  5e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  26.37 
 
 
479 aa  106  8e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  28.86 
 
 
372 aa  104  2e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  28.09 
 
 
428 aa  104  3e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.96 
 
 
397 aa  104  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  28.27 
 
 
356 aa  103  6e-21  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  25.81 
 
 
384 aa  103  7e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  26.36 
 
 
501 aa  103  7e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0587  radical SAM family protein  29.32 
 
 
376 aa  102  1e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  28.33 
 
 
399 aa  102  1e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  27.81 
 
 
377 aa  102  1e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 
349 aa  101  2e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1679  Radical SAM domain protein  28.28 
 
 
364 aa  101  2e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.830639 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  28.99 
 
 
380 aa  100  3e-20  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  27.51 
 
 
380 aa  100  5e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  28.4 
 
 
389 aa  99.8  8e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  26.65 
 
 
380 aa  98.6  1e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  25.91 
 
 
414 aa  98.2  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  28.36 
 
 
418 aa  98.2  2e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  29.14 
 
 
325 aa  97.1  5e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5552  radical SAM domain-containing protein  27.35 
 
 
482 aa  96.3  7e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.789613 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0516  radical SAM domain-containing protein  28.27 
 
 
343 aa  96.3  7e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  26.67 
 
 
359 aa  96.7  7e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0298  radical SAM domain-containing protein  28.37 
 
 
491 aa  96.3  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  27.02 
 
 
769 aa  95.5  1e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0505  radical SAM domain-containing protein  28.96 
 
 
367 aa  95.5  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  27.38 
 
 
381 aa  95.5  1e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  25 
 
 
496 aa  95.9  1e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  26.16 
 
 
373 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1688  radical SAM family protein  23.79 
 
 
326 aa  94.4  3e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.52361  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  28.99 
 
 
335 aa  94.4  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0390  radical SAM domain-containing protein  28.08 
 
 
491 aa  94  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2134  radical SAM domain-containing protein  28.08 
 
 
491 aa  94  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>