More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0060 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0060  radical SAM family protein  100 
 
 		 387 aa  805    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0850532  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3252  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  64.34 
 
 		 386 aa  541  1e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.309315 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2243  radical SAM domain-containing protein  63.82 
 
 		 386 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1963  radical SAM domain-containing protein  63.82 
 
 		 386 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2930  radical SAM domain-containing protein  63.82 
 
 		 386 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3055  radical SAM domain-containing protein  63.82 
 
 		 386 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.615551  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1268  radical SAM domain-containing protein  63.82 
 
 		 386 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0981  radical SAM domain-containing protein  63.82 
 
 		 386 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.820842  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5424  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  63.05 
 
 		 386 aa  535  1e-151  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5307  radical SAM family protein  63.05 
 
 		 386 aa  536  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.201529  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4877  radical SAM domain-containing protein  63.05 
 
 		 386 aa  537  1e-151  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.481897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5553  radical SAM domain-containing protein  63.05 
 
 		 386 aa  536  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.702436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4131  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  64.74 
 
 		 381 aa  532  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4719  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  62.79 
 
 		 386 aa  534  1e-150  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0017  MoaA/NifB/PqqE family protein  63.38 
 
 		 384 aa  531  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4168  putative hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein  62.79 
 
 		 388 aa  530  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.159717  normal  0.0664961 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4899  radical SAM family protein  63.25 
 
 		 386 aa  527  1e-148  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.152748  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0105  radical SAM oxidoreductase  64.67 
 
 		 386 aa  526  1e-148  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2971  hypothetical protein  63.05 
 
 		 382 aa  522  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0553904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7035  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  62.5 
 
 		 384 aa  523  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000165617 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2267  Fe-S oxidoreductase  64.03 
 
 		 389 aa  518  1e-146  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.249542 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1287  radical SAM domain-containing protein  63.98 
 
 		 371 aa  514  1e-144  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1745  oxidoreductase  67.63 
 
 		 372 aa  514  1e-144  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1725  radical SAM family protein  61.04 
 
 		 383 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0670141 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2244  radical SAM domain-containing protein  62.9 
 
 		 371 aa  510  1e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3571  radical SAM family protein  60.72 
 
 		 386 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.22168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2680  radical SAM family protein  63.29 
 
 		 389 aa  511  1e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1831  radical SAM domain-containing protein  63.24 
 
 		 383 aa  508  1e-143  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3245  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  60.47 
 
 		 382 aa  503  1e-141  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.207112 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4256  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  60.98 
 
 		 386 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.59824  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1774  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  64.94 
 
 		 367 aa  488  1e-137  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2560  radical SAM family protein  64.64 
 
 		 369 aa  490  1e-137  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0538253  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2115  radical SAM domain protein  64.94 
 
 		 367 aa  488  1e-137  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3158  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  60.87 
 
 		 382 aa  486  1e-136  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6342  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  60.1 
 
 		 384 aa  483  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00364932 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1728  radical SAM family protein  62.13 
 
 		 388 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.791785  normal  0.0366359 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7158  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  59.84 
 
 		 384 aa  483  1e-135  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0969  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  59.27 
 
 		 387 aa  480  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3768  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  58.72 
 
 		 387 aa  478  1e-134  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3658  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  58.46 
 
 		 387 aa  479  1e-134  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.100669 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3460  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  58.72 
 
 		 387 aa  478  1e-134  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.258623  normal  0.56 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0815  MoaA/NifB/PqqE family protein  65.22 
 
 		 371 aa  478  1e-133  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1288  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  60.27 
 
 		 392 aa  476  1e-133  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20630  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  58.62 
 
 		 377 aa  449  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2079  MoaA/NifB/PqqE family Fe-S oxidoreductase  57.49 
 
 		 336 aa  423  1e-117  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3249  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  57.41 
 
 		 338 aa  410  1e-113  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.792504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2847  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  57.41 
 
 		 338 aa  410  1e-113  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3361  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  58.75 
 
 		 402 aa  407  1.0000000000000001e-112  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.941975  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3457  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  58.02 
 
 		 339 aa  394  1e-108  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.483459 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0826  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  56.21 
 
 		 337 aa  390  1e-107  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.256838 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0220  radical SAM family protein  54.55 
 
