More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_4243 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_4243  Radical SAM domain protein  100 
 
 
360 aa  726    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3154  radical SAM family protein  33.72 
 
 
367 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  24.66 
 
 
496 aa  115  2.0000000000000002e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2456  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  32.43 
 
 
370 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152479  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  29.91 
 
 
325 aa  109  6e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5060  radical SAM domain-containing protein  28.61 
 
 
396 aa  109  9.000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1028  radical SAM domain-containing protein  29.5 
 
 
401 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1001  radical SAM family protein  29.5 
 
 
401 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1018  radical SAM domain-containing protein  29.5 
 
 
401 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0572613  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  28.65 
 
 
368 aa  106  5e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  28.7 
 
 
389 aa  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  27.22 
 
 
347 aa  105  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  27.07 
 
 
501 aa  103  4e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3206  radical SAM domain-containing protein  29.94 
 
 
412 aa  103  4e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2362  Radical SAM domain protein  28.2 
 
 
409 aa  103  5e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000000979641  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0883  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  27.81 
 
 
399 aa  102  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1296  radical SAM domain-containing protein  28.36 
 
 
395 aa  102  8e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0595995 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.76 
 
 
414 aa  102  9e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0973479  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  27.4 
 
 
380 aa  102  1e-20  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4272  Radical SAM domain protein  26.65 
 
 
337 aa  102  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  25.94 
 
 
349 aa  100  3e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  26.79 
 
 
332 aa  100  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10707  coenzyme PQQ synthesis protein E pqqE  29.48 
 
 
391 aa  100  5e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2359  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  29.65 
 
 
378 aa  99.8  7e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2033  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  27.33 
 
 
395 aa  99.4  8e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  25.85 
 
 
366 aa  98.2  2e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3326  radical SAM domain-containing protein  29.33 
 
 
396 aa  97.8  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.579785 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.11 
 
 
398 aa  98.2  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  24.92 
 
 
358 aa  98.2  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1799  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  27.22 
 
 
391 aa  97.8  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.125674  normal  0.916048 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3778  Radical SAM domain protein  28.99 
 
 
429 aa  97.4  3e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.347874  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1769  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  27.35 
 
 
384 aa  96.7  6e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  25.86 
 
 
561 aa  96.3  7e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1133  Radical SAM domain protein  26.35 
 
 
453 aa  96.3  7e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.318737 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  27.35 
 
 
380 aa  95.1  1e-18  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1817  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.76 
 
 
384 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3419  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  28.4 
 
 
414 aa  95.1  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058581  normal  0.446493 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  25.23 
 
 
346 aa  95.5  1e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2153  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.76 
 
 
384 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.666004  normal  0.11423 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  28.03 
 
 
394 aa  95.5  1e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  28.91 
 
 
372 aa  95.1  2e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.150744  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0609  radical SAM domain-containing protein  29.28 
 
 
384 aa  95.1  2e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  24.93 
 
 
347 aa  94.4  3e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  28.29 
 
 
399 aa  94.4  3e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4936  Radical SAM domain protein  27.91 
 
 
410 aa  94.4  3e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1782  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  27.73 
 
 
389 aa  93.2  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2175  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  28.78 
 
 
350 aa  93.2  7e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4674  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.02 
 
 
389 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0775  Radical SAM domain protein  27.91 
 
 
405 aa  92.4  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0689  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  27.14 
 
 
389 aa  91.7  2e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.62446  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  27.22 
 
 
392 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601943  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.92 
 
 
380 aa  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.82 
 
 
373 aa  90.9  3e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0848  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  27.49 
 
 
371 aa  90.9  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  26.3 
 
 
390 aa  91.3  3e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0292  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  28.28 
 
 
386 aa  90.5  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.876947 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  28.21 
 
 
391 aa  90.5  4e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  26.18 
 
 
377 aa  90.5  4e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4038  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  27.76 
 
 
370 aa  90.5  4e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.107289  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  28.45 
 
 
398 aa  90.1  5e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  27 
 
 
333 aa  90.1  5e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2470  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.39 
 
 
407 aa  89.7  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.616066 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3915  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.36 
 
 
375 aa  90.1  6e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.72 
 
 
379 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1680  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.93 
 
 
397 aa  89.4  8e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.725852 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1385  Radical SAM domain protein  27.68 
 
 
417 aa  89  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0362532  unclonable  0.0000106904 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.05 
 
 
373 aa  89  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0775464  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.81 
 
 
380 aa  89.4  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  25.71 
 
 
391 aa  89  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0341  Radical SAM domain protein  19.88 
 
 
358 aa  88.6  2e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860608  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5988  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  27.35 
 
 
379 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257809  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  26.4 
 
 
381 aa  88.2  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  24.5 
 
 
479 aa  88.2  2e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6512  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.72 
 
 
405 aa  88.6  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397453  normal  0.0847554 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5901  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.93 
 
 
374 aa  88.2  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.630073 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  25.15 
 
 
402 aa  87.8  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5162  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.42 
 
 
379 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.426022 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  22.78 
 
 
373 aa  88.2  2e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1151  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  27.27 
 
 
373 aa  88.2  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00861011 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  24.45 
 
 
565 aa  87.4  3e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.42 
 
 
379 aa  87.4  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.384282  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5119  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.42 
 
 
379 aa  87.4  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.92 
 
 
399 aa  87  5e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  26.14 
 
 
359 aa  86.3  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  24.85 
 
 
404 aa  86.3  7e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.51 
 
 
380 aa  86.3  8e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.121554  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1702  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.49 
 
 
375 aa  85.9  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.475579 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  26.44 
 
 
382 aa  85.1  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1665  Radical SAM domain protein  23.51 
 
 
438 aa  85.5  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5768  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  27.65 
 
 
379 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.922128  normal  0.949586 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  26.89 
 
 
418 aa  85.5  0.000000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0509  coenzyme PQQ synthesis protein E  24.85 
 
 
389 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3319  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.36 
 
 
381 aa  85.1  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.328193 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6168  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.69 
 
 
374 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0169631  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  28.53 
 
 
372 aa  84.7  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0516  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  27 
 
 
381 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0857  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.1 
 
 
378 aa  84.3  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5965  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.59 
 
 
387 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0233125 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  26.36 
 
 
429 aa  84  0.000000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  22.92 
 
 
414 aa  84  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>