More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2543 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0897  radical SAM family protein  87.04 
 
 		 380 aa  692    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2543  radical SAM family protein  100 
 
 		 379 aa  792    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1991  radical SAM domain-containing protein  71.47 
 
 		 381 aa  559  1e-158  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0387606  normal  0.206645 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8972  Radical SAM domain protein  34.02 
 
 		 364 aa  211  1e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0215472  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8971  Radical SAM domain protein  34.2 
 
 		 370 aa  189  7e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.126131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2761  radical SAM domain-containing protein  29.86 
 
 		 348 aa  125  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0874334  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  26.17 
 
 		 501 aa  103  6e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0102  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 323 aa  101  3e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0101  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 323 aa  100  4e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2197  radical SAM domain-containing protein  33.15 
 
 		 368 aa  92  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0862  radical SAM domain-containing protein  26.43 
 
 		 317 aa  91.3  2e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000001092  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  25.81 
 
 		 389 aa  91.3  3e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3569  radical SAM domain-containing protein  28.31 
 
 		 365 aa  90.5  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1296  radical SAM domain-containing protein  26.01 
 
 		 395 aa  87.4  4e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595995 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0349  radical SAM domain-containing protein  23.81 
 
 		 427 aa  86.7  6e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1018  radical SAM domain-containing protein  25.77 
 
 		 401 aa  86.7  6e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0572613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1028  radical SAM domain-containing protein  25.77 
 
 		 401 aa  86.7  6e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1001  radical SAM family protein  25.77 
 
 		 401 aa  86.7  6e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  27.08 
 
 		 399 aa  86.3  8e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  24.41 
 
 		 380 aa  86.3  8e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 377 aa  85.5  0.000000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  25.07 
 
 		 418 aa  85.9  0.000000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  25.63 
 
 		 380 aa  85.1  0.000000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0763  radical SAM family protein  28.52 
 
 		 354 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.959991  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4936  Radical SAM domain protein  24.86 
 
 		 410 aa  84  0.000000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5060  radical SAM domain-containing protein  24.72 
 
 		 396 aa  84.3  0.000000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10707  coenzyme PQQ synthesis protein E pqqE  24.65 
 
 		 391 aa  84  0.000000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0775  Radical SAM domain protein  25.52 
 
 		 405 aa  83.6  0.000000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3206  radical SAM domain-containing protein  25.97 
 
 		 412 aa  83.2  0.000000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  23.38 
 
 		 378 aa  82.8  0.000000000000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  22.96 
 
 		 347 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0095  radical SAM domain-containing protein  24.51 
 
 		 316 aa  82.4  0.00000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0204398  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  25.65 
 
 		 363 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  28.01 
 
 		 325 aa  82.8  0.00000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1337  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.74 
 
 		 308 aa  82  0.00000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0490637  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1913  Radical SAM domain protein  29.28 
 
 		 364 aa  82  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  26.04 
 
 		 380 aa  80.5  0.00000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  26.02 
 
 		 349 aa  80.1  0.00000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  28.42 
 
 		 565 aa  79.7  0.00000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3154  radical SAM family protein  25.3 
 
 		 367 aa  79.7  0.00000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  24.07 
 
 		 480 aa  79.7  0.00000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  24.86 
 
 		 358 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3778  Radical SAM domain protein  26.3 
 
 		 429 aa  79.3  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.347874  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  26.74 
 
 		 359 aa  79  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2362  Radical SAM domain protein  23.76 
 
 		 409 aa  78.2  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000000979641  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  27.15 
 
 		 496 aa  78.2  0.0000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3326  radical SAM domain-containing protein  24.62 
 
 		 396 aa  78.6  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.579785 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  22.95 
 
 		 384 aa  77.8  0.0000000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2651  Radical SAM domain protein  30.89 
 
 		 415 aa  78.2  0.0000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.135076 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  27.23 
 
