More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0900 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_0900  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 292 aa  598  1e-170  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3047  radical SAM family protein  62.04 
 
 		 153 aa  144  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  26.05 
 
 		 378 aa  97.4  2e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  26.41 
 
 		 380 aa  93.6  4e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  25.24 
 
 		 380 aa  84.7  0.000000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  25.7 
 
 		 377 aa  83.6  0.000000000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  25.35 
 
 		 389 aa  82.4  0.000000000000009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  23.08 
 
 		 384 aa  80.5  0.00000000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  31.5 
 
 		 399 aa  78.2  0.0000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  30.61 
 
 		 372 aa  76.3  0.0000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0862  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 317 aa  73.9  0.000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000001092  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  44.58 
 
 		 359 aa  73.6  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1706  radical SAM domain-containing protein  29.05 
 
 		 516 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971724  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  23.91 
 
 		 397 aa  68.6  0.0000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2175  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  25.84 
 
 		 350 aa  67.4  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0911  radical SAM domain-containing protein  37.08 
 
 		 497 aa  68.2  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  25.17 
 
 		 415 aa  67.4  0.0000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0937  radical SAM superfamily protein  30.82 
 
 		 365 aa  67  0.0000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.6279  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  26.12 
 
 		 335 aa  66.2  0.0000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  30.15 
 
 		 372 aa  65.5  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.150744  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  37.35 
 
 		 366 aa  65.1  0.000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  23.45 
 
 		 373 aa  65.1  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  33.77 
 
 		 395 aa  65.1  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  23.47 
 
 		 398 aa  64.3  0.000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  27.23 
 
 		 399 aa  65.1  0.000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2372  radical SAM domain-containing protein  32.06 
 
 		 377 aa  63.5  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.223606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1425  radical SAM family Fe-S protein  27.82 
 
 		 403 aa  63.2  0.000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4009  radical SAM domain-containing protein  25.67 
 
 		 362 aa  63.2  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.727225 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0848  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.25 
 
 		 371 aa  61.6  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3391  radical SAM domain-containing protein  26.11 
 
 		 800 aa  61.2  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.228566 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2098  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.75 
 
 		 400 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.456256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  26.12 
 
 		 342 aa  61.2  0.00000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1690  radical SAM family protein  25.14 
 
 		 330 aa  60.5  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000452598  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  27.08 
 
 		 429 aa  60.1  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  26.94 
 
 		 387 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  23.44 
 
 		 399 aa  59.7  0.00000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3326  radical SAM domain-containing protein  28.12 
 
 		 396 aa  59.7  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.579785 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.13 
 
 		 380 aa  59.7  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  26.89 
 
 		 387 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1133  Radical SAM domain protein  28.23 
 
 		 453 aa  59.3  0.00000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.318737 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4523  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 		 347 aa  59.3  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.4 
 
 		 398 aa  59.3  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  23.33 
 
 		 381 aa  59.3  0.00000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2492  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.07 
 
 		 400 aa  59.3  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250234  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  27.35 
 
 		 391 aa  58.5  0.0000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  26.12 
 
 		 407 aa  58.5  0.0000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  24.1 
 
 		 349 aa  58.2  0.0000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2190  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  23.64 
 
 		 318 aa  58.5  0.0000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1047  radical SAM domain-containing protein  21.54 
 
 		 468 aa  58.5  0.0000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  25.79 
 
 		 422 aa  58.5  0.0000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  27.78 
 
 		 393 aa  58.5  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0729  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.67 
 
 		 380 aa  58.5  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701014  normal  0.10573 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2660  Fe-S oxidoreductase, putative coenzyme synthesis protein  22.01 
 
 		 344 aa  57.8  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0709  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  25.49 
 
 		 353 aa  58.2  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2470  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.79 
 
 		 407 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.616066 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  26.39 
 
 		 428 aa  57.8  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  26.81 
 
 		 409 aa  57.8  0.0000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3154  radical SAM family protein  27.81 
 
 		 367 aa  57.8  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2615  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 		 471 aa  57.8  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1154  radical SAM domain-containing protein  25.52 
 
 		 377 aa  57.8  0.0000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.812273  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0095  radical SAM domain-containing protein  22.22 
 
 		 316 aa  57.8  0.0000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0204398  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1970  Radical SAM domain protein  25.67 
 
 		 346 aa  57.4  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  22.11 
 
 		 496 aa  57.4  0.0000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0899  Radical SAM domain protein  37.36 
 
 		 345 aa  57  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.467857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  23.47 
 
 		 501 aa  57  0.0000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0883  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.41 
 
 		 399 aa  57.4  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0857  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.63 
 
 		 378 aa  57  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3915  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.51 
 
 		 375 aa  57  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1880  Radical SAM domain protein  31.45 
 
 		 359 aa  57  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.62 
 
 		 380 aa  57  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.121554  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  22.51 
 
 		 330 aa  57  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2362  Radical SAM domain protein  27.96 
 
 		 409 aa  57  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000000979641  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  23.16 
 
 		 347 aa  56.6  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8971  Radical SAM domain protein  27.69 
 
 		 370 aa  56.6  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.126131  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4936  Radical SAM domain protein  27.42 
 
 		 410 aa  56.6  0.0000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_50634  predicted protein  30.46 
 
 		 336 aa  55.8  0.0000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.612985 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6512  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.38 
 
 		 405 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397453  normal  0.0847554 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0292  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.84 
 
 		 386 aa  56.2  0.0000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.876947 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1695  radical SAM family protein  23.08 
 
 		 491 aa  55.8  0.0000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.192909  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0763  radical SAM family protein  30.77 
 
 		 354 aa  55.8  0.0000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.959991  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25 
 
 		 371 aa  55.8  0.0000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0357225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1985  Methyltransferase type 11  29.23 
 
 		 1000 aa  55.8  0.0000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.84 
 
 		 381 aa  55.8  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 		 394 aa  55.5  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1702  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.86 
 
 		 375 aa  55.5  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.475579 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1390  putative molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25.21 
 
 		 296 aa  55.5  0.000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.212128  normal  0.415748 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  23 
 
 		 565 aa  55.1  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.1 
 
 		 380 aa  55.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0516  radical SAM domain-containing protein  42.37 
 
 		 343 aa  55.1  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0459  Radical SAM domain protein  21.54 
 
 		 375 aa  55.5  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000994889  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5373  Radical SAM domain protein  29.23 
 
 		 327 aa  55.5  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  22.7 
 
 		 393 aa  55.1  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1674  Radical SAM domain protein  22.16 
 
 		 326 aa  55.1  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1685  hypothetical protein  26.45 
 
 		 314 aa  55.1  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0732068  normal  0.0666172 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0419  Fe-S oxidoreductase-like protein  35.05 
 
 		 284 aa  54.3  0.000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.399377  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2623  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.14 
 
 		 385 aa  54.3  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4272  Radical SAM domain protein  20.64 
 
 		 337 aa  54.7  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2456  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  23.51 
 
 		 370 aa  55.1  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152479  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10707  coenzyme PQQ synthesis protein E pqqE  27.75 
 
 		 391 aa  54.7  0.000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  26.05 
 
 		 325 aa  54.3  0.000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>