More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2492 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_2492  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  100 
 
 
400 aa  832    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250234  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2098  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  97.75 
 
 
400 aa  815    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.456256  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1782  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  75.38 
 
 
389 aa  625  1e-178  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4038  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  75.96 
 
 
370 aa  583  1.0000000000000001e-165  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.107289  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6512  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  70.42 
 
 
405 aa  555  1e-157  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397453  normal  0.0847554 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2470  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  69.11 
 
 
407 aa  536  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.616066 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  67.2 
 
 
379 aa  528  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.384282  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5119  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  67.2 
 
 
379 aa  528  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5162  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  67.47 
 
 
379 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.426022 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5901  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  65.61 
 
 
374 aa  518  1e-146  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.630073 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6168  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  66.3 
 
 
374 aa  512  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0169631  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0292  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  63.73 
 
 
386 aa  509  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.876947 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0729  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  64.15 
 
 
380 aa  499  1e-140  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701014  normal  0.10573 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5965  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  67.12 
 
 
387 aa  497  1e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0233125 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1702  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.53 
 
 
375 aa  490  1e-137  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.475579 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.1 
 
 
414 aa  474  1e-133  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0973479  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1680  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.83 
 
 
397 aa  461  1e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.725852 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3053  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  59.9 
 
 
385 aa  462  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0248  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  59.21 
 
 
386 aa  453  1.0000000000000001e-126  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239329 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0857  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.81 
 
 
378 aa  438  9.999999999999999e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.23 
 
 
373 aa  435  1e-121  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0775464  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0509  coenzyme PQQ synthesis protein E  51.51 
 
 
389 aa  430  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4674  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.6 
 
 
389 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41640  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.93 
 
 
383 aa  429  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.177576  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0376  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.2 
 
 
376 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.22 
 
 
379 aa  426  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0405  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.2 
 
 
386 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1969  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.86 
 
 
384 aa  427  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.046264  normal  0.222604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.94 
 
 
371 aa  426  1e-118  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0357225  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0401  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.68 
 
 
376 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4827  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.44 
 
 
382 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.900722 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2623  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.76 
 
 
385 aa  421  1e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.04 
 
 
381 aa  420  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3305  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.04 
 
 
370 aa  418  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.829454  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2836  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.39 
 
 
381 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2175  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  54.49 
 
 
350 aa  372  1e-102  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2456  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  53.25 
 
 
370 aa  364  2e-99  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152479  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.07 
 
 
368 aa  358  7e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.46 
 
 
373 aa  340  4e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0848  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.43 
 
 
371 aa  336  3.9999999999999995e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0883  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.53 
 
 
399 aa  335  1e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2359  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.75 
 
 
378 aa  335  1e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2033  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  49.1 
 
 
395 aa  333  2e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1151  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.64 
 
 
373 aa  330  3e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00861011 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.07 
 
 
398 aa  329  5.0000000000000004e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.35 
 
 
372 aa  328  1.0000000000000001e-88  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.150744  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3319  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.96 
 
 
381 aa  324  1e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.328193 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.52 
 
 
380 aa  324  2e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0689  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.59 
 
 
389 aa  323  3e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.62446  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1799  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.33 
 
 
391 aa  322  7e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.125674  normal  0.916048 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.34 
 
 
380 aa  322  9.000000000000001e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.121554  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.34 
 
 
380 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.16 
 
 
372 aa  317  2e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3915  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.4 
 
 
375 aa  317  3e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1769  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.58 
 
 
384 aa  316  4e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1817  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.01 
 
 
384 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2153  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.01 
 
 
384 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.666004  normal  0.11423 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.9 
 
 
392 aa  313  4.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601943  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3419  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.9 
 
 
414 aa  310  4e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058581  normal  0.446493 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5988  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.53 
 
 
379 aa  309  6.999999999999999e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257809  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5768  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.82 
 
 
379 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.922128  normal  0.949586 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0516  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.48 
 
 
381 aa  298  1e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1588  Radical SAM domain protein  25.78 
 
 
361 aa  125  2e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.362725  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  29.19 
 
 
380 aa  116  7.999999999999999e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  25.93 
 
 
349 aa  112  8.000000000000001e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  27.56 
 
 
346 aa  111  3e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  25.29 
 
 
357 aa  105  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  28.61 
 
 
372 aa  103  4e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  26.39 
 
 
373 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  25.29 
 
 
358 aa  102  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1215  Radical SAM domain protein  28.11 
 
 
367 aa  101  2e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.154309  hitchhiker  0.00000759697 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  25.29 
 
 
358 aa  100  4e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  26.71 
 
 
347 aa  100  6e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  29.38 
 
 
359 aa  99.4  9e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  24.71 
 
 
356 aa  99  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  25 
 
 
356 aa  99.4  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  24.71 
 
 
354 aa  98.6  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1679  Radical SAM domain protein  28.1 
 
 
364 aa  97.4  4e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.830639 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2352  radical SAM family protein  27.14 
 
 
487 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.63 
 
 
397 aa  97.1  6e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  25.62 
 
 
359 aa  95.9  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  28.11 
 
 
418 aa  95.9  1e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  26.04 
 
 
414 aa  94.4  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1335  hypothetical protein  25 
 
 
363 aa  93.2  8e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.861062 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5552  radical SAM domain-containing protein  27.57 
 
 
482 aa  92.4  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.789613 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  26.59 
 
 
363 aa  92.8  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  27.06 
 
 
429 aa  92.4  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  25.43 
 
 
366 aa  91.7  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  24.49 
 
 
333 aa  92  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1728  hypothetical protein  26.25 
 
 
491 aa  90.9  4e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  24.38 
 
 
404 aa  90.1  5e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  25.21 
 
 
398 aa  90.1  6e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  23.31 
 
 
358 aa  89.7  8e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0101  radical SAM domain-containing protein  24.32 
 
 
323 aa  89.7  9e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1157  radical SAM domain-containing protein  26.53 
 
 
491 aa  89  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.43485  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0870  radical SAM domain-containing protein  26.53 
 
 
491 aa  89  1e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  26.63 
 
 
410 aa  89  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0390  radical SAM domain-containing protein  26.53 
 
 
491 aa  89  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1862  radical SAM domain-containing protein  26.53 
 
 
491 aa  89  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.27199  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2134  radical SAM domain-containing protein  26.53 
 
 
491 aa  89  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>