More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0454 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  100 
 
 
368 aa  759    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0689  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  62.64 
 
 
389 aa  475  1e-133  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.62446  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2359  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  66.19 
 
 
378 aa  474  1e-132  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3915  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  61.8 
 
 
375 aa  468  9.999999999999999e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.96 
 
 
398 aa  429  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0848  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  59.59 
 
 
371 aa  426  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.74 
 
 
373 aa  423  1e-117  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1151  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.91 
 
 
373 aa  418  1e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00861011 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1799  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.3 
 
 
391 aa  420  1e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.125674  normal  0.916048 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2033  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.4 
 
 
395 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.02 
 
 
380 aa  409  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2153  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.37 
 
 
384 aa  409  1e-113  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.666004  normal  0.11423 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1817  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.37 
 
 
384 aa  409  1e-113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3319  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.29 
 
 
381 aa  410  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.328193 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0883  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.87 
 
 
399 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1769  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.37 
 
 
384 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.42 
 
 
380 aa  404  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.121554  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.42 
 
 
380 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.02 
 
 
392 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601943  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3419  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.57 
 
 
414 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058581  normal  0.446493 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5768  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.1 
 
 
379 aa  394  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.922128  normal  0.949586 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5988  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.37 
 
 
379 aa  392  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257809  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0516  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.15 
 
 
381 aa  392  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.12 
 
 
373 aa  388  1e-106  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0775464  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2456  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  54.52 
 
 
370 aa  371  1e-102  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152479  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.56 
 
 
372 aa  369  1e-101  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.150744  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.74 
 
 
379 aa  370  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41640  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.42 
 
 
383 aa  368  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.177576  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1702  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.11 
 
 
375 aa  366  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.475579 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2175  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  51.62 
 
 
350 aa  365  1e-100  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0292  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.7 
 
 
386 aa  365  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.876947 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.44 
 
 
372 aa  366  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3305  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.71 
 
 
370 aa  365  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.829454  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4674  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  49.42 
 
 
389 aa  364  1e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.94 
 
 
381 aa  364  1e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5162  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.53 
 
 
379 aa  363  2e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.426022 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0857  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.47 
 
 
378 aa  363  3e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1969  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  49.3 
 
 
384 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.046264  normal  0.222604 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.25 
 
 
379 aa  362  8e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.384282  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5119  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.25 
 
 
379 aa  362  8e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0509  coenzyme PQQ synthesis protein E  48.83 
 
 
389 aa  361  1e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2098  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.92 
 
 
400 aa  360  2e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.456256  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4827  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.99 
 
 
382 aa  360  3e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.900722 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.49 
 
 
371 aa  358  6e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0357225  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2492  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.07 
 
 
400 aa  358  6e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250234  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0376  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.74 
 
 
376 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0401  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.46 
 
 
376 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0405  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.56 
 
 
386 aa  355  5e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6512  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  49.58 
 
 
405 aa  352  4e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397453  normal  0.0847554 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1782  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.28 
 
 
389 aa  352  5.9999999999999994e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2623  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  49.14 
 
 
385 aa  351  1e-95  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4038  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.75 
 
 
370 aa  350  2e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.107289  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5901  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  49.17 
 
 
374 aa  348  7e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.630073 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2470  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.93 
 
 
407 aa  346  4e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.616066 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5965  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.85 
 
 
387 aa  341  1e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0233125 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6168  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  49.15 
 
 
374 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0169631  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.67 
 
 
414 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0973479  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2836  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.18 
 
 
381 aa  338  9.999999999999999e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0248  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.19 
 
 
386 aa  337  1.9999999999999998e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239329 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0729  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.14 
 
 
380 aa  336  5e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701014  normal  0.10573 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1680  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.04 
 
 
397 aa  332  8e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.725852 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3053  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.48 
 
 
385 aa  327  2.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  28.73 
 
 
346 aa  130  3e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1588  Radical SAM domain protein  26.14 
 
 
361 aa  123  4e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.362725  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  27.2 
 
 
349 aa  115  7.999999999999999e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  25.61 
 
 
479 aa  113  7.000000000000001e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
380 aa  110  4.0000000000000004e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4272  Radical SAM domain protein  25 
 
 
337 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  29.21 
 
 
372 aa  107  3e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4243  Radical SAM domain protein  28.65 
 
 
360 aa  106  5e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  27.68 
 
 
377 aa  105  1e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 
429 aa  105  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  28.19 
 
 
380 aa  105  2e-21  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  25.14 
 
 
363 aa  105  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  24.93 
 
 
414 aa  104  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  26.46 
 
 
480 aa  103  5e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1862  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 
491 aa  103  6e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.27199  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1157  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 
491 aa  103  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.43485  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1743  heme biosynthesis protein  27.27 
 
 
491 aa  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0390  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 
491 aa  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2134  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 
491 aa  103  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0870  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 
491 aa  103  6e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  27.16 
 
 
389 aa  103  7e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0298  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 
491 aa  102  8e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1728  hypothetical protein  26.99 
 
 
491 aa  102  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  26.33 
 
 
428 aa  101  2e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2181  radical SAM domain-containing protein  26.7 
 
 
491 aa  101  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.161056  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  25.53 
 
 
501 aa  101  2e-20  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  25.91 
 
 
347 aa  101  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  25.15 
 
 
384 aa  100  4e-20  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5552  radical SAM domain-containing protein  27.35 
 
 
482 aa  99.8  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.789613 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  25.87 
 
 
375 aa  99.4  9e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  23.8 
 
 
405 aa  98.2  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  26.2 
 
 
404 aa  97.8  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  24.64 
 
 
397 aa  97.8  3e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  25.72 
 
 
399 aa  97.4  4e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1215  Radical SAM domain protein  29.59 
 
 
367 aa  97.1  4e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.154309  hitchhiker  0.00000759697 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1385  Radical SAM domain protein  28.23 
 
 
417 aa  97.4  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0362532  unclonable  0.0000106904 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3154  radical SAM family protein  26.61 
 
 
367 aa  97.1  4e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  24.65 
 
 
358 aa  96.7  6e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>