More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0897 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0897  radical SAM family protein  100 
 
 		 380 aa  786    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2543  radical SAM family protein  87.04 
 
 		 379 aa  692    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1991  radical SAM domain-containing protein  69.47 
 
 		 381 aa  548  1e-155  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0387606  normal  0.206645 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8972  Radical SAM domain protein  33.63 
 
 		 364 aa  221  9.999999999999999e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0215472  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8971  Radical SAM domain protein  35.04 
 
 		 370 aa  196  8.000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.126131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2761  radical SAM domain-containing protein  29.79 
 
 		 348 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0874334  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0102  radical SAM domain-containing protein  25.16 
 
 		 323 aa  108  2e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0101  radical SAM domain-containing protein  24.18 
 
 		 323 aa  107  5e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2197  radical SAM domain-containing protein  33.15 
 
 		 368 aa  97.1  5e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  28.46 
 
 		 380 aa  92.8  9e-18  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  24.65 
 
 		 501 aa  92.4  1e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  27.55 
 
 		 380 aa  89.7  7e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0862  radical SAM domain-containing protein  24.52 
 
 		 317 aa  89.7  8e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000001092  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0349  radical SAM domain-containing protein  23.51 
 
 		 427 aa  88.6  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  25.53 
 
 		 347 aa  87  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3569  radical SAM domain-containing protein  34.46 
 
 		 365 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  26.1 
 
 		 389 aa  85.1  0.000000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0095  radical SAM domain-containing protein  24.84 
 
 		 316 aa  85.1  0.000000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0204398  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  26.32 
 
 		 377 aa  84  0.000000000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1296  radical SAM domain-containing protein  26.09 
 
 		 395 aa  84  0.000000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595995 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  23.38 
 
 		 378 aa  84  0.000000000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  23.23 
 
 		 384 aa  82.4  0.00000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0763  radical SAM family protein  28.96 
 
 		 354 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.959991  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5060  radical SAM domain-containing protein  24.72 
 
 		 396 aa  81.3  0.00000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1337  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.12 
 
 		 308 aa  79.7  0.00000000000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0490637  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1985  Methyltransferase type 11  27.92 
 
 		 1000 aa  79.3  0.00000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1001  radical SAM family protein  24.09 
 
 		 401 aa  79.3  0.00000000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1028  radical SAM domain-containing protein  24.09 
 
 		 401 aa  79.3  0.00000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1018  radical SAM domain-containing protein  24.09 
 
 		 401 aa  79.3  0.00000000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0572613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10707  coenzyme PQQ synthesis protein E pqqE  24.65 
 
 		 391 aa  77.4  0.0000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0775  Radical SAM domain protein  25.5 
 
 		 405 aa  77  0.0000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  25.07 
 
 		 480 aa  76.3  0.0000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4936  Radical SAM domain protein  30.54 
 
 		 410 aa  75.9  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  23.55 
 
 		 429 aa  75.9  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  22.71 
 
 		 418 aa  74.7  0.000000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3326  radical SAM domain-containing protein  26.26 
 
 		 396 aa  74.3  0.000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.579785 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.74 
 
 		 394 aa  74.3  0.000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  24.65 
 
 		 496 aa  73.6  0.000000000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 330 aa  72.8  0.000000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  28.06 
 
 		 349 aa  72.8  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3778  Radical SAM domain protein  25.69 
 
 		 429 aa  72.8  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.347874  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  26.13 
 
 		 397 aa  71.6  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3154  radical SAM family protein  25 
 
 		 367 aa  71.6  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  28.71 
 
 		 358 aa  72  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0259  Radical SAM domain protein  23.83 
 
 		 1005 aa  71.2  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.285156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  27.71 
 
 		 565 aa  70.9  0.00000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2362  Radical SAM domain protein  23.26 
 
 		 409 aa  70.9  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000000979641  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3206  radical SAM domain-containing protein  26.05 
 
 		 412 aa  70.5  0.00000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1215  Radical SAM domain protein  23.53 
 
 		 367 aa  70.9  0.00000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.154309  hitchhiker  0.00000759697 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  27.27 
 
