More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1688 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1688  radical SAM family protein  100 
 
 		 326 aa  668    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.52361  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1690  radical SAM family protein  33.67 
 
 		 330 aa  207  2e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000452598  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1970  Radical SAM domain protein  31.49 
 
 		 346 aa  179  4.999999999999999e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  27.67 
 
 		 380 aa  124  2e-27  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  31 
 
 		 390 aa  124  3e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  27.56 
 
 		 479 aa  122  9e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  27.5 
 
 		 496 aa  122  9.999999999999999e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  27.63 
 
 		 480 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  25.8 
 
 		 501 aa  118  1.9999999999999998e-25  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  35.19 
 
 		 395 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  29.25 
 
 		 380 aa  117  3e-25  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  29.51 
 
 		 384 aa  115  1.0000000000000001e-24  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  27.8 
 
 		 377 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  28.11 
 
 		 373 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  29.62 
 
 		 366 aa  113  4.0000000000000004e-24  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  37.82 
 
 		 396 aa  112  6e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  30.3 
 
 		 399 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  28.81 
 
 		 390 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  28.23 
 
 		 389 aa  110  3e-23  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  26.09 
 
 		 346 aa  109  7.000000000000001e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  29.58 
 
 		 407 aa  109  7.000000000000001e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  33.7 
 
 		 393 aa  109  8.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  26.99 
 
 		 349 aa  108  1e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  24.82 
 
 		 389 aa  107  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  30.89 
 
 		 394 aa  107  2e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  34.78 
 
 		 393 aa  107  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  30.89 
 
 		 378 aa  107  3e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  27.76 
 
 		 415 aa  107  3e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  25.89 
 
 		 429 aa  107  3e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  25.08 
 
 		 349 aa  107  4e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  30.54 
 
 		 382 aa  106  4e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  28.32 
 
 		 333 aa  106  5e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.4 
 
 		 399 aa  106  6e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  33.98 
 
 		 394 aa  105  8e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  29.87 
 
 		 391 aa  105  9e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  32.79 
 
 		 397 aa  105  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  36.09 
 
 		 394 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  33.7 
 
 		 394 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  26.52 
 
 		 428 aa  105  1e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  26.11 
 
 		 418 aa  105  1e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  26.33 
 
 		 359 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  29.73 
 
 		 413 aa  104  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  32.98 
 
 		 393 aa  104  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  26.87 
 
 		 399 aa  103  5e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  26.62 
 
 		 333 aa  103  5e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  28.04 
 
 		 397 aa  102  1e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  25.71 
 
 		 330 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  26.47 
 
 		 402 aa  100  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  26.24 
 
 		 342 aa  100  3e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  27.4 
 
 		 325 aa  100  3e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  35.4 
 
 		 355 aa  100  5e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  24.57 
 
 		 332 aa  99.4  7e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  34.55 
 
 		 422 aa  99.4  7e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1665  Radical SAM domain protein  31.47 
 
 		 438 aa  99  9e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  30.43 
 
 		 393 aa  98.6  1e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  31.64 
 
 		 418 aa  99  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  25.61 
 
 		 381 aa  98.6  1e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  31.9 
 
 		 399 aa  97.8  2e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1913  Radical SAM domain protein  32.69 
 
 		 364 aa  97.8  2e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  34.97 
 
 		 398 aa  98.2  2e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2319  radical SAM domain-containing protein  25.74 
 
 		 360 aa  97.8  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.111929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  24.24 
 
 		 377 aa  98.2  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2430  radical SAM domain-containing protein  26.57 
 
 		 347 aa  97.1  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.943222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  25.7 
 
 		 330 aa  97.4  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  27.56 
 
 		 405 aa  97.1  4e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3415  Radical SAM domain protein  26.86 
 
 		 423 aa  96.7  4e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2688  Radical SAM domain protein  26.86 
 
 		 423 aa  97.1  4e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  28.64 
 
 		 334 aa  96.3  6e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.26 
 
 		 379 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0505  radical SAM domain-containing protein  22.81 
 
 		 367 aa  95.1  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  26.44 
 
 		 379 aa  94.7  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.79 
 
 		 381 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2198  radical SAM domain-containing protein  35.88 
 
 		 373 aa  94.4  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0314345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  30.72 
 
 		 406 aa  94  3e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  23.08 
 
 		 375 aa  94.4  3e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  30.72 
 
 		 406 aa  94  3e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  35.03 
 
 		 409 aa  93.6  4e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0794  radical SAM domain-containing protein  23.83 
 
 		 446 aa  94  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1091  MoaA/NifB/PqqE family protein  26.94 
 
 		 379 aa  93.2  5e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  27.05 
 
 		 335 aa  92.8  6e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  30.85 
 
 		 391 aa  92.8  6e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0857  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.07 
 
 		 378 aa  92.8  7e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  22.82 
 
 		 356 aa  91.7  2e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3305  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.53 
 
 		 370 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.829454  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  26.69 
 
 		 373 aa  91.7  2e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0401  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.83 
 
 		 376 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  26.48 
 
 		 358 aa  90.5  3e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  26.07 
 
 		 414 aa  90.9  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  25.61 
 
 		 333 aa  90.5  3e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4674  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.04 
 
 		 389 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0405  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.48 
 
 		 386 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0376  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.83 
 
 		 376 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1914  Radical SAM domain protein  32.46 
 
 		 376 aa  90.1  5e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1687  coenzyme PQQ synthesis protein  23.34 
 
 		 342 aa  89.4  7e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.26 
 
 		 380 aa  89.4  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  22.45 
 
 		 347 aa  89.4  8e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  25.25 
 
 		 561 aa  89.4  8e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  24.23 
 
 		 347 aa  89.4  8e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0426  Radical SAM domain protein  26.5 
 
 		 420 aa  89.4  8e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41640  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.26 
 
 		 383 aa  89.4  9e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.177576  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>