More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4537 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_4537  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 391 aa  815    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3158  radical SAM domain-containing protein  27.25 
 
 		 428 aa  112  1.0000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.271249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2252  radical SAM domain-containing protein  26.67 
 
 		 404 aa  111  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.785698 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2032  radical SAM domain-containing protein  24.93 
 
 		 411 aa  99.8  8e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.744875 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3366  radical SAM family protein  21.98 
 
 		 374 aa  86.7  6e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273275 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1133  Radical SAM domain protein  31.15 
 
 		 453 aa  79.3  0.0000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.318737 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0937  radical SAM superfamily protein  28.28 
 
 		 365 aa  79.3  0.0000000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.6279  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0912  Radical SAM domain protein  22.77 
 
 		 368 aa  76.6  0.0000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.492815  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  23.6 
 
 		 480 aa  73.2  0.000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3162  radical SAM domain-containing protein  24.02 
 
 		 351 aa  73.2  0.000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.313662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0259  Radical SAM domain protein  28.65 
 
 		 1005 aa  72.8  0.000000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.285156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0341  Radical SAM domain protein  30.05 
 
 		 358 aa  72  0.00000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860608  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1560  radical SAM domain-containing protein  24.05 
 
 		 412 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0307632  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  28.23 
 
 		 380 aa  70.9  0.00000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2595  radical SAM family protein  33.8 
 
 		 332 aa  71.2  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.90136  normal  0.0805169 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6192  radical SAM domain-containing protein  32.45 
 
 		 332 aa  70.5  0.00000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0225613 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0228  Methyltransferase type 11  29.84 
 
 		 1002 aa  70.5  0.00000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5711  radical SAM domain-containing protein  33.81 
 
 		 335 aa  70.1  0.00000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.848752 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2089  putative methyltransferase  32.99 
 
 		 1014 aa  69.7  0.00000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0627261  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  27.93 
 
 		 479 aa  69.3  0.0000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2560  radical SAM family protein  28.88 
 
 		 369 aa  68.9  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0538253  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20630  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  27.42 
 
 		 377 aa  69.3  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0827  radical SAM family protein  34.06 
 
 		 334 aa  69.3  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.731351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  26.78 
 
 		 565 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2079  MoaA/NifB/PqqE family Fe-S oxidoreductase  34.72 
 
 		 336 aa  68.2  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2461  Radical SAM domain protein  23.46 
 
 		 380 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  24.19 
 
 		 384 aa  67.8  0.0000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  23.78 
 
 		 349 aa  67  0.0000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  27.4 
 
 		 415 aa  67  0.0000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0787  Radical SAM domain protein  22.58 
 
 		 537 aa  66.2  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0612604  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0862  radical SAM domain-containing protein  24.36 
 
 		 317 aa  66.2  0.000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000001092  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  21.28 
 
 		 373 aa  65.5  0.000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1786  radical SAM family protein  26.53 
 
 		 461 aa  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00175459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  28.23 
 
 		 380 aa  65.9  0.000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1725  radical SAM family protein  33.06 
 
 		 383 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0670141 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  30.05 
 
 		 496 aa  64.7  0.000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2458  radical SAM domain-containing protein  23.7 
 
 		 536 aa  65.1  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.661672 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1991  radical SAM domain-containing protein  26.61 
 
 		 381 aa  64.3  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0387606  normal  0.206645 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3391  radical SAM domain-containing protein  35.44 
 
 		 800 aa  64.7  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.228566 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2971  hypothetical protein  28.96 
 
 		 382 aa  64.7  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0553904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5060  radical SAM domain-containing protein  27.59 
 
 		 396 aa  64.7  0.000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1047  radical SAM domain-containing protein  28.08 
 
 		 468 aa  64.3  0.000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3571  radical SAM family protein  33.87 
 
 		 386 aa  63.5  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.22168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0095  radical SAM domain-containing protein  29.89 
 
 		 316 aa  63.9  0.000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0204398  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4256  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  35.2 
 
 		 386 aa  63.2  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.59824  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1985  Methyltransferase type 11  28.06 
 
 		 1000 aa  62.8  0.000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  22.44 
 
 		 429 aa  62.8  0.000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0815  MoaA/NifB/PqqE family protein  26.98 
 
 		 371 aa  62.8  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0220  radical SAM family protein  27.42 
 
 		 340 aa  62.8  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.4632 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1519  radical SAM domain-containing protein  28.12 
 
 		 422 aa  62.4  0.00000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.481264  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3569  radical SAM domain-containing protein  30.1 
 
 		 365 aa  62  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2823  radical SAM family protein  29.58 
 
