More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3366 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3366  radical SAM family protein  100 
 
 
374 aa  775    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0273275 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1375  Fe-S oxidoreductase-like  31.5 
 
 
377 aa  100  5e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.771753  normal  0.531566 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  27.87 
 
 
428 aa  95.9  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2252  radical SAM domain-containing protein  24.51 
 
 
404 aa  91.3  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.785698 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3158  radical SAM domain-containing protein  26.01 
 
 
428 aa  90.9  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.271249  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2032  radical SAM domain-containing protein  27.15 
 
 
411 aa  88.2  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.744875 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4537  Radical SAM domain protein  21.98 
 
 
391 aa  86.7  6e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 
429 aa  86.7  6e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3154  radical SAM family protein  34.76 
 
 
367 aa  83.6  0.000000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0101  radical SAM domain-containing protein  23.65 
 
 
323 aa  82  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1706  radical SAM domain-containing protein  27.88 
 
 
516 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971724  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1394  radical SAM domain-containing protein  31.55 
 
 
451 aa  76.6  0.0000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  25.64 
 
 
480 aa  76.6  0.0000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1002  Radical SAM domain protein  25.77 
 
 
365 aa  76.6  0.0000000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.808631  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  32.02 
 
 
390 aa  76.3  0.0000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  25.28 
 
 
406 aa  76.3  0.0000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3162  radical SAM domain-containing protein  25.63 
 
 
351 aa  75.5  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.313662  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2515  radical SAM domain-containing protein  31.98 
 
 
471 aa  75.5  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3569  radical SAM domain-containing protein  28.1 
 
 
365 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  33.16 
 
 
561 aa  75.1  0.000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  25.42 
 
 
406 aa  75.1  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0240  Radical SAM domain protein  24.65 
 
 
340 aa  73.9  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.548206  normal  0.016979 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  24.6 
 
 
325 aa  73.6  0.000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0862  radical SAM domain-containing protein  25.51 
 
 
317 aa  73.2  0.000000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000001092  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  29.89 
 
 
496 aa  73.2  0.000000000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  31.49 
 
 
405 aa  73.2  0.000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0102  radical SAM domain-containing protein  22.19 
 
 
323 aa  73.2  0.000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2494  radical SAM domain-containing protein  24.93 
 
 
407 aa  73.2  0.000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.654271 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1570  radical SAM domain-containing protein  27.72 
 
 
474 aa  72.8  0.000000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  22.96 
 
 
378 aa  72.4  0.00000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  33.52 
 
 
399 aa  72.4  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.69 
 
 
397 aa  72.4  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0901  radical SAM superfamily protein  21.94 
 
 
358 aa  72.8  0.00000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1114  radical SAM domain-containing protein  21.94 
 
 
322 aa  72.8  0.00000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  23.12 
 
 
349 aa  72.4  0.00000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3263  radical SAM family Fe-S oxidoreductase  21.85 
 
 
339 aa  72.4  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.620706  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2461  Radical SAM domain protein  22.25 
 
 
380 aa  72.4  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  23.85 
 
 
404 aa  71.2  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  23.27 
 
 
346 aa  71.2  0.00000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5060  radical SAM domain-containing protein  30.69 
 
 
396 aa  70.9  0.00000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  32.22 
 
 
422 aa  70.9  0.00000000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2372  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  33.33 
 
 
341 aa  70.5  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.760376  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3778  Radical SAM domain protein  31.55 
 
 
429 aa  70.9  0.00000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.347874  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0609  radical SAM domain-containing protein  28.64 
 
 
384 aa  70.5  0.00000000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0505  radical SAM domain-containing protein  24.38 
 
 
367 aa  70.1  0.00000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0341  Radical SAM domain protein  25.14 
 
 
358 aa  69.7  0.00000000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860608  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1814  radical SAM domain-containing protein  25.38 
 
 
369 aa  70.1  0.00000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0763  radical SAM family protein  31.52 
 
 
354 aa  68.9  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.959991  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  27.85 
 
 
399 aa  68.9  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4272  Radical SAM domain protein  28.49 
 