 		 332 aa  70.5  0.00000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  30.9 
 
 		 382 aa  70.5  0.00000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  24.13 
 
 		 363 aa  70.1  0.00000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  23.36 
 
 		 428 aa  70.1  0.00000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  25.47 
 
 		 561 aa  70.1  0.00000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  25.85 
 
 		 325 aa  69.7  0.00000000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  30.53 
 
 		 390 aa  69.7  0.00000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  29 
 
 		 389 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  25.74 
 
 		 397 aa  69.3  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0923  Methyltransferase type 11  25.63 
 
 		 1039 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.804895  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1047  radical SAM domain-containing protein  27.75 
 
 		 468 aa  69.3  0.0000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1913  Radical SAM domain protein  29.73 
 
 		 364 aa  69.3  0.0000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  26.38 
 
 		 380 aa  68.2  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  25.4 
 
 		 349 aa  68.6  0.0000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  24.69 
 
 		 373 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2817  Radical SAM domain protein  29.94 
 
 		 340 aa  68.6  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1901  radical SAM domain-containing protein  23.29 
 
 		 368 aa  68.2  0.0000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.13165 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  28.11 
 
 		 413 aa  67.8  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  29.56 
 
 		 404 aa  68.2  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2651  Radical SAM domain protein  28.25 
 
 		 415 aa  67  0.0000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.135076 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2637  Radical SAM domain protein  21.2 
 
 		 350 aa  66.6  0.0000000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.295239  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1716  radical SAM domain-containing protein  25.81 
 
 		 378 aa  66.6  0.0000000006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.174012 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0011  Radical SAM domain protein  29.79 
 
 		 338 aa  66.6  0.0000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18370  predicted Fe-S oxidoreductase  25.61 
 
 		 384 aa  66.2  0.0000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  26.11 
 
 		 422 aa  66.2  0.0000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  27.45 
 
 		 393 aa  65.5  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2089  putative methyltransferase  23.66 
 
 		 1014 aa  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0627261  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4272  Radical SAM domain protein  23.28 
 
 		 337 aa  65.5  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1713  coenzyme PQQ synthesis protein  26.4 
 
 		 377 aa  65.1  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00161975  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1133  Radical SAM domain protein  27.05 
 
 		 453 aa  65.1  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.318737 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1443  Radical SAM domain protein  26.99 
 
 		 440 aa  65.1  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1430  radical SAM domain-containing protein  28.43 
 
 		 389 aa  65.1  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.733862  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5373  Radical SAM domain protein  25.36 
 
 		 327 aa  65.1  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  26.84 
 
 		 399 aa  64.3  0.000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.42 
 
 		 373 aa  63.9  0.000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0775464  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  24.11 
 
 		 399 aa  63.9  0.000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1970  Radical SAM domain protein  25.79 
 
 		 346 aa  63.5  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  26.29 
 
 		 399 aa  63.5  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  25.25 
 
 		 393 aa  63.5  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1737  coenzyme PQQ synthesis protein  27.08 
 
 		 378 aa  63.2  0.000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1910  putative coenzyme PQQ synthesis protein  26.4 
 
 		 377 aa  63.2  0.000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.302049 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1875  coenzyme PQQ synthesis protein  27.08 
 
 		 377 aa  63.2  0.000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0931  Radical SAM domain protein  25.75 
 
 		 436 aa  63.2  0.000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.996122  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0047  Radical SAM domain protein  25.91 
 
 		 386 aa  63.2  0.000000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.834961  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0113  radical SAM domain-containing protein  23.69 
 
 		 370 aa  63.2  0.000000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.389414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1695  radical SAM family protein  28.89 
 
 		 491 aa  62.8  0.000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.192909  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1710  Radical SAM domain protein  25.98 
 
 		 324 aa  62.8  0.000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00399372  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0912  Radical SAM domain protein  22.97 
 
 		 368 aa  62.4  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.492815  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  23.99 
 
 		 346 aa  62.4  0.00000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1674  Radical SAM domain protein  22.22 
 
 		 326 aa  62.4  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0913  Radical SAM domain protein  28.14 
 
 		 361 aa  62.8  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.525618  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>