 		 332 aa  61.6  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0411588 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2541  Radical SAM domain protein  29.71 
 
 		 498 aa  61.6  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0102  radical SAM domain-containing protein  28.35 
 
 		 482 aa  62  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0967  radical SAM domain-containing protein  27.06 
 
 		 355 aa  61.6  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.182528  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6508  Radical SAM domain protein  24.44 
 
 		 366 aa  61.2  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.969716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2197  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 		 368 aa  61.2  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0685  radical SAM domain-containing protein  28.21 
 
 		 332 aa  60.8  0.00000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.460157  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4492  Radical SAM domain protein  24.64 
 
 		 460 aa  60.8  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.153991  normal  0.0565392 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2543  radical SAM family protein  26.78 
 
 		 379 aa  60.8  0.00000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0515  radical SAM domain-containing protein  30.67 
 
 		 400 aa  60.8  0.00000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0000107878  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0433  radical SAM domain-containing protein  28.43 
 
 		 365 aa  60.8  0.00000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.293902  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1699  radical SAM domain-containing protein  29.58 
 
 		 334 aa  60.8  0.00000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.440195  hitchhiker  0.000169379 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  29.41 
 
 		 387 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0919  radical SAM domain-containing protein  25.85 
 
 		 338 aa  60.1  0.00000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2395  Radical SAM domain protein  22.35 
 
 		 394 aa  60.1  0.00000007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1296  radical SAM domain-containing protein  26.47 
 
 		 395 aa  60.1  0.00000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595995 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0103  radical SAM domain-containing protein  27.32 
 
 		 482 aa  60.1  0.00000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0890  radical SAM domain-containing protein  22.54 
 
 		 537 aa  59.7  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2185  Radical SAM domain protein  24.21 
 
 		 465 aa  59.7  0.00000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000136766  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2680  radical SAM family protein  27.87 
 
 		 389 aa  59.7  0.00000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3778  Radical SAM domain protein  28.33 
 
 		 429 aa  59.7  0.00000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.347874  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4243  Radical SAM domain protein  28.72 
 
 		 360 aa  59.3  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  28.43 
 
 		 404 aa  58.9  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2847  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  26.6 
 
 		 338 aa  59.3  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1015  radical SAM family Fe-S protein  27.57 
 
 		 366 aa  59.3  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0391907  normal  0.466336 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6662  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  33.33 
 
 		 334 aa  59.3  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.549457  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3249  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  26.6 
 
 		 338 aa  59.3  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.792504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1665  Radical SAM domain protein  26.43 
 
 		 438 aa  59.7  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2267  Fe-S oxidoreductase  32.26 
 
 		 389 aa  58.5  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.249542 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10707  coenzyme PQQ synthesis protein E pqqE  28.11 
 
 		 391 aa  58.9  0.0000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1913  Radical SAM domain protein  28.5 
 
 		 364 aa  58.5  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1375  Fe-S oxidoreductase-like  20.8 
 
 		 377 aa  58.5  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.771753  normal  0.531566 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1018  radical SAM domain-containing protein  27.57 
 
 		 401 aa  58.5  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0572613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1728  radical SAM family protein  33.58 
 
 		 388 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.791785  normal  0.0366359 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1688  radical SAM family protein  34.18 
 
 		 326 aa  58.5  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.52361  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1001  radical SAM family protein  27.57 
 
 		 401 aa  58.5  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0913  Radical SAM domain protein  21.26 
 
 		 361 aa  58.2  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.525618  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1914  Radical SAM domain protein  29.17 
 
 		 376 aa  58.9  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1028  radical SAM domain-containing protein  27.57 
 
 		 401 aa  58.5  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0101  radical SAM domain-containing protein  25.67 
 
 		 323 aa  58.5  0.0000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0122  Radical SAM domain protein  27.81 
 
 		 344 aa  57.8  0.0000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0060  radical SAM family protein  29.58 
 
 		 387 aa  57.8  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0850532  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3326  radical SAM domain-containing protein  26.32 
 
 		 396 aa  57.8  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.579785 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3252  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  25.13 
 
 		 386 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.309315 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  28.33 
 
 		 391 aa  57.8  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0233  radical SAM domain-containing protein  24.62 
 
 		 380 aa  57.8  0.0000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.576221 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1192  radical SAM domain-containing protein  27.38 
 
 		 332 aa  57.8  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1695  radical SAM family protein  26.64 
 
 		 491 aa  57.8  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.192909  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4899  radical SAM family protein  26.2 
 
 		 386 aa  57.8  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.152748  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>