 
337 aa  68.9  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  31.41 
 
 
363 aa  68.6  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  27.27 
 
 
332 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  28.27 
 
 
366 aa  68.6  0.0000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0838  radical SAM domain-containing protein  28.06 
 
 
465 aa  68.2  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0155744  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  27.2 
 
 
393 aa  67.4  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0952  Radical SAM domain protein  28.07 
 
 
437 aa  67.8  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00605498  hitchhiker  0.00000184095 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0857  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.24 
 
 
378 aa  67.4  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1873  Radical SAM domain protein  30.21 
 
 
450 aa  67.4  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  31.82 
 
 
397 aa  67  0.0000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  26.56 
 
 
389 aa  66.2  0.0000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  29.67 
 
 
391 aa  66.2  0.0000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0205  Radical SAM domain protein  21.15 
 
 
340 aa  66.2  0.0000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0667932  normal  0.157312 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  26.37 
 
 
387 aa  65.9  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1837  Radical SAM domain protein  23.77 
 
 
518 aa  65.9  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.654863  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0794  radical SAM domain-containing protein  22.86 
 
 
446 aa  65.9  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2102  Radical SAM domain protein  26.7 
 
 
548 aa  66.2  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0967  radical SAM domain-containing protein  22.08 
 
 
355 aa  65.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.182528  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0173  cofactor modifying protein (cmo)  32.24 
 
 
301 aa  66.2  0.000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4900  radical SAM domain-containing protein  23.14 
 
 
351 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594108  decreased coverage  0.000796621 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  29.32 
 
 
407 aa  65.1  0.000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1235  radical SAM domain-containing protein  30.43 
 
 
434 aa  65.5  0.000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.9409  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  23.31 
 
 
404 aa  65.1  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0349  radical SAM domain-containing protein  22.81 
 
 
427 aa  64.3  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  26.59 
 
 
358 aa  64.3  0.000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  31.22 
 
 
413 aa  64.7  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2198  radical SAM domain-containing protein  24.04 
 
 
373 aa  64.3  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0314345  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  30.94 
 
 
393 aa  64.3  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3206  radical SAM domain-containing protein  30.37 
 
 
412 aa  63.9  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  32.2 
 
 
382 aa  64.3  0.000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0342  radical SAM domain-containing protein  28.21 
 
 
335 aa  63.5  0.000000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0151075 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2761  radical SAM domain-containing protein  26.79 
 
 
348 aa  63.9  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0874334  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1486  radical SAM family protein  29.78 
 
 
292 aa  63.9  0.000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0853  radical SAM domain-containing protein  24.26 
 
 
332 aa  63.9  0.000000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.796243 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0597  putative molybdenum cofactor biosynthesis protein A  23.69 
 
 
348 aa  63.5  0.000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0775  Radical SAM domain protein  30.48 
 
 
405 aa  63.5  0.000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6508  Radical SAM domain protein  24.79 
 
 
366 aa  63.5  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.969716  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  29.47 
 
 
380 aa  63.2  0.000000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  30.41 
 
 
418 aa  63.2  0.000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4936  Radical SAM domain protein  30.69 
 
 
410 aa  63.2  0.000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1296  radical SAM domain-containing protein  30.16 
 
 
395 aa  63.2  0.000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0595995 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1133  Radical SAM domain protein  25.35 
 
 
453 aa  62.8  0.000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.318737 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  29.95 
 
 
769 aa  62.4  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1914  Radical SAM domain protein  27.67 
 
 
376 aa  62  0.00000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1604  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  24.11 
 
 
328 aa  62.8  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0906  radical SAM family protein  27.92 
 
 
450 aa  62.4  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000066146  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.83 
 
 
394 aa  62  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1148  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  28.8 
 
 
298 aa  62.4  0.00000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2197  radical SAM domain-containing protein  29.19 
 
 
368 aa  62.8  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3326  radical SAM domain-containing protein  30.16 
 
 
396 aa  62.4  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.579785 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  25.79 
 
 
384 aa  62.4  0.00000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>