More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1685 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1685  hypothetical protein  100 
 
 		 314 aa  655    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0732068  normal  0.0666172 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0414  radical SAM domain-containing protein  62.3 
 
 		 330 aa  402  1e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.910572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3378  hypothetical protein  56.87 
 
 		 595 aa  368  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2548  radical SAM domain-containing protein  53.29 
 
 		 328 aa  335  7.999999999999999e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.385767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0194  radical SAM domain-containing protein  47.24 
 
 		 579 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.369341  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0146  radical SAM domain-containing protein  31.79 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0792983  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5883  radical SAM domain-containing protein  35.71 
 
 		 332 aa  83.2  0.000000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  29.24 
 
 		 496 aa  75.1  0.000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  32.93 
 
 		 380 aa  74.7  0.000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0937  radical SAM superfamily protein  30.56 
 
 		 365 aa  73.2  0.000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.6279  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11698  molybdopterin biosynthesis protein moeX  33.33 
 
 		 330 aa  72.4  0.000000000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.509473 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1695  radical SAM family protein  26.52 
 
 		 491 aa  72  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.192909  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  28.98 
 
 		 399 aa  68.6  0.0000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0349  radical SAM domain-containing protein  25.32 
 
 		 427 aa  68.2  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0259  Radical SAM domain protein  30.43 
 
 		 1005 aa  68.6  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.285156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  31.95 
 
 		 380 aa  67.8  0.0000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0912  Radical SAM domain protein  31.39 
 
 		 368 aa  67  0.0000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.492815  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  31.14 
 
 		 377 aa  67  0.0000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  30.72 
 
 		 389 aa  67  0.0000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0750  radical SAM domain-containing protein  29.53 
 
 		 319 aa  66.2  0.0000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0862  radical SAM domain-containing protein  24 
 
 		 317 aa  65.9  0.0000000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000001092  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0095  radical SAM domain-containing protein  26.75 
 
 		 316 aa  64.3  0.000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0204398  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  28.3 
 
 		 347 aa  63.9  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  28.85 
 
 		 391 aa  63.5  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1988  radical SAM family protein  26.51 
 
 		 328 aa  63.2  0.000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.252976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1985  Methyltransferase type 11  27.95 
 
 		 1000 aa  62.8  0.000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0228  Methyltransferase type 11  28.22 
 
 		 1002 aa  62.8  0.000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  33.33 
 
 		 335 aa  62.8  0.000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1583  radical SAM domain-containing protein  26.92 
 
 		 364 aa  62.4  0.000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2221  hypothetical protein  28.38 
 
 		 329 aa  62.4  0.000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3391  radical SAM domain-containing protein  29.34 
 
 		 800 aa  62.4  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.228566 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  28.39 
 
 		 384 aa  62  0.00000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  28.05 
 
 		 410 aa  61.2  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  30.32 
 
 		 397 aa  61.2  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2457  radical SAM family protein  30.2 
 
 		 318 aa  60.8  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00277932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  31.01 
 
 		 393 aa  60.8  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  25.79 
 
 		 565 aa  60.1  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0794  radical SAM domain-containing protein  27.14 
 
 		 446 aa  60.1  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0941  radical SAM domain-containing protein  29.14 
 
 		 367 aa  60.1  0.00000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.31277  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0283  Radical SAM domain protein  26.27 
 
 		 364 aa  59.7  0.00000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.716398  normal  0.948397 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1210  Radical SAM domain protein  28.97 
 
 		 529 aa  59.7  0.00000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3864  Radical SAM domain protein  26.88 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0170641  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1560  radical SAM domain-containing protein  29.73 
 
 		 412 aa  59.3  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0307632  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  26.75 
 
 		 349 aa  59.3  0.00000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1570  radical SAM domain-containing protein  27.81 
 
 		 474 aa  58.9  0.0000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  27.78 
 
 		 378 aa  58.9  0.0000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  26.71 
 
 		 428 aa  58.5  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1565  radical SAM domain-containing protein  25.35 
 