 		 340 aa  385  1e-106  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.4632 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1015  radical SAM family Fe-S protein  54.37 
 
 		 366 aa  383  1e-105  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0391907  normal  0.466336 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1219  radical SAM family protein  56.48 
 
 		 338 aa  381  1e-104  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4083  radical SAM domain-containing protein  56.21 
 
 		 336 aa  375  1e-103  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.179922 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1699  radical SAM domain-containing protein  52.69 
 
 		 334 aa  377  1e-103  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.440195  hitchhiker  0.000169379 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6192  radical SAM domain-containing protein  50 
 
 		 332 aa  366  1e-100  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0225613 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2595  radical SAM family protein  50 
 
 		 332 aa  365  1e-100  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.90136  normal  0.0805169 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6662  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  49.11 
 
 		 334 aa  362  5.0000000000000005e-99  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.549457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0827  radical SAM family protein  48.37 
 
 		 334 aa  361  1e-98  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.731351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5711  radical SAM domain-containing protein  47.9 
 
 		 335 aa  347  2e-94  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.848752 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23060  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  49.7 
 
 		 334 aa  346  3e-94  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.1711 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2446  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  48.2 
 
 		 336 aa  309  5.9999999999999995e-83  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1192  radical SAM domain-containing protein  45.77 
 
 		 332 aa  305  8.000000000000001e-82  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1017  radical SAM domain-containing protein  45.77 
 
 		 332 aa  303  4.0000000000000003e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2823  radical SAM family protein  44.2 
 
 		 332 aa  298  2e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0411588 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0685  radical SAM domain-containing protein  44.2 
 
 		 332 aa  296  5e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.460157  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0882  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  44.51 
 
 		 332 aa  296  6e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000626988 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3363  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  44.2 
 
 		 332 aa  293  5e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0865  radical SAM domain-containing protein  40.43 
 
 		 331 aa  290  3e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2236  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  42.3 
 
 		 333 aa  289  5.0000000000000004e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3273  radical SAM domain-containing protein  53.08 
 
 		 157 aa  145  1e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.347908  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0122  Radical SAM domain protein  28.52 
 
 		 344 aa  94.4  3e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0919  radical SAM domain-containing protein  27.92 
 
 		 338 aa  86.3  9e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  33.33 
 
 		 387 aa  76.3  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  33.33 
 
 		 387 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1760  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25.81 
 
 		 323 aa  72.4  0.00000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.7115  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  25.66 
 
 		 379 aa  72  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.89 
 
 		 399 aa  71.6  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2045  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25.35 
 
 		 323 aa  71.6  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.990495  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  30.23 
 
 		 418 aa  70.1  0.00000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  30.56 
 
 		 410 aa  69.7  0.00000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1293  radical SAM domain-containing protein  30.94 
 
 		 446 aa  68.9  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000719157  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3778  Radical SAM domain protein  34.93 
 
 		 429 aa  65.1  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.347874  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  26.16 
 
 		 402 aa  64.7  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  31.91 
 
 		 394 aa  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  27.92 
 
 		 404 aa  63.5  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13126  molybdenum cofactor biosynthesis protein A moaA1  30.59 
 
 		 359 aa  63.5  0.000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0851136 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3864  Radical SAM domain protein  29.68 
 
 		 319 aa  62.8  0.00000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0170641  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1786  radical SAM family protein  28.99 
 
 		 461 aa  62  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00175459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  30.86 
 
 		 366 aa  61.6  0.00000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  34.03 
 
 		 377 aa  62  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  30.88 
 
 		 359 aa  61.2  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0672  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.67 
 
 		 332 aa  60.8  0.00000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1322  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  26.82 
 
 		 317 aa  60.8  0.00000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.331504  normal  0.241678 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  30.28 
 
 		 393 aa  60.1  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0892  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  30.54 
 
 		 326 aa  60.1  0.00000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0912  Radical SAM domain protein  31.94 
 
 		 368 aa  60.1  0.00000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.492815  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  30 
 
 		 393 aa  59.7  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4391  Radical SAM domain protein  30.07 
 
 		 327 aa  58.9  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0257  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  33.7 
 
 		 315 aa  59.3  0.0000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.862128  normal  0.0494726 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>