More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2595 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2595  radical SAM family protein  100 
 
 		 332 aa  692    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.90136  normal  0.0805169 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6192  radical SAM domain-containing protein  91.57 
 
 		 332 aa  622  1e-177  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0225613 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1699  radical SAM domain-containing protein  77.41 
 
 		 334 aa  539  9.999999999999999e-153  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.440195  hitchhiker  0.000169379 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6662  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  71.69 
 
 		 334 aa  528  1e-149  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.549457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0827  radical SAM family protein  68.07 
 
 		 334 aa  498  1e-140  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.731351  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23060  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  71.69 
 
 		 334 aa  500  1e-140  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.1711 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5711  radical SAM domain-containing protein  67.17 
 
 		 335 aa  493  9.999999999999999e-139  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.848752 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2847  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  55.8 
 
 		 338 aa  400  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0220  radical SAM family protein  56.44 
 
 		 340 aa  398  9.999999999999999e-111  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.4632 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3249  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  55.8 
 
 		 338 aa  400  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.792504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3457  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  57.72 
 
 		 339 aa  397  1e-109  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.483459 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1219  radical SAM family protein  58.93 
 
 		 338 aa  394  1e-108  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3361  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  54.01 
 
 		 402 aa  394  1e-108  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.941975  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2971  hypothetical protein  55.11 
 
 		 382 aa  390  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0553904  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0826  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  54.86 
 
 		 337 aa  388  1e-107  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.256838 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2680  radical SAM family protein  53.17 
 
 		 389 aa  385  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4719  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  52.55 
 
 		 386 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5307  radical SAM family protein  52.55 
 
 		 386 aa  384  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.201529  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5553  radical SAM domain-containing protein  52.55 
 
 		 386 aa  384  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.702436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2267  Fe-S oxidoreductase  53.17 
 
 		 389 aa  383  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.249542 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2560  radical SAM family protein  52.52 
 
 		 369 aa  383  1e-105  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0538253  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0017  MoaA/NifB/PqqE family protein  51.63 
 
 		 384 aa  383  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3571  radical SAM family protein  53.87 
 
 		 386 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.22168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3252  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  52.25 
 
 		 386 aa  382  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.309315 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1963  radical SAM domain-containing protein  51.81 
 
 		 386 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7035  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  51.04 
 
 		 384 aa  378  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000165617 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5424  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  51.35 
 
 		 386 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2243  radical SAM domain-containing protein  51.81 
 
 		 386 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1268  radical SAM domain-containing protein  51.81 
 
 		 386 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1725  radical SAM family protein  52.08 
 
 		 383 aa  381  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0670141 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0981  radical SAM domain-containing protein  51.81 
 
 		 386 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.820842  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1015  radical SAM family Fe-S protein  53.85 
 
 		 366 aa  379  1e-104  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0391907  normal  0.466336 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4877  radical SAM domain-containing protein  51.35 
 
 		 386 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.481897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3055  radical SAM domain-containing protein  51.81 
 
 		 386 aa  380  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.615551  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2930  radical SAM domain-containing protein  51.81 
 
 		 386 aa  380  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4131  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  51.36 
 
 		 381 aa  375  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4899  radical SAM family protein  51.19 
 
 		 386 aa  377  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.152748  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0060  radical SAM family protein  50 
 
 		 387 aa  377  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0850532  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1831  radical SAM domain-containing protein  51.84 
 
 		 383 aa  372  1e-102  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0105  radical SAM oxidoreductase  50.75 
 
 		 386 aa  374  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4256  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  54.18 
 
 		 386 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.59824  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2079  MoaA/NifB/PqqE family Fe-S oxidoreductase  49.55 
 
 		 336 aa  370  1e-101  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4083  radical SAM domain-containing protein  52.85 
 
 		 336 aa  369  1e-101  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.179922 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1728  radical SAM family protein  53.87 
 
 		 388 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.791785  normal  0.0366359 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20630  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  51.2 
 
 		 377 aa  371  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0815  MoaA/NifB/PqqE family protein  50 
 
