More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1309 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1309  radical SAM family protein  100 
 
 		 357 aa  735    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2641  Radical SAM domain protein  36.83 
 
 		 358 aa  223  3e-57  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.587199  normal  0.0478342 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18370  predicted Fe-S oxidoreductase  37.32 
 
 		 384 aa  223  3e-57  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  30.06 
 
 		 346 aa  161  2e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  30.9 
 
 		 373 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  32.95 
 
 		 327 aa  155  1e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  29.97 
 
 		 414 aa  149  8e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  29.78 
 
 		 496 aa  148  2.0000000000000003e-34  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  30.14 
 
 		 363 aa  144  2e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0890  radical SAM domain-containing protein  32.95 
 
 		 537 aa  144  3e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  29.51 
 
 		 366 aa  143  5e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  30.35 
 
 		 349 aa  142  8e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  28.53 
 
 		 479 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  28.7 
 
 		 359 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  28.74 
 
 		 390 aa  139  8.999999999999999e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  28.69 
 
 		 769 aa  138  1e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  27.83 
 
 		 405 aa  139  1e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  28.29 
 
 		 561 aa  138  1e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  29.6 
 
 		 347 aa  137  2e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  28.45 
 
 		 325 aa  138  2e-31  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0956  Radical SAM domain protein  30.03 
 
 		 532 aa  137  3.0000000000000003e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000891035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  29.51 
 
 		 377 aa  136  4e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  29.48 
 
 		 381 aa  135  8e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.09 
 
 		 397 aa  135  9e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  28.2 
 
 		 330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  30.4 
 
 		 359 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  30.43 
 
 		 349 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0787  Radical SAM domain protein  28.74 
 
 		 537 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0612604  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  27.83 
 
 		 399 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  30.4 
 
 		 333 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  29.27 
 
 		 399 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  29.31 
 
 		 333 aa  128  2.0000000000000002e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1210  Radical SAM domain protein  29.51 
 
 		 529 aa  127  3e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  30.46 
 
 		 358 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  27.45 
 
 		 358 aa  126  6e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  27.33 
 
 		 330 aa  125  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 		 501 aa  125  1e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  28.65 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  27.17 
 
 		 358 aa  125  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1710  Radical SAM domain protein  27.58 
 
 		 324 aa  125  2e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00399372  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  29.89 
 
 		 380 aa  124  2e-27  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  29.86 
 
 		 391 aa  124  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1266  Radical SAM domain protein  28.81 
 
 		 571 aa  124  3e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000753017 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  27.62 
 
 		 335 aa  123  4e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2458  radical SAM domain-containing protein  30.42 
 
 		 536 aa  123  4e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.661672 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  27.45 
 
 		 330 aa  123  5e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  29.31 
 
 		 389 aa  122  8e-27  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  26.54 
 
 		 356 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  27.81 
 
 		 480 aa  121  9.999999999999999e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  26.54 
 
 		 356 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1901  radical SAM domain-containing protein  28.22 
 
 		 368 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.13165 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2637  Radical SAM domain protein  29.6 
 
 		 350 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.295239  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  29.11 
 
 		 377 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  27.48 
 
 		 375 aa  121  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0912  Radical SAM domain protein  29.83 
 
 		 368 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.492815  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  28.25 
 
 		 393 aa  120  3e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  29.3 
 
 		 399 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  27.56 
 
 		 393 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  28.41 
 
 		 395 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  28.41 
 
 		 333 aa  119  6e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  28.45 
 
 		 380 aa  119  9.999999999999999e-26  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  26.26 
 
 		 357 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  28.05 
 
 		 394 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  25.99 
 
 		 389 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2541  Radical SAM domain protein  27.87 
 
 		 498 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  27.09 
 
 		 334 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.2 
 
 		 394 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  27.89 
 
 		 397 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  26.91 
 
 		 394 aa  116  6e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1560  radical SAM domain-containing protein  30.15 
 
 		 412 aa  115  8.999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0307632  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  26.32 
 
 		 382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  27.09 
 
 		 399 aa  115  1.0000000000000001e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1716  radical SAM domain-containing protein  29.16 
 
 		 378 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.174012 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0113  radical SAM domain-containing protein  29.67 
 
 		 370 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.389414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0792  Radical SAM domain protein  26.86 
 
 		 353 aa  115  2.0000000000000002e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  25.77 
 
 		 358 aa  114  3e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  28.41 
 
 		 378 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0913  Radical SAM domain protein  26.87 
 
 		 361 aa  113  5e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.525618  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2688  Radical SAM domain protein  26.36 
 
 		 423 aa  113  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3415  Radical SAM domain protein  26.36 
 
 		 423 aa  113  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  28.45 
 
 		 356 aa  112  8.000000000000001e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1573  Radical SAM domain protein  25.56 
 
 		 372 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  24.58 
 
 		 354 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2430  radical SAM domain-containing protein  28.2 
 
 		 347 aa  111  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.943222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  26.45 
 
 		 418 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0533  radical SAM family protein  28.12 
 
 		 510 aa  110  3e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  27.92 
 
 		 384 aa  110  3e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  25.07 
 
 		 397 aa  110  5e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1900  radical SAM domain-containing protein  25.2 
 
 		 382 aa  110  5e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.816144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  28.93 
 
 		 391 aa  110  6e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1148  Radical SAM domain protein  25.28 
 
 		 375 aa  108  1e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  25.79 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  28.77 
 
 		 390 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  28.41 
 
 		 393 aa  108  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  25.99 
 
 		 422 aa  108  2e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1737  coenzyme PQQ synthesis protein  25.49 
 
 		 378 aa  108  2e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1875  coenzyme PQQ synthesis protein  25.49 
 
 		 377 aa  107  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0426  Radical SAM domain protein  25.21 
 
 		 420 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4381  radical SAM domain-containing protein  26.89 
 
 		 381 aa  107  3e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0634497  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  25.99 
 
 		 355 aa  106  5e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.421544 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>