 		 296 aa  58.9  0.0000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30480  predicted protein  30.18 
 
 		 358 aa  58.5  0.0000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16100  Radical SAM domain protein  24.51 
 
 		 462 aa  58.2  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1914  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 376 aa  58.2  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0775  Radical SAM domain protein  28.21 
 
 		 405 aa  57.8  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1335  Radical SAM domain protein  27.38 
 
 		 337 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  28.93 
 
 		 394 aa  58.2  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  30.2 
 
 		 399 aa  57.8  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  27.49 
 
 		 479 aa  57.4  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2458  radical SAM domain-containing protein  27.5 
 
 		 536 aa  57.4  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.661672 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  27.85 
 
 		 393 aa  57.8  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  34.33 
 
 		 355 aa  57  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1095  Radical SAM domain protein  28.48 
 
 		 446 aa  57  0.0000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0829  radical SAM domain-containing protein  27.52 
 
 		 351 aa  57  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0923  Methyltransferase type 11  30 
 
 		 1039 aa  57  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.804895  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  28.66 
 
 		 404 aa  57  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1047  radical SAM domain-containing protein  26.9 
 
 		 468 aa  56.6  0.0000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1763  Radical SAM domain protein  28.85 
 
 		 319 aa  57  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  32.69 
 
 		 387 aa  56.2  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2983  Radical SAM domain protein  24.86 
 
 		 394 aa  56.2  0.0000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1069  radical SAM domain-containing protein  26.85 
 
 		 321 aa  56.2  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.872388  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  26.28 
 
 		 397 aa  55.8  0.0000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  28.85 
 
 		 390 aa  55.8  0.0000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  28.12 
 
 		 390 aa  56.2  0.0000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05035  hypothetical protein  25.17 
 
 		 351 aa  55.8  0.0000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1779  L-asparaginase II  27.27 
 
 		 317 aa  55.8  0.0000009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.251936  normal  0.0342174 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  32.69 
 
 		 387 aa  55.8  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0900  Radical SAM domain protein  26.45 
 
 		 292 aa  55.1  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0890  radical SAM domain-containing protein  28.36 
 
 		 537 aa  55.5  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  29.61 
 
 		 415 aa  55.5  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2543  radical SAM family protein  27.56 
 
 		 379 aa  55.1  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  27.5 
 
 		 359 aa  55.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1674  Radical SAM domain protein  25.17 
 
 		 326 aa  55.5  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  27.12 
 
 		 334 aa  55.5  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  24.64 
 
 		 393 aa  55.5  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0011  Radical SAM domain protein  31.76 
 
 		 338 aa  55.1  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3799  radical SAM family protein  25 
 
 		 335 aa  54.3  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.27686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.22 
 
 		 394 aa  54.7  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0341  Radical SAM domain protein  24.26 
 
 		 358 aa  54.7  0.000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860608  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  25.4 
 
 		 398 aa  54.3  0.000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  25.73 
 
 		 395 aa  55.1  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4615  radical SAM domain-containing protein  30.33 
 
 		 514 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4236  radical SAM family protein  30.33 
 
 		 514 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.767249  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0913  Radical SAM domain protein  25.76 
 
 		 361 aa  54.7  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.525618  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4322  radical SAM domain-containing protein  30.33 
 
 		 514 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  28.21 
 
 		 399 aa  53.9  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0897  radical SAM family protein  26.92 
 
 		 380 aa  54.3  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  25.95 
 
 		 375 aa  53.9  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_13341  Fe-S oxidoreductase  27.81 
 
 		 332 aa  54.3  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.761988 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4990  radical SAM family protein  28.79 
 
 		 386 aa  53.5  0.000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.396764  normal  0.819586 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3326  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 		 396 aa  53.9  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.579785 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3569  radical SAM domain-containing protein  29.22 
 
 		 365 aa  53.5  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1925  Radical SAM domain protein  25.18 
 
 		 338 aa  53.5  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>