More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_3154 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_3154  radical SAM family protein  100 
 
 
367 aa  746    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0775  Radical SAM domain protein  63.39 
 
 
405 aa  434  1e-120  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2362  Radical SAM domain protein  62.5 
 
 
409 aa  433  1e-120  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000000979641  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4936  Radical SAM domain protein  60.93 
 
 
410 aa  422  1e-117  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3326  radical SAM domain-containing protein  61.79 
 
 
396 aa  420  1e-116  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.579785 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1001  radical SAM family protein  60 
 
 
401 aa  405  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1028  radical SAM domain-containing protein  60 
 
 
401 aa  405  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5060  radical SAM domain-containing protein  59.17 
 
 
396 aa  408  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1018  radical SAM domain-containing protein  60 
 
 
401 aa  405  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0572613  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1296  radical SAM domain-containing protein  59.82 
 
 
395 aa  404  1e-111  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0595995 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10707  coenzyme PQQ synthesis protein E pqqE  57.47 
 
 
391 aa  397  1e-109  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3206  radical SAM domain-containing protein  59.58 
 
 
412 aa  396  1e-109  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3778  Radical SAM domain protein  58.28 
 
 
429 aa  378  1e-103  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.347874  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  43.37 
 
 
347 aa  286  2.9999999999999996e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4272  Radical SAM domain protein  42.12 
 
 
337 aa  283  2.0000000000000002e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3864  Radical SAM domain protein  47.2 
 
 
319 aa  254  2.0000000000000002e-66  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0170641  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  34.37 
 
 
399 aa  161  2e-38  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  30.17 
 
 
346 aa  159  6e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  34.95 
 
 
325 aa  158  1e-37  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  30.62 
 
 
479 aa  158  2e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  31.71 
 
 
349 aa  155  1e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  30.91 
 
 
330 aa  155  1e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  35.49 
 
 
391 aa  153  5e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  30.17 
 
 
414 aa  151  2e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  33.64 
 
 
335 aa  149  1.0000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  30.63 
 
 
330 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  28.88 
 
 
330 aa  145  8.000000000000001e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  30.86 
 
 
378 aa  144  3e-33  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  33.75 
 
 
349 aa  144  3e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  30.26 
 
 
565 aa  144  3e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  28.89 
 
 
333 aa  142  6e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  31 
 
 
429 aa  142  9.999999999999999e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4243  Radical SAM domain protein  33.72 
 
 
360 aa  139  7e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  31.53 
 
 
389 aa  139  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  30.09 
 
 
334 aa  138  2e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  30.3 
 
 
354 aa  138  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  28.42 
 
 
496 aa  137  4e-31  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  28.01 
 
 
327 aa  136  6.0000000000000005e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  29.31 
 
 
358 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  29.31 
 
 
358 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0862  radical SAM domain-containing protein  29.65 
 
 
317 aa  135  1.9999999999999998e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000001092  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  30.63 
 
 
332 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  29.94 
 
 
363 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  27.84 
 
 
399 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  31.71 
 
 
428 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  30 
 
 
356 aa  133  6e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  30.29 
 
 
380 aa  132  6.999999999999999e-30  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  29.41 
 
 
480 aa  132  6.999999999999999e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  29.82 
 
 
377 aa  132  7.999999999999999e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  29.7 
 
 
356 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  29 
 
 
357 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0095  radical SAM domain-containing protein  26.95 
 
 
316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0204398  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.89 
 
 
397 aa  130  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  30.92 
 
 
375 aa  130  4.0000000000000003e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  30.31 
 
 
390 aa  130  4.0000000000000003e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  31.71 
 
 
398 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  29.57 
 
 
397 aa  130  5.0000000000000004e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1573  Radical SAM domain protein  30.41 
 
 
372 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0102  radical SAM domain-containing protein  30.96 
 
 
323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
359 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  30.03 
 
 
561 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  30.73 
 
 
422 aa  127  3e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  30.54 
 
 
769 aa  126  6e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  27.81 
 
 
405 aa  125  8.000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  35.92 
 
 
413 aa  125  1e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  28.61 
 
 
380 aa  124  2e-27  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  30.03 
 
 
359 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1910  putative coenzyme PQQ synthesis protein  28.65 
 
 
377 aa  125  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.302049 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0101  radical SAM domain-containing protein  29.39 
 
 
323 aa  124  2e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  30.84 
 
 
390 aa  124  3e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0609  radical SAM domain-containing protein  31.18 
 
 
384 aa  124  3e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  27.71 
 
 
384 aa  123  4e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0533  radical SAM family protein  30.49 
 
 
510 aa  123  5e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  30.45 
 
 
333 aa  123  6e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  30.36 
 
 
373 aa  122  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1713  coenzyme PQQ synthesis protein  28.65 
 
 
377 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00161975  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  31.03 
 
 
391 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  27.3 
 
 
501 aa  122  9.999999999999999e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  29.79 
 
 
358 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  31.55 
 
 
418 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  28.18 
 
 
358 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0912  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 
368 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.492815  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1737  coenzyme PQQ synthesis protein  28.37 
 
 
378 aa  120  3e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1880  Radical SAM domain protein  30.95 
 
 
359 aa  120  3e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1875  coenzyme PQQ synthesis protein  28.37 
 
 
377 aa  120  3e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1679  Radical SAM domain protein  31.74 
 
 
364 aa  120  3e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.830639 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  28.49 
 
 
389 aa  119  6e-26  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  27.49 
 
 
332 aa  119  7e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  29.88 
 
 
366 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1665  Radical SAM domain protein  27.19 
 
 
438 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  30.6 
 
 
399 aa  118  1.9999999999999998e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  27.47 
 
 
410 aa  117  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  29.21 
 
 
394 aa  116  6e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1133  Radical SAM domain protein  29.07 
 
 
453 aa  116  6.9999999999999995e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.318737 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  28.03 
 
 
342 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  29.86 
 
 
347 aa  115  7.999999999999999e-25  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2255  radical SAM domain-containing protein  28.11 
 
 
369 aa  115  8.999999999999998e-25  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.209492  normal  0.0610472 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 
377 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0848  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  29.62 
 
 
371 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2664  radical SAM family protein  30.6 
 
 
383 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.293501 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>