 		 397 aa  77.4  0.0000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  30.92 
 
 		 382 aa  76.6  0.0000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  25.83 
 
 		 561 aa  76.3  0.0000000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  26.93 
 
 		 330 aa  76.3  0.000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  25.14 
 
 		 389 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.37 
 
 		 394 aa  74.3  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  27.46 
 
 		 413 aa  74.3  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1674  Radical SAM domain protein  24.17 
 
 		 326 aa  73.2  0.000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1583  radical SAM domain-containing protein  25.93 
 
 		 364 aa  73.2  0.000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1985  Methyltransferase type 11  26.67 
 
 		 1000 aa  73.2  0.000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  26.75 
 
 		 356 aa  73.2  0.000000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  25 
 
 		 332 aa  73.2  0.000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.78 
 
 		 397 aa  73.2  0.000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  25.07 
 
 		 358 aa  73.2  0.000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  23.12 
 
 		 429 aa  73.2  0.000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  26.48 
 
 		 381 aa  72  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  25.5 
 
 		 397 aa  72.4  0.00000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0011  Radical SAM domain protein  30.85 
 
 		 338 aa  72  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  25.82 
 
 		 349 aa  71.6  0.00000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  25.07 
 
 		 414 aa  71.6  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  25.37 
 
 		 422 aa  71.2  0.00000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  24.56 
 
 		 405 aa  71.2  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18370  predicted Fe-S oxidoreductase  24.56 
 
 		 384 aa  70.5  0.00000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3864  Radical SAM domain protein  24.9 
 
 		 319 aa  70.5  0.00000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0170641  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  29.63 
 
 		 390 aa  70.1  0.00000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1047  radical SAM domain-containing protein  27.12 
 
 		 468 aa  70.5  0.00000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  26.39 
 
 		 399 aa  70.1  0.00000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1430  radical SAM domain-containing protein  28.37 
 
 		 389 aa  70.1  0.00000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.733862  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  26.87 
 
 		 393 aa  70.1  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0794  radical SAM domain-containing protein  30.53 
 
 		 446 aa  70.1  0.00000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0729  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.12 
 
 		 380 aa  69.7  0.00000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701014  normal  0.10573 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0941  radical SAM domain-containing protein  24.79 
 
 		 367 aa  69.7  0.00000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.31277  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1880  Radical SAM domain protein  24.1 
 
 		 359 aa  69.7  0.00000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2637  Radical SAM domain protein  20.8 
 
 		 350 aa  69.3  0.0000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.295239  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04410  Radical SAM domain protein  25.49 
 
 		 450 aa  68.9  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  27.24 
 
 		 335 aa  69.3  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  23.46 
 
 		 373 aa  68.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1215  Radical SAM domain protein  23.22 
 
 		 367 aa  69.3  0.0000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.154309  hitchhiker  0.00000759697 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5373  Radical SAM domain protein  25.36 
 
 		 327 aa  68.6  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2817  Radical SAM domain protein  29.94 
 
 		 340 aa  68.6  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0047  Radical SAM domain protein  26.15 
 
 		 386 aa  68.2  0.0000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.834961  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  31.08 
 
 		 415 aa  68.2  0.0000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2089  putative methyltransferase  25.6 
 
 		 1014 aa  68.2  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0627261  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  26.57 
 
 		 399 aa  67.8  0.0000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0228  Methyltransferase type 11  25.49 
 
 		 1002 aa  68.2  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1443  Radical SAM domain protein  30.2 
 
 		 440 aa  67.4  0.0000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1716  radical SAM domain-containing protein  23.77 
 
 		 378 aa  67  0.0000000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.174012 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  25 
 
 		 346 aa  67  0.0000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  29.08 
 
 		 404 aa  67  0.0000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2494  radical SAM domain-containing protein  28.72 
 
 		 407 aa  66.6  0.0000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.654271 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  24.85 
 
 		 327 aa  66.6  0.0000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.823251 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>