 		 371 aa  363  2e-99  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4168  putative hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein  50.77 
 
 		 388 aa  363  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.159717  normal  0.0664961 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1287  radical SAM domain-containing protein  51.74 
 
 		 371 aa  361  1e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2244  radical SAM domain-containing protein  51.74 
 
 		 371 aa  361  1e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6342  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  50.62 
 
 		 384 aa  359  3e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00364932 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1745  oxidoreductase  50.77 
 
 		 372 aa  358  6e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1288  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  52.05 
 
 		 392 aa  356  1.9999999999999998e-97  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7158  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  50.31 
 
 		 384 aa  355  5.999999999999999e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0969  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  49.69 
 
 		 387 aa  355  6.999999999999999e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3658  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  48.77 
 
 		 387 aa  351  1e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.100669 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3460  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  48.46 
 
 		 387 aa  349  4e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.258623  normal  0.56 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3768  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  48.46 
 
 		 387 aa  349  4e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2115  radical SAM domain protein  47.31 
 
 		 367 aa  347  2e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1774  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  47.31 
 
 		 367 aa  347  2e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3158  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  49.06 
 
 		 382 aa  345  4e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3245  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  45.78 
 
 		 382 aa  340  1e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.207112 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0685  radical SAM domain-containing protein  41.09 
 
 		 332 aa  294  2e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.460157  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1192  radical SAM domain-containing protein  40.49 
 
 		 332 aa  292  7e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2823  radical SAM family protein  40.48 
 
 		 332 aa  290  2e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0411588 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3363  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  41.41 
 
 		 332 aa  289  4e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1017  radical SAM domain-containing protein  40.18 
 
 		 332 aa  289  4e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2446  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  44.27 
 
 		 336 aa  288  6e-77  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0882  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  41.1 
 
 		 332 aa  284  1.0000000000000001e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000626988 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2236  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  40.56 
 
 		 333 aa  282  5.000000000000001e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0865  radical SAM domain-containing protein  40.31 
 
 		 331 aa  267  2e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3273  radical SAM domain-containing protein  54.62 
 
 		 157 aa  151  1e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.347908  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0919  radical SAM domain-containing protein  26.6 
 
 		 338 aa  80.1  0.00000000000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2430  radical SAM domain-containing protein  27.78 
 
 		 347 aa  79  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.943222  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0122  Radical SAM domain protein  25.32 
 
 		 344 aa  73.6  0.000000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  31.17 
 
 		 404 aa  73.2  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  30.46 
 
 		 410 aa  72.8  0.000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  29.59 
 
 		 387 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4537  Radical SAM domain protein  33.8 
 
 		 391 aa  70.9  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  28.99 
 
 		 387 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  28.65 
 
 		 394 aa  66.6  0.0000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3864  Radical SAM domain protein  27.11 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0170641  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2185  Radical SAM domain protein  30.12 
 
 		 465 aa  64.7  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000136766  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1725  radical SAM domain-containing protein  24.43 
 
 		 460 aa  64.3  0.000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  29.49 
 
 		 407 aa  63.9  0.000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  28.26 
 
 		 379 aa  63.2  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  26.67 
 
 		 565 aa  63.2  0.000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  27.81 
 
 		 399 aa  62.8  0.000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  29.87 
 
 		 393 aa  62  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  27.57 
 
 		 394 aa  62.4  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0323  Radical SAM domain protein  25.81 
 
 		 265 aa  62.4  0.00000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  31.65 
 
 		 355 aa  61.6  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0913  Radical SAM domain protein  29.95 
 
 		 361 aa  61.2  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.525618  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1760  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25.21 
 
 		 323 aa  61.2  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.7115  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  29.41 
 
 		 393 aa  61.2  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  30.2 
 
 		 349 aa  61.2  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  25.26 
 
 		 399 aa  60.8  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  28.99 
 
 		 402 aa  61.2  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  27.49 
 
 		 375 aa  60.8  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  29.71 
 
 		 418 aa  60.5  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  27.74 
 
 		 330 aa  60.5  0.00000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>