More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_1769 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_0516  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  88.45 
 
 
381 aa  674    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1817  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  97.66 
 
 
384 aa  775    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2153  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  97.66 
 
 
384 aa  775    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.666004  normal  0.11423 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1769  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  100 
 
 
384 aa  788    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5768  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  80.91 
 
 
379 aa  598  1e-170  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.922128  normal  0.949586 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5988  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  79.9 
 
 
379 aa  600  1e-170  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257809  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1799  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  70.3 
 
 
391 aa  541  1e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.125674  normal  0.916048 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0848  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.99 
 
 
371 aa  470  1.0000000000000001e-131  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1151  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  64.86 
 
 
373 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00861011 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.84 
 
 
373 aa  443  1e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.58 
 
 
398 aa  437  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3319  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.06 
 
 
381 aa  432  1e-120  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.328193 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0883  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.76 
 
 
399 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2033  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.43 
 
 
395 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  59.83 
 
 
372 aa  417  9.999999999999999e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.47 
 
 
392 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601943  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.16 
 
 
380 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.37 
 
 
368 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.26 
 
 
380 aa  404  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.121554  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3419  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.05 
 
 
414 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058581  normal  0.446493 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.83 
 
 
380 aa  403  1e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3915  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.88 
 
 
375 aa  399  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0689  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.67 
 
 
389 aa  397  1e-109  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.62446  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.65 
 
 
372 aa  397  1e-109  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.150744  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2359  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.2 
 
 
378 aa  382  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2456  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  53.98 
 
 
370 aa  365  1e-100  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152479  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2175  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  54.6 
 
 
350 aa  356  3.9999999999999996e-97  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0292  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.48 
 
 
386 aa  340  4e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.876947 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.38 
 
 
373 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0775464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4674  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.13 
 
 
389 aa  333  4e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0405  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45 
 
 
386 aa  332  8e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0376  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.45 
 
 
376 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0509  coenzyme PQQ synthesis protein E  45.98 
 
 
389 aa  331  1e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1680  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.55 
 
 
397 aa  331  1e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.725852 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4827  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.68 
 
 
382 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.900722 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0401  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.45 
 
 
376 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.05 
 
 
379 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1782  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.87 
 
 
389 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0857  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.57 
 
 
378 aa  325  1e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1969  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.71 
 
 
384 aa  324  1e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.046264  normal  0.222604 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3305  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.99 
 
 
370 aa  324  2e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.829454  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.81 
 
 
381 aa  323  3e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2623  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.66 
 
 
385 aa  322  6e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2470  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.96 
 
 
407 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.616066 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41640  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.27 
 
 
383 aa  316  4e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.177576  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2492  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.58 
 
 
400 aa  316  4e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250234  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1702  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.24 
 
 
375 aa  316  5e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.475579 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6512  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.66 
 
 
405 aa  315  7e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397453  normal  0.0847554 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2098  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.63 
 
 
400 aa  315  9.999999999999999e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.456256  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5162  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  43.82 
 
 
379 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.426022 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0729  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.57 
 
 
380 aa  312  5.999999999999999e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701014  normal  0.10573 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.26 
 
 
379 aa  311  1e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.384282  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5119  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.26 
 
 
379 aa  311  1e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4038  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.23 
 
 
370 aa  311  2e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.107289  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5901  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  42.63 
 
 
374 aa  309  6.999999999999999e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.630073 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.67 
 
 
414 aa  309  6.999999999999999e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0973479  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.91 
 
 
371 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0357225  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6168  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  43.3 
 
 
374 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0169631  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3053  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.42 
 
 
385 aa  302  7.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2836  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.08 
 
 
381 aa  301  9e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5965  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  42.18 
 
 
387 aa  293  5e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0233125 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0248  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.16 
 
 
386 aa  288  2e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239329 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1588  Radical SAM domain protein  24.36 
 
 
361 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.362725  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  27.49 
 
 
380 aa  108  1e-22  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  26.23 
 
 
565 aa  106  6e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  25.83 
 
 
384 aa  105  2e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  26.39 
 
 
380 aa  104  3e-21  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  24.73 
 
 
479 aa  103  7e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  25.65 
 
 
358 aa  102  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  26.3 
 
 
378 aa  101  2e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  25.71 
 
 
349 aa  101  2e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  26.38 
 
 
389 aa  101  2e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  25.34 
 
 
501 aa  101  2e-20  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  26.53 
 
 
377 aa  99.8  7e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  24.63 
 
 
333 aa  99  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  25.8 
 
 
346 aa  98.2  2e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  26.04 
 
 
377 aa  98.6  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  24.51 
 
 
373 aa  97.1  5e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4243  Radical SAM domain protein  27.35 
 
 
360 aa  96.7  7e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  25.13 
 
 
402 aa  95.9  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  26.6 
 
 
404 aa  95.9  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  26.82 
 
 
366 aa  94.7  2e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0516  radical SAM domain-containing protein  24.85 
 
 
343 aa  94.4  3e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  26.39 
 
 
380 aa  94  4e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  23.88 
 
 
399 aa  93.6  5e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1679  Radical SAM domain protein  27.79 
 
 
364 aa  92.4  1e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.830639 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2352  radical SAM family protein  25.76 
 
 
487 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  26.83 
 
 
480 aa  91.7  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  23.92 
 
 
405 aa  91.7  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  24.09 
 
 
347 aa  92  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  24.06 
 
 
363 aa  90.9  3e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  27.02 
 
 
372 aa  91.3  3e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  25 
 
 
332 aa  91.3  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0794  radical SAM domain-containing protein  27.89 
 
 
446 aa  91.3  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4255  radical SAM domain-containing protein  25.61 
 
 
444 aa  91.3  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.13913 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  24.85 
 
 
373 aa  90.5  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  26.45 
 
 
389 aa  90.1  6e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  23.72 
 
 
414 aa  90.1  7e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1215  Radical SAM domain protein  27.22 
 
 
367 aa  89.7  7e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.154309  hitchhiker  0.00000759697 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1385  Radical SAM domain protein  27.58 
 
 
417 aa  89.4  9e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0362532  unclonable  0.0000106904 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>