More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0248 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0248  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  100 
 
 
386 aa  805    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239329 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3053  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  74.12 
 
 
385 aa  545  1e-154  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1702  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  64.61 
 
 
375 aa  515  1.0000000000000001e-145  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.475579 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6512  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  62.23 
 
 
405 aa  501  1e-141  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397453  normal  0.0847554 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0292  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.79 
 
 
386 aa  494  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.876947 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2470  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.05 
 
 
407 aa  490  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.616066 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5901  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  62.64 
 
 
374 aa  484  1e-135  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.630073 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1680  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.5 
 
 
397 aa  480  1e-134  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.725852 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6168  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  62.78 
 
 
374 aa  477  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0169631  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0729  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  62.15 
 
 
380 aa  473  1e-132  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701014  normal  0.10573 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1782  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  61.44 
 
 
389 aa  474  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5162  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  61.48 
 
 
379 aa  473  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.426022 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  61.48 
 
 
379 aa  474  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.384282  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5119  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  61.48 
 
 
379 aa  474  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2492  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  59.21 
 
 
400 aa  465  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250234  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5965  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  62.71 
 
 
387 aa  461  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0233125 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2098  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  59.21 
 
 
400 aa  463  1e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.456256  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0509  coenzyme PQQ synthesis protein E  58.98 
 
 
389 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4674  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.71 
 
 
389 aa  457  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  62.46 
 
 
414 aa  457  1e-127  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0973479  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4827  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.49 
 
 
382 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.900722 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.79 
 
 
373 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0775464  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0376  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.13 
 
 
376 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.45 
 
 
379 aa  449  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4038  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.17 
 
 
370 aa  449  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.107289  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0401  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.87 
 
 
376 aa  448  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0405  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.99 
 
 
386 aa  451  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2623  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.86 
 
 
385 aa  435  1e-121  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1969  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.75 
 
 
384 aa  436  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.046264  normal  0.222604 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41640  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.35 
 
 
383 aa  432  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.177576  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.59 
 
 
381 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3305  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.59 
 
 
370 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.829454  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0857  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.4 
 
 
378 aa  409  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.6 
 
 
371 aa  402  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0357225  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2836  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.3 
 
 
381 aa  404  1e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.19 
 
 
368 aa  347  2e-94  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2456  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  51.5 
 
 
370 aa  344  2e-93  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152479  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2175  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  48.52 
 
 
350 aa  336  5e-91  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1151  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.51 
 
 
373 aa  326  5e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00861011 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1799  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.56 
 
 
391 aa  319  6e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.125674  normal  0.916048 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2359  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.57 
 
 
378 aa  319  7e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.44 
 
 
373 aa  318  9e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2033  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.55 
 
 
395 aa  316  3e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.71 
 
 
398 aa  314  9.999999999999999e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3319  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.38 
 
 
381 aa  313  3.9999999999999997e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.328193 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0689  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  42.78 
 
 
389 aa  312  4.999999999999999e-84  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.62446  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0883  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.71 
 
 
399 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0848  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.11 
 
 
371 aa  308  9e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.59 
 
 
392 aa  305  9.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601943  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.79 
 
 
380 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.97 
 
 
380 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.121554  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.67 
 
 
380 aa  301  9e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5768  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.48 
 
 
379 aa  301  1e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.922128  normal  0.949586 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5988  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.89 
 
 
379 aa  301  1e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257809  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  43.32 
 
 
372 aa  300  3e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.150744  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3419  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.2 
 
 
414 aa  297  2e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058581  normal  0.446493 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.54 
 
 
372 aa  296  6e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3915  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  43.86 
 
 
375 aa  292  5e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1817  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.08 
 
 
384 aa  293  5e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2153  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.08 
 
 
384 aa  293  5e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.666004  normal  0.11423 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1769  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.16 
 
 
384 aa  292  6e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0516  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.54 
 
 
381 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1588  Radical SAM domain protein  26.48 
 
 
361 aa  130  6e-29  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.362725  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  28.81 
 
 
380 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  29.18 
 
 
429 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  28.07 
 
 
428 aa  108  1e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  28.61 
 
 
347 aa  108  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2362  Radical SAM domain protein  28.88 
 
 
409 aa  103  6e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000000979641  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  26.59 
 
 
346 aa  102  1e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  25.41 
 
 
418 aa  100  6e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  26.59 
 
 
501 aa  99.8  8e-20  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  25.79 
 
 
349 aa  97.8  3e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5060  radical SAM domain-containing protein  27.6 
 
 
396 aa  96.3  9e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1679  Radical SAM domain protein  27.09 
 
 
364 aa  95.5  1e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.830639 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0775  Radical SAM domain protein  27.68 
 
 
405 aa  95.1  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0938  radical SAM family Fe-S protein  30.59 
 
 
381 aa  94.7  2e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000426541  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  26.5 
 
 
565 aa  94.4  3e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0505  radical SAM domain-containing protein  27.33 
 
 
367 aa  94.4  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  25.52 
 
 
373 aa  94.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3326  radical SAM domain-containing protein  28 
 
 
396 aa  94.4  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.579785 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10707  coenzyme PQQ synthesis protein E pqqE  27.7 
 
 
391 aa  94  4e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1296  radical SAM domain-containing protein  27.6 
 
 
395 aa  93.6  5e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0595995 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1001  radical SAM family protein  27.43 
 
 
401 aa  93.6  5e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1028  radical SAM domain-containing protein  27.43 
 
 
401 aa  93.6  5e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1018  radical SAM domain-containing protein  27.43 
 
 
401 aa  93.6  5e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0572613  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1215  Radical SAM domain protein  28.61 
 
 
367 aa  93.2  6e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.154309  hitchhiker  0.00000759697 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1880  Radical SAM domain protein  25.14 
 
 
359 aa  90.1  5e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  24.45 
 
 
479 aa  89.4  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  25.81 
 
 
332 aa  89  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  26.32 
 
 
380 aa  89.4  1e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1091  MoaA/NifB/PqqE family protein  28.17 
 
 
379 aa  88.6  2e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.21 
 
 
397 aa  88.2  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  25.22 
 
 
333 aa  88.2  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3206  radical SAM domain-containing protein  27.6 
 
 
412 aa  88.6  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  26.17 
 
 
366 aa  87.8  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4936  Radical SAM domain protein  26.89 
 
 
410 aa  87.4  3e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  25.14 
 
 
358 aa  87  5e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  25.69 
 
 
372 aa  86.3  8e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  25.33 
 
 
414 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  24.93 
 
 
354 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>