More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2359 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2359  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  100 
 
 
378 aa  768    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  66.19 
 
 
368 aa  486  1e-136  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0689  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  65.55 
 
 
389 aa  460  9.999999999999999e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.62446  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3915  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.96 
 
 
375 aa  453  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.34 
 
 
398 aa  410  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2033  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.78 
 
 
395 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1151  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.94 
 
 
373 aa  401  1e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00861011 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1817  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.66 
 
 
384 aa  395  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0883  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.37 
 
 
399 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2153  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.66 
 
 
384 aa  395  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.666004  normal  0.11423 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1769  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.2 
 
 
384 aa  397  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1799  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.32 
 
 
391 aa  395  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.125674  normal  0.916048 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0848  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.72 
 
 
371 aa  393  1e-108  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.18 
 
 
392 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601943  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.79 
 
 
380 aa  394  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3419  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.78 
 
 
414 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058581  normal  0.446493 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.25 
 
 
380 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.121554  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0516  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.76 
 
 
381 aa  378  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5988  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.56 
 
 
379 aa  378  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257809  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.97 
 
 
380 aa  378  1e-104  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3319  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.24 
 
 
381 aa  380  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.328193 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5768  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.07 
 
 
379 aa  377  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.922128  normal  0.949586 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50 
 
 
373 aa  375  1e-103  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.81 
 
 
372 aa  362  6e-99  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.150744  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41640  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.98 
 
 
383 aa  359  5e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.177576  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.11 
 
 
372 aa  357  9.999999999999999e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  49.73 
 
 
381 aa  353  4e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2175  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  52.6 
 
 
350 aa  352  5e-96  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2456  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  53.89 
 
 
370 aa  352  5e-96  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152479  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1969  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.29 
 
 
384 aa  352  7e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.046264  normal  0.222604 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3305  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  49.45 
 
 
370 aa  352  8e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.829454  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.72 
 
 
379 aa  351  1e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0857  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.96 
 
 
378 aa  350  2e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0292  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.14 
 
 
386 aa  349  4e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.876947 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.8 
 
 
373 aa  349  5e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0775464  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4827  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.01 
 
 
382 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.900722 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0509  coenzyme PQQ synthesis protein E  46.45 
 
 
389 aa  345  7e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4674  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.17 
 
 
389 aa  344  1e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0405  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.17 
 
 
386 aa  338  8e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0376  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.9 
 
 
376 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2492  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.45 
 
 
400 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250234  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2098  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  50.15 
 
 
400 aa  337  2.9999999999999997e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.456256  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0401  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.63 
 
 
376 aa  335  5e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1782  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.79 
 
 
389 aa  335  9e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5162  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.91 
 
 
379 aa  331  2e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.426022 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.29 
 
 
371 aa  329  4e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0357225  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.91 
 
 
379 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.384282  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5119  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.91 
 
 
379 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1702  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.28 
 
 
375 aa  328  1.0000000000000001e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.475579 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6512  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.07 
 
 
405 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397453  normal  0.0847554 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.48 
 
 
414 aa  326  5e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0973479  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0248  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.6 
 
 
386 aa  325  1e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239329 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2623  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  43.84 
 
 
385 aa  322  7e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5901  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46 
 
 
374 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.630073 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2470  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.93 
 
 
407 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.616066 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0729  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.27 
 
 
380 aa  320  3.9999999999999996e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701014  normal  0.10573 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4038  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.83 
 
 
370 aa  317  1e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.107289  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2836  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.82 
 
 
381 aa  317  3e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5965  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.3 
 
 
387 aa  316  4e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0233125 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6168  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.02 
 
 
374 aa  316  5e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0169631  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3053  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.83 
 
 
385 aa  311  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1680  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  43.77 
 
 
397 aa  309  5e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.725852 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  28.49 
 
 
349 aa  125  9e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1588  Radical SAM domain protein  26.44 
 
 
361 aa  124  2e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.362725  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  31.21 
 
 
380 aa  121  1.9999999999999998e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  26.67 
 
 
346 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  27.02 
 
 
479 aa  121  3e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  30.99 
 
 
377 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  30.56 
 
 
380 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  29.28 
 
 
389 aa  113  5e-24  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  27.68 
 
 
366 aa  113  6e-24  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  25.07 
 
 
496 aa  112  1.0000000000000001e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  23.74 
 
 
373 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  25.66 
 
 
358 aa  110  5e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  27.49 
 
 
384 aa  109  6e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  29.2 
 
 
372 aa  109  7.000000000000001e-23  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2352  radical SAM family protein  27.37 
 
 
487 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  28.22 
 
 
480 aa  108  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  28.91 
 
 
380 aa  107  2e-22  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  25.15 
 
 
414 aa  107  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  27.78 
 
 
377 aa  107  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  26.51 
 
 
378 aa  106  6e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  27.3 
 
 
429 aa  105  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  27.03 
 
 
373 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  27.45 
 
 
375 aa  104  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  25.81 
 
 
363 aa  104  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1728  hypothetical protein  27.82 
 
 
491 aa  103  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0298  radical SAM domain-containing protein  27.11 
 
 
491 aa  102  8e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  26.56 
 
 
428 aa  102  1e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  25.44 
 
 
399 aa  102  1e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  27.63 
 
 
347 aa  102  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  24.65 
 
 
404 aa  101  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1862  radical SAM domain-containing protein  26.84 
 
 
491 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.27199  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2134  radical SAM domain-containing protein  26.84 
 
 
491 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1743  heme biosynthesis protein  26.84 
 
 
491 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5552  radical SAM domain-containing protein  26.78 
 
 
482 aa  101  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.789613 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  25.66 
 
 
405 aa  100  3e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1157  radical SAM domain-containing protein  26.84 
 
 
491 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.43485  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0870  radical SAM domain-containing protein  26.84 
 
 
491 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0390  radical SAM domain-containing protein  26.84 
 
 
491 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>