More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3778 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009338  Mflv_5060  radical SAM domain-containing protein  77.42 
 
 		 396 aa  640    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3778  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 429 aa  885    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.347874  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1001  radical SAM family protein  75.3 
 
 		 401 aa  627  1e-178  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1028  radical SAM domain-containing protein  75.3 
 
 		 401 aa  627  1e-178  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1018  radical SAM domain-containing protein  75.3 
 
 		 401 aa  627  1e-178  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0572613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1296  radical SAM domain-containing protein  77.27 
 
 		 395 aa  627  1e-178  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595995 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10707  coenzyme PQQ synthesis protein E pqqE  73.5 
 
 		 391 aa  603  1.0000000000000001e-171  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4936  Radical SAM domain protein  71.08 
 
 		 410 aa  598  1e-170  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0775  Radical SAM domain protein  71.82 
 
 		 405 aa  597  1e-169  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3326  radical SAM domain-containing protein  71.54 
 
 		 396 aa  585  1e-166  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.579785 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2362  Radical SAM domain protein  70.57 
 
 		 409 aa  583  1.0000000000000001e-165  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000000979641  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3206  radical SAM domain-containing protein  69.63 
 
 		 412 aa  571  1.0000000000000001e-162  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3154  radical SAM family protein  58.26 
 
 		 367 aa  390  1e-107  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4272  Radical SAM domain protein  40.9 
 
 		 337 aa  265  1e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  41.14 
 
 		 347 aa  258  1e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3864  Radical SAM domain protein  45.61 
 
 		 319 aa  231  1e-59  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0170641  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  31.48 
 
 		 479 aa  162  1e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  31.3 
 
 		 346 aa  157  4e-37  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  31.13 
 
 		 429 aa  157  4e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  29.35 
 
 		 496 aa  151  3e-35  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  31.04 
 
 		 327 aa  150  5e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  32.84 
 
 		 325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  31.58 
 
 		 378 aa  147  3e-34  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  32.01 
 
 		 428 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  30.52 
 
 		 349 aa  147  5e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  32.28 
 
 		 398 aa  146  7.0000000000000006e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0095  radical SAM domain-containing protein  30.06 
 
 		 316 aa  144  4e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0204398  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  30.33 
 
 		 332 aa  143  7e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  30.26 
 
 		 565 aa  142  9e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  31.16 
 
 		 358 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  30.65 
 
 		 358 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  29.72 
 
 		 561 aa  139  8.999999999999999e-32  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0862  radical SAM domain-containing protein  30.82 
 
 		 317 aa  139  1e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000001092  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  30.43 
 
 		 357 aa  138  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  29.69 
 
 		 380 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  31.94 
 
 		 333 aa  137  5e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  31.13 
 
 		 399 aa  136  7.000000000000001e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  29.73 
 
 		 389 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  31.34 
 
 		 356 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  31.64 
 
 		 349 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  30.48 
 
 		 333 aa  135  1.9999999999999998e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  30.11 
 
 		 380 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4381  radical SAM domain-containing protein  32.15 
 
 		 381 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0634497  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  31.04 
 
 		 356 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  31.55 
 
 		 358 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2983  Radical SAM domain protein  32.36 
 
 		 394 aa  133  5e-30  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  29.71 
 
 		 330 aa  133  6e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  29.79 
 
 		 389 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  30.03 
 
 		 414 aa  131  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  31.04 
 
 		 354 aa  131  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  31.32 
 
 		 391 aa  130  5.0000000000000004e-29  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  30.14 
 
 		 377 aa  130  7.000000000000001e-29  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.99 
 
 		 397 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  31.83 
 
 		 373 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  29.49 
 
 		 480 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  28.13 
 
 		 501 aa  128  2.0000000000000002e-28  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1573  Radical SAM domain protein  30.85 
 
 		 372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  27.84 
 
 		 384 aa  128  2.0000000000000002e-28  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  29.73 
 
 		 359 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0609  radical SAM domain-containing protein  31.66 
 
 		 384 aa  128  2.0000000000000002e-28  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  31.38 
 
 		 363 aa  127  3e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  28.82 
 
 		 405 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  28.49 
 
 		 330 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  28.99 
 
 		 377 aa  127  4.0000000000000003e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  29.74 
 
 		 418 aa  126  6e-28  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  29.48 
 
 		 330 aa  125  1e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1728  hypothetical protein  30.83 
 
 		 491 aa  125  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0912  Radical SAM domain protein  27.71 
 
 		 368 aa  125  2e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.492815  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  29.09 
 
 		 375 aa  124  4e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  28.74 
 
 		 334 aa  123  8e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  30.41 
 
 		 347 aa  121  3e-26  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  34.88 
 
 		 413 aa  120  3.9999999999999996e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  30.51 
 
 		 769 aa  120  3.9999999999999996e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  30.58 
 
 		 415 aa  120  4.9999999999999996e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0298  radical SAM domain-containing protein  31.69 
 
 		 491 aa  120  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  28.1 
 
 		 381 aa  119  9e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 		 399 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0047  Radical SAM domain protein  31.45 
 
 		 386 aa  119  9.999999999999999e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.834961  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1910  putative coenzyme PQQ synthesis protein  28.18 
 
 		 377 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.302049 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0101  radical SAM domain-containing protein  28.25 
 
 		 323 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1862  radical SAM domain-containing protein  31.4 
 
 		 491 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.27199  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  29.66 
 
 		 409 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1743  heme biosynthesis protein  31.4 
 
 		 491 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2134  radical SAM domain-containing protein  31.4 
 
 		 491 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1157  radical SAM domain-containing protein  31.4 
 
 		 491 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.43485  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0870  radical SAM domain-containing protein  31.4 
 
 		 491 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0390  radical SAM domain-containing protein  31.4 
 
 		 491 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  29.39 
 
 		 366 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1737  coenzyme PQQ synthesis protein  28.18 
 
 		 378 aa  117  6e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1875  coenzyme PQQ synthesis protein  28.18 
 
 		 377 aa  117  6e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1713  coenzyme PQQ synthesis protein  28.18 
 
 		 377 aa  116  8.999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00161975  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2181  radical SAM domain-containing protein  30.23 
 
 		 491 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.161056  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0102  radical SAM domain-containing protein  28.04 
 
 		 323 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  29.27 
 
 		 358 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  30.99 
 
 		 382 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5552  radical SAM domain-containing protein  30.25 
 
 		 482 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.789613 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  29.84 
 
 		 422 aa  114  5e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1519  radical SAM domain-containing protein  28.19 
 
 		 422 aa  113  6e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.481264  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1687  coenzyme PQQ synthesis protein  28.23 
 
 		 342 aa  113  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  30.9 
 
 		 391 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>