More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0516 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_0516  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 343 aa  702    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  27.6 
 
 		 330 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  30 
 
 		 349 aa  130  3e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  26.92 
 
 		 330 aa  127  3e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  25.38 
 
 		 428 aa  123  5e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  26.11 
 
 		 330 aa  122  7e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  27.68 
 
 		 334 aa  122  9.999999999999999e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  27.12 
 
 		 346 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  28.27 
 
 		 371 aa  119  7e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0357225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  26.61 
 
 		 414 aa  119  7e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  26.27 
 
 		 347 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  27.35 
 
 		 349 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  25.52 
 
 		 335 aa  117  1.9999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  26.91 
 
 		 429 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  27.04 
 
 		 363 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  25.89 
 
 		 333 aa  113  5e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  25.91 
 
 		 358 aa  113  6e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.03 
 
 		 372 aa  111  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  28.66 
 
 		 327 aa  112  1.0000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  25.28 
 
 		 391 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  25.52 
 
 		 333 aa  110  4.0000000000000004e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  28.66 
 
 		 325 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  25.77 
 
 		 399 aa  109  8.000000000000001e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  25.67 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2319  radical SAM domain-containing protein  25.51 
 
 		 360 aa  108  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.111929  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  25.21 
 
 		 378 aa  107  2e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0857  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.19 
 
 		 378 aa  107  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3915  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  27.33 
 
 		 375 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  27.68 
 
 		 366 aa  107  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 332 aa  108  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.76 
 
 		 372 aa  108  2e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.150744  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4272  Radical SAM domain protein  27.19 
 
 		 337 aa  107  3e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  25.71 
 
 		 354 aa  106  7e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.52 
 
 		 380 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3864  Radical SAM domain protein  28.65 
 
 		 319 aa  105  1e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0170641  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  24.3 
 
 		 496 aa  104  2e-21  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  25.07 
 
 		 389 aa  103  3e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  25 
 
 		 356 aa  104  3e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.32 
 
 		 373 aa  102  7e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3154  radical SAM family protein  25.6 
 
 		 367 aa  102  7e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.87 
 
 		 398 aa  102  8e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  25.28 
 
 		 356 aa  102  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.25 
 
 		 373 aa  102  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0775464  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0689  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.62 
 
 		 389 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.62446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  26.61 
 
 		 359 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  28.27 
 
 		 381 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0573  radical SAM domain-containing protein  27.3 
 
 		 363 aa  102  1e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.119885  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2359  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.62 
 
 		 378 aa  102  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0401  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  27.3 
 
 		 376 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1679  Radical SAM domain protein  25.5 
 
 		 364 aa  101  2e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.830639 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0376  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  27.3 
 
 		 376 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  26.84 
 
 		 358 aa  100  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  26.84 
 
 		 358 aa  100  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0405  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  27.6 
 
 		 386 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3305  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  27.98 
 
 		 370 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.829454  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.2 
 
 		 380 aa  100  4e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  23.94 
 
 		 501 aa  100  5e-20  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.47 
 
 		 379 aa  100  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  26.91 
 
 		 357 aa  99.8  6e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  27.73 
 
 		 398 aa  99.4  7e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2175  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  26.71 
 
 		 350 aa  99.4  8e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.89 
 
 		 380 aa  99  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.121554  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41640  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  27 
 
 		 383 aa  98.6  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.177576  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1817  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.35 
 
 		 384 aa  99  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4936  Radical SAM domain protein  25.38 
 
 		 410 aa  98.6  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2153  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.35 
 
 		 384 aa  99  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.666004  normal  0.11423 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 377 aa  98.6  1e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  23.4 
 
 		 381 aa  98.2  2e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0509  coenzyme PQQ synthesis protein E  25.59 
 
 		 389 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4827  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  27 
 
 		 382 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.900722 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  25.36 
 
 		 399 aa  98.2  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1151  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.72 
 
 		 373 aa  97.4  3e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00861011 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1799  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.62 
 
 		 391 aa  97.1  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.125674  normal  0.916048 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  26.42 
 
 		 359 aa  97.1  4e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2623  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  27.63 
 
 		 385 aa  97.1  5e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25 
 
 		 397 aa  96.7  5e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  25.92 
 
 		 405 aa  96.7  5e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2430  radical SAM domain-containing protein  24.7 
 
 		 347 aa  96.7  5e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.943222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.32 
 
 		 368 aa  96.7  6e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1769  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.85 
 
 		 384 aa  96.7  6e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.02 
 
 		 392 aa  96.3  7e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601943  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  25.44 
 
 		 565 aa  95.9  9e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4674  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.29 
 
 		 389 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0848  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.15 
 
 		 371 aa  95.9  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  26.91 
 
 		 358 aa  95.9  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  24.72 
 
 		 479 aa  94.7  2e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0101  radical SAM domain-containing protein  25.48 
 
 		 323 aa  95.1  2e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1680  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.4 
 
 		 397 aa  93.6  4e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.725852 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 333 aa  93.2  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5552  radical SAM domain-containing protein  23.34 
 
 		 482 aa  93.2  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.789613 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1154  radical SAM domain-containing protein  25.26 
 
 		 377 aa  93.2  6e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.812273  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2181  radical SAM domain-containing protein  23.98 
 
 		 491 aa  92.4  9e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.161056  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1573  Radical SAM domain protein  25.4 
 
 		 372 aa  92  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3415  Radical SAM domain protein  25.75 
 
 		 423 aa  92  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  25.9 
 
 		 375 aa  92.4  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2688  Radical SAM domain protein  25.75 
 
 		 423 aa  92  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0937  radical SAM superfamily protein  24.55 
 
 		 365 aa  92  1e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.6279  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  24.44 
 
 		 561 aa  91.7  2e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  22.61 
 
 		 380 aa  91.7  2e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4381  radical SAM domain-containing protein  26.54 
 
 		 381 aa  91.3  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0634497  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>