More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1560 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1560  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 412 aa  823    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0307632  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2541  Radical SAM domain protein  55.47 
 
 		 498 aa  438  9.999999999999999e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2458  radical SAM domain-containing protein  50.73 
 
 		 536 aa  396  1e-109  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.661672 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0890  radical SAM domain-containing protein  51.23 
 
 		 537 aa  398  1e-109  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0787  Radical SAM domain protein  49.15 
 
 		 537 aa  387  1e-106  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0612604  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0956  Radical SAM domain protein  50.24 
 
 		 532 aa  379  1e-104  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000891035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1266  Radical SAM domain protein  49.02 
 
 		 571 aa  378  1e-104  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000753017 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1210  Radical SAM domain protein  49.03 
 
 		 529 aa  359  4e-98  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2641  Radical SAM domain protein  29.19 
 
 		 358 aa  134  3e-30  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.587199  normal  0.0478342 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18370  predicted Fe-S oxidoreductase  27.22 
 
 		 384 aa  117  3.9999999999999997e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1309  radical SAM family protein  30.15 
 
 		 357 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  26.25 
 
 		 399 aa  100  7e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  29.13 
 
 		 347 aa  99.4  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1710  Radical SAM domain protein  28.7 
 
 		 324 aa  83.2  0.000000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00399372  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  27.08 
 
 		 333 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  27.53 
 
 		 393 aa  82  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  27.25 
 
 		 398 aa  80.1  0.00000000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  24.59 
 
 		 394 aa  79.7  0.00000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  25.53 
 
 		 359 aa  79.7  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  27.1 
 
 		 335 aa  78.6  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3154  radical SAM family protein  28.57 
 
 		 367 aa  79  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5373  Radical SAM domain protein  31.83 
 
 		 327 aa  78.6  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  26.14 
 
 		 391 aa  77  0.0000000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4272  Radical SAM domain protein  25.15 
 
 		 337 aa  77  0.0000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3864  Radical SAM domain protein  27.72 
 
 		 319 aa  77  0.0000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0170641  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  26.42 
 
 		 395 aa  77  0.0000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  23.89 
 
 		 349 aa  76.6  0.0000000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  24.63 
 
 		 479 aa  76.3  0.0000000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0349  radical SAM domain-containing protein  24.4 
 
 		 427 aa  76.3  0.0000000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1674  Radical SAM domain protein  22.75 
 
 		 326 aa  75.1  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  24.32 
 
 		 373 aa  75.5  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1296  radical SAM domain-containing protein  27.3 
 
 		 395 aa  75.1  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595995 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1713  coenzyme PQQ synthesis protein  23.97 
 
 		 377 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00161975  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  24.25 
 
 		 415 aa  74.3  0.000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1737  coenzyme PQQ synthesis protein  23.97 
 
 		 378 aa  73.9  0.000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1875  coenzyme PQQ synthesis protein  23.97 
 
 		 377 aa  73.9  0.000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0937  radical SAM superfamily protein  23.68 
 
 		 365 aa  73.6  0.000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.6279  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  26.84 
 
 		 428 aa  73.9  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0913  Radical SAM domain protein  22.73 
 
 		 361 aa  73.6  0.000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.525618  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  25.84 
 
 		 377 aa  73.6  0.000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  25.5 
 
 		 372 aa  73.2  0.000000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  24.29 
 
 		 393 aa  72.8  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1687  coenzyme PQQ synthesis protein  23.82 
 
 		 342 aa  72  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  22.74 
 
 		 346 aa  72.4  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0685  radical SAM domain-containing protein  25.75 
 
 		 499 aa  72  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00827758 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  23.77 
 
 		 349 aa  71.2  0.00000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  28.88 
 
 		 399 aa  71.2  0.00000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.21 
 
 		 399 aa  71.2  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4537  Radical SAM domain protein  24.05 
 
 		 391 aa  71.2  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0101  radical SAM domain-containing protein  23.34 
 
 		 323 aa  71.2  0.00000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  27.19 
 
 		 429 aa  71.2  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1573  Radical SAM domain protein  24.65 
 
 		 372 aa  70.9  0.00000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0775  Radical SAM domain protein  27.99 
 
 		 405 aa  70.9  0.00000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  26.63 
 
 		 332 aa  70.5  0.00000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0102  radical SAM domain-containing protein  23.4 
 
 		 323 aa  70.5  0.00000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1047  radical SAM domain-containing protein  23.28 
 
 		 468 aa  70.5  0.00000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5060  radical SAM domain-containing protein  26.63 
 
 		 396 aa  70.1  0.00000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  24.28 
 
 		 561 aa  70.1  0.00000000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1695  radical SAM family protein  22.16 
 
 		 491 aa  69.7  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.192909  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  22.86 
 
 		 394 aa  69.7  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1910  putative coenzyme PQQ synthesis protein  24.86 
 
 		 377 aa  69.7  0.00000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.302049 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  22.88 
 
 		 394 aa  69.3  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  27.42 
 
 		 393 aa  69.3  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3125  Radical SAM domain protein  25.58 
 
 		 376 aa  68.9  0.0000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  24.49 
 
 		 358 aa  69.3  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2664  radical SAM family protein  25.65 
 
 		 383 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.293501 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0259  Radical SAM domain protein  24.76 
 
 		 1005 aa  68.6  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.285156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  26.32 
 
 		 356 aa  68.6  0.0000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  24.25 
 
 		 399 aa  67.8  0.0000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  24.86 
 
 		 501 aa  68.2  0.0000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  25.21 
 
 		 405 aa  67.8  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  25.16 
 
 		 381 aa  67.4  0.0000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  22.45 
 
 		 358 aa  67  0.0000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  22.83 
 
 		 496 aa  66.6  0.0000000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  22.74 
 
 		 358 aa  66.6  0.0000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 330 aa  65.9  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3206  radical SAM domain-containing protein  27.7 
 
 		 412 aa  66.2  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1148  Radical SAM domain protein  28.21 
 
 		 375 aa  65.9  0.000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  29.67 
 
 		 413 aa  66.2  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  22.99 
 
 		 366 aa  65.5  0.000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1706  radical SAM domain-containing protein  24.61 
 
 		 516 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971724  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  21.56 
 
 		 330 aa  65.1  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  24.01 
 
 		 414 aa  65.1  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  28.02 
 
 		 375 aa  65.5  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  23.12 
 
 		 333 aa  65.1  0.000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  27.81 
 
 		 325 aa  65.1  0.000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  25.36 
 
 		 347 aa  65.1  0.000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  21.93 
 
 		 357 aa  65.5  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  25.54 
 
 		 404 aa  65.1  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10707  coenzyme PQQ synthesis protein E pqqE  27.35 
 
 		 391 aa  64.7  0.000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  29.5 
 
 		 382 aa  64.7  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  22.92 
 
 		 332 aa  64.3  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16100  Radical SAM domain protein  23.28 
 
 		 462 aa  63.9  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3059  Radical SAM domain protein  25.29 
 
 		 418 aa  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.699008  normal  0.88782 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  23.38 
 
 		 390 aa  63.9  0.000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1725  radical SAM domain-containing protein  25.69 
 
 		 460 aa  63.9  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2362  Radical SAM domain protein  26.76 
 
 		 409 aa  63.5  0.000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000000979641  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  23.34 
 
 		 366 aa  63.5  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  25.16 
 
 		 565 aa  63.9  0.000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  24.57 
 
 		 359 aa  63.5  0.000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>